|} Diese Liste umfasst alle Bahnhöfe, die von Zügen der Cisalpino AG bedient wurden. Die Angaben beziehen sich auf die Verbindungen pro Richtung.
Es existierten insgesamt sechs Linien. Die mit CIS bezeichneten Linien wurden mit Pendolino-Neigezüge ETR 470 oder ETR 610 befahren, die mit EC gekennzeichneten wurden mit konventionellem Zugsmaterial gefahren. Genf–Mailand (–Venedig) bis 2007 und ab 7/2009 Basel–Lötschberg–Mailand (Stuttgart–) Zürich–Mailand (–Triest/Florenz) Genf–Mailand (–Venedig) ab 2007 Basel–Gotthard–Mailand Zürich–Mailand
Deutschland Bahnhof Stuttgart Hbf 4× Horb am Neckar 4× Rottweil 4× Tuttlingen 4× Singen (Hohentwiel) 4× täglich Anmerkungen Nach Deutschland fuhren zwischen 1999 und 2006 vier Cisalpino-Zugpaare.
Schweiz Bahnhof CIS 1 CIS 2 CIS3 EC 1 EC 2 EC 3 Basel SBB 4× 5× Olten 4× 5× Bern 4× Thun 4× Spiez 4× Frutigen 4× bis 2007 Kandersteg 4× bis 2007 Goppenstein 4× bis 2007 Visp 4× ab 2007 Brig 5× bis 2007 2× ab 7/2009 4× 5× ab 2007 3× ab 7/2009 Zofingen 5× Sursee 5× Luzern 5× Rotkreuz 1× Sa/So 1× in Richtung Basel 1× nur Sa/So in Richtung Mailand Arth-Goldau 4× 5× 5× Flüelen 1× nur in Richtung Basel 1× nur in Richtung Zürich Erstfeld 1× nur in Richtung Basel Göschenen 1× nur in Richtung Basel 1× nur in Richtung Mailand Airolo 1× nur in Richtung Basel Faido 1× nur in Richtung Basel Biasca 1× nur in Richtung Basel 1× Bellinzona 4× 5× 7× davon 2 IC Giubiasco 2× IC Lugano 4× 5× 7× davon 2 IC Mendrisio 2× IC Chiasso 5× 7× davon 2 IC Zürich HB 4× 5× Zug 3× 4× Genève-Cornavin 5× bis 2007 2× ab 7/2009 5× ab 2007 3× ab 7/2009 Lausanne 5× bis 2007 2× ab 7/2009 5× ab 2007 3× ab 7/2009 Montreux 5× bis 2007 2× ab 7/2009 5× ab 2007 3× ab 7/2009 Sion 5× bis 2007 2× ab 7/2009 5× ab 2007 3× ab 7/2009 Anmerkungen In der Schweiz verkehrten Cisalpino-Neigezüge zwischen 1998 und 2009 (seither sind sie in Besitz der SBB und Trenitalia); zwischen 2005 und 2009 wurden zudem alle grenzüberschreitenden konventionellen Züge von Cisalpino als Eurocity geführt. Zwischen 2008 und September 2009 verkehrten zwischen Genf und Italien statt Neigezüge konventionelles Zugmaterial. Ab 2007 verkehrten alle Cisalpino-Züge der Lötschbergachse via Basistunnel, die Halte in Frutigen, Kandersteg und Goppenstein entfielen. Im Bahnhof Visp hielten nur die Cisalpino-Züge aus Basel, diejenigen aus Genf nicht. Die ebenfalls von Cisalpino betriebenen Intercity-Züge Biasca/Bellinzona–Mailand sind unter der Linie EC3 aufgeführt
Italien Bahnhof Neigezug EuroCitynur ab 2005 Milano Centrale 8× 15× Domodossola 4× 5× Stresa 2× 2× Gallarate 2× 3× Como San Giovanni 4× 10× Seregno 5× Monza 10× Brescia 2× 2× Desenzano del Garda-Simione 2× 2× Peschiera del Garda 2× 2× Verona Porta Nuova 2× 2× Vicenza 2× 2× Padova Centrale 2× 2× Venezia Mestre 2× 2× Venezia Santa Lucia 1× 2× Monfalcone 1× Trieste Centrale 1× Milano Rogoredo 1× Pavia 1× Voghera 1× Genova P.P. 1× Genova Brignole 1× Santa Margherita Ligure-Portofino 1× Rapallo 1× Chiavari 1× Sestri Levante 1× Levanto 1× Monterosso 1× La Spezia Centrale 1× Carrara 1× ab 2006 Viareggio 1× ab 2006 Pisa Centrale 1× ab 2006 Livorno Centrale 1× ab 2006 Piacenza 1× Bologna Centrale 1× Firenze SMN 1×
Cisalpino