Werner Wagner ist der Name folgender Personen:
* Werner Wagner (Mediziner) (1904–1956), deutscher Psychiater und Hochschullehrer Werner Wagner (Fußballtrainer), deutscher Fußballtrainer Werner Wagner (Komponist) (1927–2002), deutsch-argentinischer Komponist Werner Wagner (Heimatforscher) (1943–2008), deutscher Lehrer und Heimatforscher Werner Heck-Wagner (1908–1990), Schweizer Fotograf