Thomas Auer ist der Name folgender Personen:
* Thomas Auer (Politiker) (1865–1942), österreichischer Politiker (CSP), Salzburger Landtagsabgeordneter Thomas Auer (Ingenieur) (* 1965), deutscher Ingenieur, Gebäudephysiker und Hochschullehrer Thomas Auer (Eishockeyspieler) (* 1982), österreichischer Eishockeyspieler