Das CRISPR/Cpf1-Methode () ist eine biochemische Methode zur Erzeugung von gentechnisch veränderten Organismen.
Eigenschaften Das CRISPR/Cpf1-System entstammt – wie auch das CRISPR/Cas9-System und das CRISPR/Cas12b-System – einem adaptiven antiviralen Abwehrmechanismus, dem CRISPR, jedoch aus den Gattungen Prevotella und Francisella.R. Sorek, V. Kunin, P. Hugenholtz: CRISPR–a widespread system that provides acquired resistance against phages in bacteria and archaea. In: Nature reviews. Microbiology. Band 6, Nummer 3, März 2008, S. 181–186, , , PMID 18157154. Wie bei diesem wurde und werden auf der Basis des Systems Methoden zur Nutzung des Systems als Werkzeug für die biotechnologische Forschung für verschiedene Organismen entwickelt.
Vergleich mit Cas9 Im Vergleich zum CRISPR/Cas-System ist die beim CRISPR/Cpf1-System verwendete Endonuklease Cpf1 (auch Cas12a genanntWinston X. Yan, Pratyusha Hunnewell, Lauren E. Alfonse, Jason M. Carte, Elise Keston-Smith, Shanmugapriya Sothiselvam, Anthony J. Garrity, Shaorong Chong, Kira S. Makarova, Eugene V. Koonin, David R. Cheng, David A. Scott: Functionally diverse type V CRISPR-Cas systems. In: Science. 363, 2019, S. 88, .) ein kleineres Enzym, das nur eine RNA als Vorlage benötigt (keine tracrRNA), um doppelsträngige DNA an einer gezielten Stelle zu schneiden. Weiterhin besitzt Cpf1 andere Erkennungs- und Schnittstellen und erzeugt einen Basenüberhang an einem der beiden DNA-Stränge (sticky end), der möglicherweise die homologe Rekombination erleichtert.Heidi Ledford: Alternative CRISPR system could improve genome editing. In: Nature. 526, 2015, S. 17, . Wie für verschiedene Anwendungen des CRISPR/Cas-Systems, wurden auch für die Cpf1-basierten Genommanipulationen Patente angemeldet.Even CRISPR: A new way to edit DNA may speed the advance of genetic engineering. In: Economist, 3. Oktober 2015.
Unterschiede zwischen Cas9, Cpf1 und Cas12b Eigenschaft Cas9 Cpf1 (Cas12a) Cas12b: cas12b – CRISPR-associated endonuclease Cas12b – Alicyclobacillus acidoterrestris (strain ATCC 49025 / DSM 3922 / CIP 106132 / NCIMB 13137 / GD3B) – cas12b gene (uniprot.org) (englisch) vom 16.10.2013, abgegriffen 24.01.2019 Struktur 2 RNA notwendig 1 RNA notwendig (keine tracrRNA) 2 RNA notwendig Überhang keinen (blunt end) sticky end sticky end Schnittstelle proximal zur Erkennungssequenz distal zur Erkennungssequenz distal zur Erkennungssequenz Zielsequenz G-reiches PAM T-reiches PAM T-reiches PAM Zelltyp teilende Zellen ruhende Zellen unbekannt
Weblinks Heidi Ledford: Werkzeug der Genmanipulation - Gentechnik: CRISPR verändert alles. In: Spektrum der Wissenschaft. vom 24. Juni 2015.
Einzelnachweise
Kategorie:Nukleinsäure-Methode Kategorie:Gentechnik Kategorie:Gentherapie