Als Flügelmuskel werden mehrere flügelförmige Muskeln bezeichnet.
Bei Wirbeltieren: Die Flügelmuskel (Musculus pterygoideus) der Kaumuskulatur: Musculus pterygoideus lateralis („seitlicher oder äußerer Flügelmuskel“) Musculus pterygoideus medialis („innerer Flügelmuskel“) Bei Wirbellosen: Die seitlich am Herzen ansetzenden Flügelmuskeln bei Insekten, siehe Flügelmuskel (Insekten)
Daneben werden gelegentlich auch die Muskeln der Flugmuskulatur fliegender Tiere als Flügelmuskeln bezeichnet, siehe hierzu: Flügel (Vogel)#Muskulatur, Sehnen und Bänder Fledermäuse#Extremitäten Insektenflug#Flugmuskulatur