Ein Affimer ist ein künstlich erzeugtes Protein aus der Gruppe der Cystatine, das eine bestimmte Aminosäuresequenz auf der Oberfläche besitzt.R. Woodman, J. T. Yeh, S. Laurenson, P. Ko Ferrigno: Design and validation of a neutral protein scaffold for the presentation of peptide aptamers. In: Journal of molecular biology. Band 352, Nummer 5, Oktober 2005, S. 1118–1133, . . PMID 16139842. Affimere sind eine Form der Peptid-Aptamere.
Eigenschaften Affimere basieren auf dem Proteaseinhibitor Cystatin A, nur werden im Zuge eines Proteindesigns einige Aminosäuren an einer Stelle der Moleküloberfläche ausgetauscht. Dadurch kann das erzeugte Affimer an Moleküle binden, die an die eingefügte Sequenz binden. Der Cystatin-Anteil dient dabei als Gerüst zur Stabilisierung der Konformation der eingefügten Sequenz, z. B. einer α-Helix. Cystatine besitzen eine vergleichsweise hohe biologische Halbwertszeit und Thermostabilität. In ein Affimer können zwischen 12 und 36 Aminosäuren mit einer Kontaktfläche von 650 to 1000 Å2 eingefügt werden.
Basierend auf pflanzlichen Cystatinen wurden analog zu den Affimeren die Adhirons entwickelt.C. Tiede, A. A. Tang, S. E. Deacon, U. Mandal, J. E. Nettleship, R. L. Owen, S. E. George, D. J. Harrison, R. J. Owens, D. C. Tomlinson, M. J. McPherson: Adhiron: a stable and versatile peptide display scaffold for molecular recognition applications. In: Protein engineering, design & selection : PEDS. Band 27, Nummer 5, Mai 2014, S. 145–155, . . PMID 24668773. .
Anwendung Affimere werden unter anderem zur Proteincharakterisierung und in Immunassays eingesetzt.A. Johnson, Q. Song, P. Ko Ferrigno, P. R. Bueno, J. J. Davis: Sensitive affimer and antibody based impedimetric label-free assays for C-reactive protein. In: Analytical chemistry. Band 84, Nummer 15, August 2012, S. 6553–6560, . . PMID 22789061.
Literatur A. Skerra: Alternative non-antibody scaffolds for molecular recognition. In: Current Opinion in Biotechnology. Band 18, Nummer 4, August 2007, S. 295–304, . . PMID 17643280. M. Gebauer, A. Skerra: Engineered protein scaffolds as next-generation antibody therapeutics. In: Current opinion in chemical biology. Band 13, Nummer 3, Juni 2009, S. 245–255, . . PMID 19501012.
Einzelnachweise
Kategorie:Protein Kategorie:Protein-Methode