mini|Beispiel eines Sequenzalignment von verschiedenen CSI aus dem Taxon X. Punkte markieren identische Aminosäuren zur obersten Sequenz.
Conserved signature inserts and deletions (zu Deutsch ‚konservierte charakteristische Indels‘, CSI) sind Indels in konservierten proteincodierenden DNA-Sequenzen. Sie werden in der Biochemie und Genetik als Marker zur Bestimmung von Verwandtschaftsgraden zwischen verschiedenen Arten verwendet.
Eigenschaften CSI gehören zu den Indels und treten im Vergleich zu SNP selten auf. Die CSI unterscheiden sich nur wenig zwischen zwei Arten und fast nicht innerhalb einer Art. Daher können sie zur Bestimmung der Verwandtschaft unterschiedlicher Arten und zur Erstellung eines phylogenetischen Baums verwendet werden. Alternativ zur Stammbaumanalyse per CSI werden meistens die SNP der 16S rRNA verglichen.
Gruppenspezifische CSI Manche CSI sind gruppenspezifisch und sind charakteristisch für das betreffende Taxon, da sie in allen Vertretern einer Gruppe und nicht in anderen Gruppen auftreten. Das ursprüngliche Indel eines taxonspezifischen CSI trat vermutlich bereits vor der Aufspaltung im letzten gemeinsamen Vorfahren auf.
Multigruppen- oder Hauptlinien-CSI mini|Hauptlinien-CSI Multigruppen-CSI (synonym Hauptlinien-CSI) sind CSI, die in mehreren Phyla vorkommen, nicht jedoch in einzelnen Phyla. Hierzu gehören z. B. ein CSI von 150–180 Aminosäuren in der Gyrase B an der Position 529–751, das in verschiedenen Proteobacteria, Chlamydiaceae, Planctomycetes und Aquificales vorkommt, jedoch nicht in anderen bakteriellen Phyla oder Archaeen. Ein weiteres Hauptlinien-CSI von etwa 100 Aminosäuren ist im Protein RpoB an der Position 919–1058 und kommt in Proteobacteria, Bacteroidetes-Chlorobi, Chlamydiaceae, Planctomycetes und Aquificales vor.V. Gaget, S. Gribaldo, N. Tandeau de Marsac: An rpoB signature sequence provides unique resolution for the molecular typing of cyanobacteria. In: International journal of systematic and evolutionary microbiology. Band 61, Pt 1, Januar 2011, S. 170–183, . . PMID 20190018. Bei Wirbeltieren gibt es ein CSI in dem Protein Bcl2l10.Y. Guillemin, A. Cornut-Thibaut, G. Gillet, F. Penin, A. Aouacheria: Characterization of unique signature sequences in the divergent maternal protein Bcl2l10. In: Molecular biology and evolution. Band 28, Nummer 12, Dezember 2011, S. 3271–3283, . . PMID 21705382.
Anwendungen
CSI wurden unter anderem zur Abgrenzung der Gattung Thermotogae von anderen Bakterien und der einzelnen Stämme voneinander eingesetzt.
Einzelnachweise
Kategorie:Biochemische Methode Kategorie:Genetik