Netropsin ist ein Polyamid-Antibiotikum, das an die kleine Furche einer DNA-Doppelhelix bindet.M. P. Barrett, C. G. Gemmell, C. J. Suckling: Minor groove binders as anti-infective agents. In: Pharmacology & Therapeutics. Band 139, Nummer 1, Juli 2013, S. 12–23, . PMID 23507040. Es wirkt gegen Gram-positive und Gram-negative Bakterien.C. Zimmer, U. Wähnert: Nonintercalating DNA-binding ligands: specificity of the interaction and their use as tools in biophysical, biochemical and biological investigations of the genetic material. In: Progress in biophysics and molecular biology. Band 47, Nummer 1, 1986, S. 31–112, PMID 2422697.
Eigenschaften mini|links|hochkant=0.5|Netropsin an DNA gebunden. Aus PDB 101D. Netropsin wurde erstmals 1951 durch A. C. Finlay beschrieben, der es aus dem Actinobakterium Streptomyces netropsis isoliert hatte.A.C. Finlay, F. A. Hochstein, B. A. Sobin, and F. X. Murphy, J. Am. Chem. Soc. 73 341–343 (1951). . Netropsin gehört zur Klasse Pyrrol-Amidin-Antibiotika und ist ein Analogon von Distamycin und den Lexitropsinen. Es bindet bevorzugt AT-reiche DNA-Sequenzen doppelsträngiger DNA und Tetraden aus [TGGGGT]4,M. L. Kopka, C. Yoon, D. Goodsell, P. Pjura, and R.E. Dickerson, J. Mol. Biol. 183 553–563 (1985)M. L. Kopka, C. Yoon, D. Goodsell, P. Pjura, R. E. Dickerson: The molecular origin of DNA-drug specificity in netropsin and distamycin. In: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Band 82, Nummer 5, März 1985, S. 1376–1380, PMID 2983343. .B. Pagano, I. Fotticchia, S. De Tito, C. A. Mattia, L. Mayol, E. Novellino, A. Randazzo, C. Giancola: Selective Binding of Distamycin A Derivative to G-Quadruplex Structure [d(TGGGGT)](4). In: Journal of nucleic acids. Band 2010, . PMID 20725616. . nicht jedoch an einzelsträngige DNA oder RNA. Die Bindung von Netropsin führt zu einer engeren Windung von etwa 9° pro gebundenem Lexitropsin und Basenpaar.G. Snounou and A. D. B. Malcolm, J. Mol. Biol. 167 211–216 (1983)H. Triebel, H. Bär, R. Geuther, and G. Burckhardt, Progr. Colloid. Polym. Sci. 99 45–54 (1995). Bei einer positiven Superspiralisierung entspannt es daher die DNA, während es eine negative Superspiralisierung verstärkt.J. Lipfert, S. Klijnhout, N. H. Dekker: Torsional sensing of small-molecule binding using magnetic tweezers. In: Nucleic Acids Research. Band 38, Nummer 20, November 2010, S. 7122–7132, . PMID 20624816. . Der Bindungsmechanismus ist noch nicht vollständig geklärt.Y. Y. Fang, V. R. Morris, G. M. Lingani, E. C. Long, W. M. Southerland: Genome-Targeted Drug Design: Understanding the Netropsin-DNA Interaction. In: The open conference proceedings journal. Band 1, 2010, S. 157–163, PMID 21297883. . Verschiedene Distamycin-Derivate wurden entwickelt, um als Alkylanzien gegen Tumoren eingesetzt zu werden oder zur Fluoreszenzmarkierung von doppelsträngiger DNA.G. S. Khan, A. Shah, Zia-ur-Rehman, D. Ba: Chemistry of DNA minor groove binding agents. In: Journal of photochemistry and photobiology. B, Biology. Band 115, Oktober 2012, S. 105–118, . PMID 22857824.C. Bailly, J. B. Chaires: Sequence-specific DNA minor groove binders. Design and synthesis of netropsin and distamycin analogues. In: Bioconjugate Chemistry. Band 9, Nummer 5, 1998 Sep-Oct, S. 513–538, . PMID 9736486.T. Vaijayanthi, T. Bando, G. N. Pandian, H. Sugiyama: Progress and prospects of pyrrole-imidazole polyamide-fluorophore conjugates as sequence-selective DNA probes. In: ChemBioChem Band 13, Nummer 15, Oktober 2012, S. 2170–2185, . PMID 23023993.
Einzelnachweise
Kategorie:Pyrrol Kategorie:Guanidin Kategorie:Amidin Kategorie:Carbonsäureamid Kategorie:Ethansäureamid Kategorie:Antibiotikum Kategorie:Nukleinsäure-Methode Kategorie:Molekularbiologie