Die markierungsfreie massenspektrometrische Quantifizierung (, auch label-free quantitation) ist eine massenspektrometrische Methode zur relativen Mengenbestimmung von hochmolekularen Verbindungen.S. Tate, B. Larsen, R. Bonner, A. C. Gingras: Label-free quantitative proteomics trends for protein-protein interactions. In: Journal of proteomics. Band 81, April 2013, , S. 91–101, , PMID 23153790.S. K. Van Riper, E. P. de Jong, J. V. Carlis, T. J. Griffin: Mass spectrometry-based proteomics: basic principles and emerging technologies and directions. In: Advances in Experimental Medicine and Biology. Band 990, 2013, , S. 1–35, , PMID 23378000.
Eigenschaften Die markierungsfreie massenspektrometrische Quantifizierung wird in der Biochemie unter anderem zum Vergleich der Mengen von Proteinen in einer Probe eingesetzt.
Die Quantifizierung kann über zwei verschiedene Parameter erfolgen, der Signalintensität des Vorläuferions oder aus dem Massenspektrum. Die Methode mit der Ermittlung der Signalintensität besitzt eine kleinere Auflösung, z. B. bei einem Flugzeit-, Fouriertransformation-Ionenzyklotronresonanz- (FT-ICR) oder Orbitrap-Massenspektrometer. Die Methode mit einem Auszählen des Massenspektrums verwendet dagegen mehrere Spektren für ein bestimmtes Peptid, die die Ergebnisse aller gemessenen Peptide integriert. Software wurde zur Analyse der markierungsfreien massenspektrometrischen Quantifizierung entwickelt,M. Sandin, J. Teleman, J. Malmström, F. Levander: Data processing methods and quality control strategies for label-free LC-MS protein quantification. In: Biochimica et Biophysica Acta. Band 1844, Nummer 1 Pt A, Januar 2014, , S. 29–41, , PMID 23567904.S. Nahnsen, C. Bielow, K. Reinert, O. Kohlbacher: Tools for label-free peptide quantification. In: Molecular & cellular proteomics : MCP. Band 12, Nummer 3, März 2013, , S. 549–556, , PMID 23250051, . z. B. ProtQuant.
Alternative Methoden sind z. B. ICAT, Isobarenmarkierung (Tandem Mass Tag), isobare Protein-Tags (iTRAQ), (MeCAT), N-terminal labelling, (SILAC) und (TAILS).L. Van Oudenhove, B. Devreese: A review on recent developments in mass spectrometry instrumentation and quantitative tools advancing bacterial proteomics. In: Applied Microbiology and Biotechnology. Band 97, Nummer 11, Juni 2013, , S. 4749–4762, , PMID 23624659.D. A. Megger, T. Bracht, H. E. Meyer, B. Sitek: Label-free quantification in clinical proteomics. In: Biochimica et Biophysica Acta. Band 1834, Nummer 8, August 2013, , S. 1581–1590, , PMID 23567906.
Einzelnachweise
Kategorie:Massenspektrometrie Kategorie:Protein-Methode Kategorie:Biochemisches Nachweisverfahren