In die Baureihe 099 wurden mit der Einführung der EDV-Nummerierung 1968 bei der Deutschen Bundesbahn die noch vorhandenen Schmalspurlokomotiven der Baureihe 99 eingeordnet. Die bisherige Ordnungsnummer wurde dabei nur um eine führende 0 ergänzt.
Bei der Einführung des Nummernsystems der Deutschen Bundesbahn bei der Deutschen Reichsbahn zum 1. Januar 1992 wurden die vorhandenen Schmalspurlokomotiven in die Baureihe 099 eingeordnet. Dabei erhielten alle Lokomotiven wegen des Entfalles einer Stelle neue Ordnungsnummern, die keinen Rückbezug auf die bisherigen Nummern zuließen. Allerdings gab es einen Hinweis auf die verwendete Spurweite (siehe auch Umzeichnungsplan für Schmalspurtriebfahrzeuge 1992).
Bezeichnung bei DR bzw. DB Bezeichnung bei DB ab 1968 Bezeichnung bei DR ab 1970 Bezeichnung ab 1992 frühere Bezeichnung Spurweite Achsformel99.21Tenderlokomotive1000 mmC n2t99.2299.722099 140Einheitslokomotive1000 mm1’E1’ h2t99.23–2499.723–72499.023–024099 141–157Neubaulokomotiven1000 mm1’E1’ h2t99.3299.232099 901–099 903Einheitslokomotiven900 mm1’D1’ h2t99.3399.233099 904–905900 mmD h2t99.51–6099.151–160099 701–713Sächsische IV K750 mmB’B’ n4vt99.63099.63Württembergische Tssd750 mmB’B’ n4vt99.64–71099.6599.164–171099 720–721Sächsische VI K750 mmE h2t99.73–7699.173–176099 722–735Einheitslokomotiven750 mm1’E1’ h2t99.77–7999.177–179099 736–757Neubaulokomotiven750 mm1’E1’ h2t99.45399.453099 760TB Glückauf und Trusetal750 mmD n2t99.46399.463099 770–771RüKB Nr. 51Mh bis 53Mh750 mmD h2t99.48099.480099 780–781KJI Nr. 20 und 21750 mm1’D h2t99.59099.590099 110–113NWE Nr. 11 bis 22, NWE Nr. 411000 mmB’B n4vt99.60099.600099 120NWE Nr. 211000 mm1’C1’ h2t99.61099.610099 130NWE Nr. 6 und 71000 mmC h2t 099