Unter den Art von gemeinschaftlichem Interesse werden in der Europäischen Union bestimmte Tier- und Pflanzenarten als prioritär geführt. Es handelt sich um Arten, für die die Europäische Union angesichts der globalen Verbreitung eine besondere Verantwortung trägt und die angesichts einer starken Bedrohung zügig Schutzmaßnahmen einzuleiten sind. Prioritäre Arten werden im Anhang II der FFH-Richtlinie geführt und dort mit dem Symbol „*“ gekennzeichnet. Die Einleitung von Maßnahmen zum Schutz prioritärer Arten wird als gemeinsame Aufgabe aller Mitgliedsstaaten angesehen.
Im Folgenden sind alle Prioritären Arten von Gemeinschaftlichem Interesse aufgelistet (Stand: 1. Januar 2007). Arten, die auch in deutschen oder österreichischen FFH-Gebieten gemeldet sind, sind mit D bzw. A gekennzeichnet.
Tiere Bild EU-Code wissenschaftlicher Name deutscher Name Artengruppe Bemerkung 150px|Polarfuchs 4003 Marmota marmota latirostrisAlpenmurmeltier Säugetiere 150px|Europäisches Gleithörnchen 1910Pteromys volans Europäisches Gleithörnchen Säugetiere 150px|Perlziesel 2608Spermophilus suslicus Perlziesel Säugetiere 150px|Nordische Wühlmaus 1340 Microtus oeconomus arenicola Nordische Wühlmaus Säugetiere 150px|Nordische Wühlmaus 4004 Microtus oeconomus mehelyi Nordische Wühlmaus Säugetiere A 150px|Polarfuchs 1911 Alopex lagopus Polarfuchs Säugetiere 150px|Wolf 1352 Canis lupus Wolf Säugetiere D, Anicht alle Populationen Herabstufung politisch im Europarat beschlossen, jedoch noch nicht rechtskräftig. 150px|Braunbär 1354Ursus arctos Braunbär Säugetiere Anicht alle Populationen 150px|Vielfraß 1912 Gulo gulo Vielfraß Säugetiere 150px|Europäischer Nerz 1356 Mustela lutreolaEuropäischer Nerz Säugetiere 150px|Pardelluchs 1362 Lynx pardinus Pardelluchs Säugetiere 150px|Mittelmeer-Mönchsrobbe 1366 Monachus monachus Mittelmeer-Mönchsrobbe Säugetiere 150px|Ringelrobbe 1913 Phoca hispida saimensis Saimaa-Ringelrobbe Säugetiere 150px|Rothirsch 1367 Cervus elaphus corsicanus Korsischer Rothirsch Säugetiere 150px|Wisent2647 Bison bonasus Wisent Säugetiere 150px|Pyrenäensteinbock1370 Capra pyrenaica pyrenaica Pyrenäensteinbock Säugetiere 150px|Abruzzengämse 1374 Rupicapra pyrenaica ornata Abruzzengämse Säugetiere 150px|Tatra-Gämse 4006 Rupicapra rupicapra tatrica Tatra-Gämse Säugetiere 150px|Unechte Karettschildkröte 1224Caretta caretta Unechte Karettschildkröte Reptilien 150px|Suppenschildkröte 1227 Chelonia mydasSuppenschildkröte Reptilien 150px|El-Hierro-Rieseneidechse 1242Gallotia simonyi El-Hierro-Rieseneidechse Reptilien 2447 Coluber cypriensis Zypern-Schlanknatter Reptilien 4007 Natrix natrix cypriata Zypern-Ringelnatter Reptilien 150px|Kykladenviper 1296Macrovipera schweizeri Kykladenviper Reptilien 150px|Wiesenotter 6337Vipera ursinii macrops Balkan-Wiesenotter Reptilien 150px|Ungarische Wiesenotter 4121Vipera ursinii rakosiensis Ungarische Wiesenotter Reptilien 150px|Aurora-Alpensalamander 1178Salamandra atra aurorae Aurora-Alpensalamander Amphibien 150px|Grottenolm 1186Proteus anguinus Grottenolm Amphibien 150px|Mallorca-Geburtshelferkröte 1187Alytes muletensis Mallorca-Geburtshelferkröte Amphibien 150px|Knoblauchkröte 1199Pelobates fuscus insubricus Knoblauchkröte Amphibien 150px|Adriatischer Stör 1100 Acipenser naccarii Adriatischer Stör Fische D 150px|Europäischer Stör1101 Acipenser sturio Europäischer Stör Fische 150px|Nordseeschnäpel 1113 Coregonus oxyrhynchus Nordseeschnäpel Fische Danadrome populationen in bestimmten Gebieten der Nordsee 150px|Ghizani 1117 Ladigesocypris ghigii Ghizani Fische 150px|Sumpfelritze 4009 Phoxinus percnurus Sumpfelritze Fische 150px|Valenciakärpfling1153 Valencia hispanica Valenciakärpfling Fische 1992 Valencia letourneuxi Fische 150px|Groppenbarsch 1998 Romanichthys valsanicola Groppenbarsch Fische 150px|Steinkrebs 1093 Austropotamobius torrentium Steinkrebs KrebseD, A 4010 Armadillidium ghardalamensis Asseln 1914 Carabus menetriesi pacholei Käfer D, A 150px|Carabus olympiae 1080Carabus olympiae Käfer150px|Juchtenkäfer 1084 Osmoderma eremita Juchtenkäfer Käfer D, A150px|Phryganophilus ruficollis4021 Phryganophilus ruficollis Käfer 150px|Pseudogaurotina excellens 4024Pseudogaurotina excellens Käfer 150px|Alpenbock 1087Rosalia alpina Alpenbock Käfer D, A 150px|Spanische Flagge1078 Euplagia quadripunctaria Spanische Flagge SchmetterlingeD, A 150px|Nymphalis vaualbum 4039 Nymphalis vaualbum Schmetterlinge 4044 Xylomoia strix Schmetterlinge150px|Österreichische Heideschnecke 1915Helicopsis striata austriaca Österreichische Heideschnecke Schnecken A4061 Lampedusa melitensis Schnecken 4062Paladilhia hungarica Schnecken
Pflanzen Bild EU-Code wissenschaftlicher Name deutscher Name Familie Bemerkung 1397 Echinodium spinosum Echinodiaceae 1382 Thamnobryum fernandesii Neckeraceae 1425 Dryopteris corleyi Wurmfarngewächse 150px|Polystichum drepanum 1412 Polystichum drepanum
Wurmfarngewächse Art der Gattung Schildfarne (Polystichum)20px|verweis=d:Q15896885 150px|Marsilea azorica 1430 Marsilea azorica
Kleefarngewächse Neophyt auf den Azoren des Australischen Kleefarns (Marsilea hirsuta)20px|verweis=d:Q2086648 150px|Nebrodi-Tanne 1431 Abies nebrodensis Nebrodi-Tanne Kieferngewächse (auf Sizilien) 150px|Korsischer Blauer Eisenhut 6313 Aconitum napellus ssp. corsicum Korsischer Blauer Eisenhut Hahnenfußgewächse Endemisch auf Korsika vorkommende Art des Blauen Eisenhut20px|verweis=d:Q2823392 150px|Aquilegia pyrenaica 1472 Aquilegia pyrenaica Hahnenfußgewächse 1478 Consolida samia Hahnenfußgewächse 2092 Delphinium caseyi Hahnenfußgewächse 150px|ungar. Wiesen-Kuhschelle 4110 Pulsatilla pratensis ssp. hungarica Ungarische Wiesen-Kuhschelle Hahnenfußgewächse Unterart der Wiesen-Kuhschelle (Pulsatilla pratensis)20px|verweis=d:Q20439034 150px|slaw. Kuhschelle 2094 Pulsatilla slavicaPulsatilla halleri subsp. slavica Slawische Kuhschelle Hahnenfußgewächse Unterart der Hallers Küchenschelle (Pulsatilla halleri)20px|verweis=d:Q9333950 150px|Karpaten-Kuhschelle 4111 Pulsatilla subslavicaPulsatilla slavica ssp. subslavica sog. Karpaten-Kuhschelle Hahnenfußgewächse