Die Liste von Orgeln in Thüringen umfasst sukzessive die erhaltenen historischen Orgeln sowie überregional bedeutende Orgelneubauten im Freistaat Thüringen. An historischen Instrumenten werden alle erfasst, die vor dem Ersten Weltkrieg gebaut sind. Die Liste ergänzt den Hauptartikel Orgellandschaft Thüringen.
In der vierten Spalte sind die hauptsächlichen Erbauer angeführt; eine Kooperation mehrerer Orgelbauer wird durch Schrägstrich angezeigt, spätere Umbauten durch Komma. Kursivschreibung gibt an, dass nur das historische Gehäuse erhalten ist. In der sechsten Spalte bezeichnet die römische Zahl die Anzahl der Manuale, ein großes „P“ ein selbstständiges Pedal, ein kleines „p“ ein nur angehängtes Pedal. Die arabische Zahl gibt die Anzahl der klingenden Register bei den heute bestehenden Orgeln an (Stand 2016). Die letzte Spalte bietet Angaben zum Erhaltungszustand sowie Links mit weiterführender Information.
Für den Landkreis Weimarer Land siehe die vollständige Liste der Orgeln im Landkreis Weimarer Land und in der Stadt Weimar.
Ort Gebäude Bild Orgelbauer Jahr Manuale Register Bemerkungen Altenbeuthen Dorfkirche zentriert|160x160px Johann Georg Fincke 1716 I/P 8 → Orgel Altenburg Herzogin-Agnes-Gedächtniskirche 160x160px Ladegast & Sohn 1906, 1924 II/P 27 1924 Umbau durch Wilhelm Sauer Altenburg St. Bartholomäi 160x160px Ladegast & Sohn 1881, 1922, 1949 III/P 44 1905–1909 pneumatische Traktur von Oskar Ladegast, 1922 durch Fernwerk ergänzt, 1949 Umdisponierung, 1974 elektrischer Spieltisch und elektropneumatische Traktur, 1989/1990 Generalüberholung; 75 % Originalbestand erhaltenBarbara Löwe: Altenburg. Kirche St. Bartholomäi. Sell, Altenburg 2001, ISBN 3-9807546-0-X, S. 10. Altenburg Brüderkirche 160x160px Wilhelm Sauer 1905 III/P 48 Altenburg Schlosskirche, Große Orgel Tobias Heinrich Gottfried Trost 1736–1739 II/P 36 1974–1976 restauriert Altenfeld Ev. Kirche Johann Stephan Schmaltz 1776 Altengesees St. Simon und Judas zentriert|160x160px Christian August Gerhard 1788 I/P 8 → Orgel Altkirchen Dorfkirche Christoph Opitz 1871 II/P 26 größtes Werk von Opitz Andisleben St. Peter und Paul 160x160px Johann Georg Schröter 1734–1743 II/P 23 Apfelstädt St. Walpurgis 160x160px Christian Friedrich Knauf 1833 II/P 31 mit Teilen der Vorgänger-Orgel von Johann Anton Weise (1707); von Rösel & Hercher 1995 restauriert Arnstadt Neue Kirche 160x160px Johann Friedrich Wender/Otto Hoffmann 1699–1703, 2000 II/P 29 Prospekt und 320 Pfeifen von Wender erhalten; Rest rekonstruiertAulebenSt. Petrus und PaulusJohann Andreas Schulze1798II/P22erhalten, derzeit nicht spielbar