Johannes Joachim Müller ist der Name folgender Personen:
* Johannes Joachim Müller (Jurist, 1661) (1661–1733), deutscher Jurist und Hochschullehrer (Hamburg, Leipzig) Johannes Joachim Müller (Jurist, 1665) (1665–1731), deutscher Jurist und Archivar (Weimar, Jena)