Die (HDA, engl. für ‚Helikase-abhängige Amplifikation‘) ist eine Methode zur Amplifikation (Vervielfältigung) von DNA. Sie ist eine Variante der isothermalen DNA-Amplifikation.M. Vincent, Y. Xu, H. Kong: helicase-dependent isothermal DNA amplification. In: EMBO reports. Band 5, Nummer 8, August 2004, , S. 795–800, doi:10.1038/sj.embor.7400200, PMID 15247927, .
Eigenschaften Die recombinase polymerase amplification verwendet eine Helikase (TteUvrD, Helikase-Superfamilie II, aus Thermoanaerobacter tengcongensis, jetzt Unterart von Caldanaerobacter subterraneus),Y. Cao, H. J. Kim, Y. Li, H. Kong, B. Lemieux: Helicase-dependent amplification of nucleic acids. In: Frederick M. Ausubel et al. (Hrsg.): Current protocols in molecular biology Band 104, 2013, , S. Unit 15.11, doi:10.1002/0471142727.mb1511s104, PMID 24510297. ein Einzelstrang-bindendes Protein und eine strangversetzende DNA-Polymerase.J. Kim, C. J. Easley: Isothermal DNA amplification in bioanalysis: strategies and applications. In: Bioanalysis. Band 3, r. 2, Januar 2011, , S. 227–239, doi:10.4155/bio.10.172, PMID 21250850. Durch die Verwendung einer strangversetzenden DNA-Polymerase kann die Reaktion bei einer konstanten Temperatur von 37 bis 42 °C erfolgen, bei Raumtemperatur verläuft die Reaktion etwas langsamer.L. Lillis, D. Lehman, M. C. Singhal, J. Cantera, J. Singleton, P. Labarre, A. Toyama, O. Piepenburg, M. Parker, R. Wood, J. Overbaugh, D. S. Boyle: Non-instrumented incubation of a recombinase polymerase amplification assay for the rapid and sensitive detection of proviral HIV-1 DNA. In: PloS one. Band 9, Nr. 9, 2014, S. e108189, , doi:10.1371/journal.pone.0108189, PMID 25264766, . Analog zur qPCR kann die HDA auch zur Quantifizierung von DNA verwendet werden. Analog zur Multiplex-PCR können mehrere Sequenzen parallel vervielfältigt werden.V. Doseeva, T. Forbes, J. Wolff, Y. Khripin, D. O’Neil, T. Rothmann, I. Nazarenko: Multiplex isothermal helicase-dependent amplification assay for detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae. In: Diagnostic microbiology and infectious disease. Band 71, Nr. 4, Dezember 2011, , S. 354–365, doi:10.1016/j.diagmicrobio.2011.08.021, PMID 22000085.
Alternative Methoden zur Amplifikation von DNA sind z. B. die Polymerasekettenreaktion, die , die , die (LAMP), (NASBA), die (RPA), die (NEAR), die (RCA).E. C. Oriero, J. Jacobs, J. P. Van Geertruyden, D. Nwakanma, U. D’Alessandro: Molecular-based isothermal tests for field diagnosis of malaria and their potential contribution to malaria elimination. In: The Journal of antimicrobial chemotherapy. [elektronische Veröffentlichung vor dem Druck] September 2014, , doi:10.1093/jac/dku343, PMID 25223973. Weitere Nachweisverfahren sind z. B. die (NESA) und (NENNA), , , und (die beiden letzten Methoden nutzen DNAzyme alies Desoxyribozyme), nicht-kovalente DNA-Katalysen und die (HCR).L. Yan, J. Zhou, Y. Zheng, A. S. Gamson, B. T. Roembke, S. Nakayama, H. O. Sintim: Isothermal amplified detection of DNA and RNA. In: Molecular bioSystems. Band 10, r. 5, Mai 2014, , S. 970–1003, doi:10.1039/c3mb70304e, PMID 24643211.
Einzelnachweise Marie-Laure Fardeau, Monica Bonilla Salinas, Stéphane L'Haridon, Christian Jeanthon, Frédéric Verhé, Jean-Luc Cayol, Bharat K. C. Patel, Jean-Louis Garcia, Bernard Ollivier: Isolation from oil reservoirs of novel thermophilic anaerobes phylogenetically related to Thermoanaerobacter subterraneus: reassignment of T. subterraneus, Thermoanaerobacter yonseiensis, Thermoanaerobacter tengcongensis and Carboxydibrachium pacificum to Caldanaerobacter subterraneus gen. nov., sp. nov., comb. nov. as four novel subspecies. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Band 54, Nr. 2, März 2004, S. 467–474; doi:10.1099/ijs.0.02711-0, PMID 15023962 ().
Kategorie:Nukleinsäure-Methode Kategorie:Molekularbiologie Kategorie:Biochemisches Nachweisverfahren