Die (RPA, engl. für ‚Rekombinase-Polymerase-Amplifikation‘) ist eine Methode zur Amplifikation (Vervielfältigung) von DNA. Sie ist eine Variante der isothermalen DNA-Amplifikation.O. Piepenburg, C. H. Williams, D. L. Stemple, N. A. Armes: DNA detection using recombination proteins. In: PLoS biology. Band 4, Nummer 7, Juli 2006, S. e204, doi:10.1371/journal.pbio.0040204, PMID 16756388, .
Eigenschaften Die Recombinase Polymerase Amplification verwendet eine Rekombinase, ein Einzelstrang-bindendes Protein und eine strangversetzende DNA-Polymerase.J. Kim, C. J. Easley: Isothermal DNA amplification in bioanalysis: strategies and applications. In: Bioanalysis. Band 3, Nummer 2, Januar 2011, S. 227–239, doi:10.4155/bio.10.172, PMID 21250850. Die Rekombinase verstärkt die Bindung eines Primers mit einer Länge von 30 bis 38 Nukleotiden. Durch die Verwendung einer strangversetzenden DNA-Polymerase kann die Reaktion bei einer konstanten Temperatur von 37 bis 42 °C erfolgen, bei Raumtemperatur verläuft die Reaktion etwas langsamer.L. Lillis, D. Lehman, M. C. Singhal, J. Cantera, J. Singleton, P. Labarre, A. Toyama, O. Piepenburg, M. Parker, R. Wood, J. Overbaugh, D. S. Boyle: Non-instrumented incubation of a recombinase polymerase amplification assay for the rapid and sensitive detection of proviral HIV-1 DNA. In: PloS one. Band 9, Nummer 9, 2014, S. e108189, doi:10.1371/journal.pone.0108189, PMID 25264766, . Die Reaktion läuft auch ohne Geräte durch Aufbewahrung des Reaktionsgefäßes in der Achsel.Z. A. Crannell, B. Rohrman, R. Richards-Kortum: Equipment-free incubation of recombinase polymerase amplification reactions using body heat. In: PloS one. Band 9, Nummer 11, 2014, S. e112146, doi:10.1371/journal.pone.0112146, PMID 25372030, . Analog zur RT-PCR kann durch Zusatz einer reversen Transkriptase eine reverse Transkription durchgeführt werden.H. M. Amer, A. Abd El Wahed, M. A. Shalaby, F. N. Almajhdi, F. T. Hufert, M. Weidmann: A new approach for diagnosis of bovine coronavirus using a reverse transcription recombinase polymerase amplification assay. In: Journal of virological methods. Band 193, Nummer 2, November 2013, S. 337–340, doi:10.1016/j.jviromet.2013.06.027, PMID 23811231.A. Abd El Wahed, P. Patel, D. Heidenreich, F. T. Hufert, M. Weidmann: Reverse transcription recombinase polymerase amplification assay for the detection of middle East respiratory syndrome coronavirus. In: PLoS currents. Band 5, 2013, doi:10.1371/currents.outbreaks.62df1c7c75ffc96cd59034531e2e8364, PMID 24459611, . Analog zur qPCR kann die entstehende DNA quantifiziert werden.X. Xia, Y. Yu, M. Weidmann, Y. Pan, S. Yan, Y. Wang: Rapid detection of shrimp white spot syndrome virus by real time, isothermal recombinase polymerase amplification assay. In: PloS one. Band 9, Nummer 8, 2014, S. e104667, doi:10.1371/journal.pone.0104667, PMID 25121957, . Analog zur Multiplex-PCR können mehrere DNA-Sequenzen parallel amplifiziert werden.S. Kersting, V. Rausch, F. F. Bier, M. von Nickisch-Rosenegk: Multiplex isothermal solid-phase recombinase polymerase amplification for the specific and fast DNA-based detection of three bacterial pathogens. In: Microchimica Acta. Band 181, Nummer 13–14, 2014, S. 1715–1723, doi:10.1007/s00604-014-1198-5, PMID 25253912, .
Alternative Methoden zur Amplifikation von DNA sind z. B. die Polymerasekettenreaktion, die , die , die (LAMP), (NASBA), die (HDA), die (NEAR), die (RCA).E. C. Oriero, J. Jacobs, J. P. Van Geertruyden, D. Nwakanma, U. D’Alessandro: Molecular-based isothermal tests for field diagnosis of malaria and their potential contribution to malaria elimination. In: The Journal of antimicrobial chemotherapy. September 2014, doi:10.1093/jac/dku343, PMID 25223973. Weitere Nachweisverfahren sind z. B. die (NESA) und (NENNA), , , und (diese beiden letzteren Methoden nutzen DNAzyme alias Desoxyribozyme), nicht-kovalente DNA-Katalysen und die (HCR).L. Yan, J. Zhou, Y. Zheng, A. S. Gamson, B. T. Roembke, S. Nakayama, H. O. Sintim: Isothermal amplified detection of DNA and RNA. In: Molecular bioSystems. Band 10, Nummer 5, Mai 2014, S. 970–1003, doi:10.1039/c3mb70304e, PMID 24643211.
Einzelnachweise
Kategorie:Nukleinsäure-Methode Kategorie:Molekularbiologie Kategorie:Biochemisches Nachweisverfahren