Der RIP-Chip (engl. , ‚RNA-Immunpräzipitations-Microarray‘) ist eine Methode der Biochemie zum Nachweis von RNA-Protein-Interaktionen. Der RIP-Chip ist eine Kombination aus einer Immunpräzipitation eines RNA-bindenden Proteins mit einer RT-PCR und einem Microarray und dient zur Untersuchung der verschiedenen gebundenen RNA eines solchen Proteins.
Prinzip Durch eine Immunpräzipitation eines bekannten, meist rekombinanten Proteins, können aus einer RNA-Lösung spezifisch bindende RNA-Sequenzen angereichert und aufgereinigt werden. Diese RNA werden anschließend von dem Protein getrennt und durch RT-PCR in cDNA umgeschrieben. Diese erzeugte cDNA wird zur Hybridisierung mit DNA auf einem Microarray eingesetzt.D. G. Hendrickson, D. J. Hogan, D. Herschlag, J. E. Ferrell, P. O. Brown: Systematic identification of mRNAs recruited to argonaute 2 by specific microRNAs and corresponding changes in transcript abundance. In: PloS one. Band 3, Nummer 5, 2008, , S. e2126, . PMID 18461144, .
Der RIP-Chip besitzt Ähnlichkeiten zum ChIP-on-Chip, welcher mit ähnlichem Prinzip gebundene DNA-Sequenzen DNA-bindender Proteine charakterisiert. Die CLIP-Seq, PAR-CLIP und iCLIP sind Alternativverfahren zum RIP-Chip mit DNA-Sequenzierungen im Hochdurchsatz anstelle des Microarrays.
Einzelnachweise
Kategorie:Nukleinsäure-Methode Kategorie:Abkürzung Kategorie:Protein-Methode Kategorie:Biochemisches Nachweisverfahren