Die Geschichte Erfurts wurde von seiner Bedeutung als mittelalterlicher Handelsplatz geprägt. Bereits als frühgermanische Siedlung entstanden, hatte es sich durch die günstige Lage am Schnittpunkt der Handelswege (vor allem der Via Regia) eine herausragende Position im Warenhandel schaffen können. Schon kurz nach seiner Gründung entwickelte sich Erfurt zum Zentrum des Thüringer Raumes. mini|hochkant|Wappen der Stadt Erfurt mini|Erfurt Anfang des 13. Jahrhunderts (Karte von 1879)
Vorgeschichte und Mittelalter: Erfurt als selbstständige Stadt mini|140px|links|Runeninschrift kaba(Kamm von Frienstedt) mini|Rest der inneren Stadtmauer aus dem 11. Jahrhundert am Brühler Garten mini|Die Alte Synagoge wurde ab 1094 errichtet und ist die älteste erhaltene Synagoge Mitteleuropas mini|Das Collegium Maius, ehemaliger Sitz der 1392 gegründeten Universität mini|Pavese des Erfurter Rathauses von 1385. Das Wappen zeigt das damalige vierteilige Erfurter Wappen mit dem Erfurter Rad, das Wappen der 1324 eingegliederten Grafschaft Vieselbach, den Adler der Herrschaft Kapellendorf (1352) und die vier Pfähle der Herrschaft Großvargula (1385). Das Schild gelangte 1918 als Geschenk des Städtischen Museums Erfurt in die Rüstkammer des Residenzschlosses Dresden. Spuren erster Besiedlung finden sich bereits aus vorgeschichtlicher Zeit. So zeugen archäologische Funde im Norden Erfurts von menschlichen Spuren aus der Altsteinzeit um 100.000 v. Chr.
Funde in der Grube von Erfurt-Melchendorf belegen eine Besiedlung im Neolithikum. Sie gehören der Baalberger Kultur an (4200–3100 v. Chr.), der ältesten Stufe der frühbäuerlichen Trichterbecherkultur. Hauptverbreitungsgebiet der Baalberger Kultur war das mittlere Elbe-Saale-Gebiet, aber auch Mecklenburg-Vorpommern und Brandenburg.
Nach einer keltischen Periode besiedelten germanische Gruppen, vermutlich Hermunduren, Angeln und Warnen, die Region. Westlich von Erfurt existierte während der römischen Kaiserzeit eine Siedlung, die 2001 bis 2003 etwa zur Hälfte ausgegraben wurde (Erfurt-Frienstedt).
Zwar lassen die Überlieferungen auf die Anwesenheit der Thüringer (Thuringi) im Erfurter Gebiet gegen Ende des 5. Jahrhunderts schließen, doch konnten für den gesamten Zeitraum zwischen dem 4. und dem 10. Jahrhundert bisher keine entsprechenden archäologischen Funde im Altstadtgebiet nachgewiesen werden.Dies konstatierte 2014 Karin Sczech, die Referentin des Landesamtes für Archäologie (Erfurts Wurzeln gibt es bisher nur auf Papier, in: Thüringische Landeszeitung, 29. März 2014). Aus der römischen Kaiserzeit hingegen wurden römische Importe – knapp 200 Münzen, die bis in das 3. Jahrhundert reichen, dazu 150 römische Keramikfragmente – und mehr als 200 Fibeln entdeckt. Hinzu kommen elf Körpergräber der Haßleben-Leuna-Gruppe.Christoph G. Schmidt: Der mitteldeutsche Fundplatz Frienstedt: Vorbild Feind? Germanische Elite unter römischem Einfluss. Dissertation, 2015 (unveröff.).
Im Jahr 2012 haben Archäologen bei der Auswertung von Ausgrabungen in einer großen germanischen Siedlung zwischen der Kernstadt und ihren Ortsteilen Frienstedt und Gottstedt die älteste Schrift Mitteldeutschlands und das älteste schriftlich festgehaltene westgermanische Wort entdeckt. Ein Kamm aus der Zeit um 300 nach Christus weist in Runen die Inschrift „Kaba“ (Kamm) auf.Sensationsfund in Erfurt bei Ausgrabungen. Thüringische Landeszeitung, 13. April 2012.Grit König: Vier Buchstaben haben die Forscher elektrisiert. Älteste mitteldeutsche Runen auf einem Kamm aus Hirschgeweih entdeckt. Thüringische Landeszeitung, 28. April 2012.
Die erste urkundliche Erwähnung von Erfurt erfolgte im Jahr 742, durch Missionserzbischof Bonifatius aus Mainz mit der Bitte an Papst Zacharias um Bestätigung von „Erphesfurt“. Dieses Bistum wurde 755 mit dem von Mainz vereinigt. 805 erklärte Karl der Große Erfurt zu einem der Grenzhandelsplätze an der Grenze des Frankenreiches. Anschließend wurde eine erste, der heiligen Maria geweihte Kirche errichtet, die jedoch archäologisch nicht nachweisbar ist. Die ältesten Knochenfunde unter der Kirche konnten mit der Radiokohlenstoffmethode auf 1038 ± 44 datiert werden. Sie stammen aus einer Umbestattung und verweisen auf einen möglichen Vorgängerbau, der bisher unentdeckt blieb.Karin Sczech: Die mittelalterliche Stadtentwicklung Erfurts nach den archäologischen Befunden, in: Mark Escherich, Christian Misch, Rainer A. Müller (Hrsg.): Entstehung und Wandel mittelalterlicher Städte in Thüringen, Lukas, Berlin 2007, S. 112–126, hier: S. 115. Erfurt war unter den Karolingern und Ottonen eine Königspfalz; aus karolingischer Zeit stammt eine Münze Lothars I.Karin Sczech: Die mittelalterliche Stadtentwicklung Erfurts nach den archäologischen Befunden, in: Mark Escherich, Christian Misch, Rainer A. Müller (Hrsg.): Entstehung und Wandel mittelalterlicher Städte in Thüringen, Lukas, Berlin 2007, S. 112–126, hier: S. 116. Ab etwa 1000 traten die Erzbischöfe von Mainz auch als weltliche Herren in Erfurt auf.
In den Jahren 852, 936 und 1181 fanden wichtige Reichstage statt. So wurde zum Beispiel Ende 1181 Heinrich der Löwe durch Friedrich Barbarossa verurteilt und drei Jahre in die Verbannung geschickt. Am 26. Juli 1184 kam es bei einem Aufenthalt des römisch-deutschen Königs Heinrich VI. während einer königlichen Ratsversammlung zum Erfurter Latrinensturz, einem Gebäudeeinsturz, der eine hohe Zahl von Menschenleben forderte.
Die Stadtumwallung von 1066 gehört zu den frühesten Befestigungen in Deutschland. Im Rahmen des Investiturstreites schloss sich der Mainzer Erzbischof dem Gegenkönig Rudolf von Rheinfelden an. Infolgedessen wandte sich Heinrich IV. gegen das mainzische Erfurt. 1080 eroberten seine Truppen die Stadt und steckten sie in Brand. Im 11. und 12. Jahrhundert wurden nebeneinander königliche und mainzische Münzen geprägt.
Die Erzbischöfe ließen Erfurt durch Vizedoms verwalten, deren Amt ab Mitte des 13. Jahrhunderts für einige Generationen in der Familie Vitzthum erblich wurde. 1120 ist erstmals von den „Bürgern Erfurts“ die Rede. 1212 bildete sich im Zuge der Wirren des staufisch-welfischen Thronstreits ein erster, noch von Ministerialen geprägter Rat; eine grundlegende Ratsreform führte 1255 zur Herausbildung einer machtvollen und eigenständigen Bürgergemeinde, die nun nach und nach die Kompetenzen des erzbischöflichen Stadtherren an sich zog und zunehmend als Herrschaftsträger in die Region eingriff. Die daraus resultierenden Auseinandersetzungen zwischen Rat und Mainzer Erzbischof erreichten 1279 einen Kulminationspunkt. Erzbischöfliche Amtsträger wurden misshandelt und aus der Stadt verjagt. Der Erzbischof antwortete mit dem Bann. Das verhängte Interdikt lastete zweieinhalb Jahre auf der Stadt.
1289/90 hielt Rudolf von Habsburg Hof im Erfurter Peterskloster, die Stadt wurde für zehn Monate zum Mittelpunkt der Reichsverwaltung. Auf dem Erfurter Reichstag standen die Regelung der Thronfolge im Hinblick auf die Nachfolge seines Sohnes Albrecht und die Maßnahmen zur Wiederherstellung der Reichsrechte und des Landfriedens in Thüringen auf der Tagesordnung. Zur Wiederherstellung des Landfriedens in Thüringen wurden mit Hilfe der Erfurter über 60 Raubritterburgen und ummauerte Höfe gestürmt und zerstört.
In Erfurt haben sich einige herausragende Zeugnisse jüdischer Kultur des hohen Mittelalters erhalten. Dazu zählen die Alte Synagoge, deren Bau 1094 begann, womit sie heute die älteste erhaltene Synagoge Europas darstellt. Auch die benachbarte, aus dem 13. Jahrhundert stammende Mikwe zählt zu den ältesten in Europa. 1998 wurde bei Ausgrabungen in der Michaelisstraße ein jüdischer Schatz gefunden, dessen Inhalt zu den bedeutendsten Zeugnissen jüdisch-mittelalterlicher Kultur in Europa zählt. Mit einem Pestpogrom im Jahr 1349 nahm die erste jüdische Gemeinde Erfurts ein jähes Ende. Dennoch wurden ab 1354 wieder Juden in Erfurt ansässig, darunter etliche wohlhabende Familien. Die zweite jüdische Gemeinde entwickelte sich zeitweise zu einer der größten ihrer Zeit. 1453/54 kündigte der Rat der Stadt den Schutz der Juden und erzwang ihre endgültige Abwanderung. Danach siedelten sich erst im 19. Jahrhundert wieder Juden in der Stadt an.
Mit ca. 18.000 bis 20.000 Einwohnern entwickelte sich die Stadt im 14. und 15. Jahrhundert zu einer Stadt im Range einer mittelalterlichen Großstadt, die nur von Köln, Nürnberg und Magdeburg hinsichtlich der Größe übertroffen wurde. Erfurt erreichte damit den Gipfel seiner wirtschaftlichen, politischen und geistig-kulturellen Entwicklung im Mittelalter und wurde der Mittelpunkt des Handels im mittleren Heiligen Römischen Reich. Dazu gehörte auch die bereits im 13. Jahrhundert einsetzende Entwicklung Erfurts zu einem der größten Waidmärkte des Reiches. In etwa 300 Dörfern Thüringens wurde die Waidpflanze angebaut, aus deren Blättern man ein begehrtes und gewinnbringendes Blaufärbemittel gewann und welches mit dem wirtschaftlichen Aufschwung der Stadt eng verbunden war. 1331 erhielt Erfurt das Messeprivileg von Kaiser Ludwig IV.
Erfurt war bereits im 13. Jahrhundert zu einem Bildungszentrum von weit ausstrahlender Bedeutung herangewachsen. Keine andere Stadt in Deutschland hatte in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts mehr Studenten. Im Occultus Erfordensis von 1281/1283 wird die (vermutlich fiktive) Zahl von 1000 Erfurter Scholaren angegeben. Geprägt wurde diese Zeit durch das Wirken von Meister Eckhart, der ab 1277 hier studiert hatte und ab 1292 Prior des Erfurter Dominikanerklosters und Vikar seines Ordens für Thüringen war. Er machte mit seinen Predigten und Schriften Erfurt zu einem Zentrum der theologischen Philosophie jener Zeit. In der ersten Hälfte des 14. Jahrhunderts entwickelte sich das Erfurter studium generale zur bedeutendsten Bildungsanstalt im Römisch-Deutschen Reich. Neueste Forschungen ergaben, dass schon zuvor die Universität 1379 mit ihrem Gründungsprivileg als erste und älteste Universität auf deutschem Boden gegründet worden war. Die bisherige Datierung auf 1392 war dem Umstand geschuldet, dass der offizielle Lehrbetrieb zu diesem Zeitpunkt aufgenommen wurde.Robert Gramsch: Erfurt – Die älteste Hochschule Deutschlands. Vom Generalstudium zur Universität. (Schriften des Vereins für die Geschichte und Altertumskunde von Erfurt Bd. 9), Erfurt 2012, S. 75–92. Bei der Gründung ist zu beachten, dass es sich hierbei um eine nicht-fürstliche, sondern bürgerliche, und somit durch den Rat der Stadt gegründete Universität handelte.
mini|links|Martin-Luther-Denkmal
Einer der bekanntesten Absolventen der Universität Erfurt war Martin Luther, der hier von 1501 bis 1505 studierte und seinen Magister der philosophischen Fakultät erhielt. Ebenfalls in der Umgebung Erfurts kam ihm die stürmische Erleuchtung. In der Nähe von Stotternheim (etwa zehn Kilometer nördlich des Erfurter Zentrums) wurde Luther 1505 bei einem schweren Unwetter beinahe vom Blitz getroffen und legte der Legende nach sein „Stotternheimer Gelübde“ („Heilige Anna, ich will Mönch werden“) ab. Sein Leben widmete er fortan der Kirche und trat dem Augustinerorden als Mönch bei. Bis 1511 lebte und predigte Luther im Augustinerkloster. In den Reformationskriegen litt die Universität sehr. In dieser Zeit war das Stadtbild durch die Türme von 25 Pfarrkirchen, 15 Klöstern und Stiften und zehn Kapellen geprägt.mini|400px|Erfurter Ansicht um 1525