Die beiden 1969 geweihten Orgeln des Domes St. Kilian in Würzburg wurden von der Bonner Orgelmanufaktur Klais erbaut. Die Orgelanlage besteht aus der fünfmanualigen Hauptorgel mit 87 Registern an der westlichen Sängerempore und der als Chororgel ausgeführten Querhausorgel im südlichen Querhaus, die über 23 Register verfügt. Seit 2012 können beide Instrumente sowohl von der Querhausorgel als auch von der Hauptorgel zusammen gespielt werden. Das Gesamtensemble mit 110 Registern bildet eine der größten Orgelanlagen Deutschlands. Daneben gibt es in der Domsepultur eine Orgel von Johann Philipp Seuffert mit 11 Registern aus dem Jahr 1740.

Geschichte Mittelalter und frühe Neuzeit Die Existenz einer Orgel im Mittelalter ist unter Historikern umstritten. Eine Urkunde aus dem Jahr 1284 erwähnt im Zusammenhang mit dem Augustinerorden eine Orgel.Urkunde 888. In: 1572 schaffte schließlich Fürstbischof Friedrich von Wirsberg für das Domstift ein Positiv für die liturgische Verwendung im Chor der Kirche an.

Der Bau einer größeren Orgel wurde erstmals von Wirsbergs Nachfolger als Fürstbischof Julius Echter von Mespelbrunn ins Auge gefasst, scheiterte jedoch an der Finanzierung, wie auch die Einrichtung einer Stelle für einen Domorganisten. Erst im Rahmen der Umgestaltung der Kirche unter Echter wurde der Plan erneut aufgegriffen und 1611 schließlich der Augsburger Orgelbauer Georg Weißlandt mit dem Vorhaben beauftragt. Dieser hatte zwar einen Gehaltsvorschuss angenommen, war nach einem Jahr aber noch nicht mit dem Bau vorangeschritten, woraufhin der Auftrag 1614 an Jacob Niehoff aus Köln weitergegeben wurde. 1620 war das Instrument an der Westwand des nördlichen Querschiffs fertiggestellt. Für den Organisten wurde eigens ein kleiner Turm mit Treppenaufgang an die Außenwand angefügt. Die Orgel verfügte über insgesamt 20 Register auf zwei Manualen und Pedal mit Springladen. Beschädigungen durch Feuchtigkeit im Mauerwerk hatten jedoch zur Folge, dass schon 1630 nur noch das Werk des Rückpositivs spielbar war. Im Dreißigjährigen Krieg wurde es 1631 bei der Einnahme der Stadt durch die Schweden vollständig zerstört, blieb als Ruine jedoch bis 1655 stehen.

Zur selben Zeit plante das Domkapitel bereits die Anschaffung einer neuen Orgel. Zunächst wurde jedoch um 1654 eine weitere Empore im südlichen Querschiff errichtet, die dem Nachfolgerinstrument keine finanziellen Mittel übrigließ. Erst 1664 erwarb der Domvikar Veit Cablaner ein weiteres Positiv aus dem Nachlass des wenige Jahre zuvor verstorbenen Orgelbauers Linhard Schannat, das ab 1667 durch Jost Philipp Schleich aus Lohr am Main ausgebaut und vervollständigt wurde, jedoch weiterhin nur über ein Manual und Pedal mit zehn Registern verfügte. Alternativ wird diese Arbeit Johann Philipp Schleich ab 1666 zugeordnet, der stattdessen ein nicht näher beschriebenes Rückpositiv instandgesetzt und erweitert haben soll. Der beauftragte Domorgelbauer Johann Hoffmann baute das Instrument 1700 erneut aus. Als Provisorium intendiert, wurde die Orgel nicht in die 1701 errichtete Stuckatur des Domes miteinbezogen. Das Instrument war bis zu seinem Abbruch wegen Abnutzung 1770 im Einsatz.

Ein Nachfolgeinstrument mit Rokokoprospekt wurde noch im selben Jahr durch den in Würzburg ansässigen Orgelbauer Adam Adolph Otto geliefert, das sich in seinem Umfang aber nicht von der vorherigen Orgel unterschied. Durch die hauptsächliche Nutzung für die Gottesdienste der Pfarrei des Doms und erhielt so die Bezeichnung Pfarrorgel. 1861 oder 1871 wurde dem Instrument durch Balthasar Schlimbach ein weiteres Manual hinzugefügt, dessen Sohn Martin Joseph Schlimbach 1907 im alten Prospekt von Otto eine neue Orgel errichtete.

Ab 1675 war der Erwerb einer zweiten Orgel für das südliche Querhaus im Gespräch gewesen, deren Bau 1701/1702 durch Johann Hoffmann begonnen wurde. Die Ausgestaltung des Prospekts aus der Hand des Hausschreiners des Domstifts, Ferdinand Bielefeld, erfolgte im Rahmen der barocken Umgestaltung des Dominneren und unter Mitwirkung von Balthasar Esterbauer, was die Fertigstellung der Orgel bis 1705 verzögerte. 1713 und 1722 erfolgten Erweiterungen des Instruments um zwei Register und vermutlich ein weiteres, zweites Manual. Das Instrument, in Abgrenzung zur Pfarrorgel Stiftsorgel genannt, wurde 1886 durch den Würzburger Orgelbauer Martin Joseph Schlimbach umgebaut, von wo an es 29 Register umfasste.

I Hauptwerk C–d3 1. Bordun 16′ 2. Principal 8′ 3. Gamba 8′ 4. Flauta 8′ 5. Quintaton 8′ 6. Gedackt 8′ 7. Octav 4′ 8. Gedackt 4′ 9. Quint 3′ 10. Superoctav 2′ 11. Scharf 2′ 12. Mixtur V 2′ 13. Cymbel III 2′ II Positiv C–d3 14. Praestant 8′ 15. Gamba 8′ 16. Waldflöte 8′ 17. Gedackt 8′ 18. Salicional 8′ 19. Piffra 8′ 20. Principal 4′ 21. Flaute 4′ 22. Flageolet 2′ Pedal C–g 23. Subbaß 16′ 24. Gedactbaß 16′ 25. Octavbaß 8′ 26. Mixturbaß VI 27. Posaunenbaß 16′ 28. Posaunenbaß 8′ Koppeln: II/I, I/P, II/P

Neubau 1937 durch Klais Die im Jahr 1937 durch die Orgelmanufaktur Klais erbaute Orgelanlage bestand aus drei Teilorgeln: einer im südlichen Querschiff, einer im nördlichen Querschiff und einem Portal- bzw. Bombardewerk über dem Westportal mit insgesamt 80 Registern auf vier Manualen und Pedal. Der Otto-Prospekt der Pfarrorgel, deren Werke nach Kleinostheim verkauft worden waren, wurde vergrößert nachgebaut, um die Pfeifen des neuen Ober- und Schwellwerks fassen zu können, nun aber im nördlichen Querschiff auskragend aufgehängt, wodurch die Empore Platz für den Chor ließ. Auf ihr stand ebenso der viermanualige Generalspieltisch, die südliche Empore verfügte über einen eigenen Spieltisch. Die Orgel im südlichen Querschiff, die das Hauptwerk des gesamten Orgelkomplexes bildete, wurde im Prospekt der Stiftsorgel von Hoffmann verbaut, deren Werke ihrerseits in die im selben Jahr eingeweihte Kirche Unsere Liebe Frau verbracht und dort beim Bombenangriff auf Würzburg am 16. März 1945 zerstört wurden.

I Unterwerk C–g3Rohrflöte 8′Violflöte 8′Blockflöte 4′Soloterz ′Sifflöte ′Krummhorn 8′Trichterregal 4′ I Positiv C–g3Quintade 8′Praestant 4′Oktave 2′Waldflöte 2′Nachthorn 1′Sesquialter II Scharff VI II Hauptwerk C–g3Principal 16′Oktave 8′Holzflöte 8′Rohrquinte ′Oktave 4′Koppelflöte 4′Kornett III–VRauschpfeife IIIMixtur IV–VITrompete 16′ Pedal C–f2Principal 16′Gedackt 16′Oktave 8′Choralbass 4′Spitzflöte 2′Posaune 16′Basstrompete 8′Klarine 4′Singend Kornett 2′

III Oberwerk C–g3Principal 8′Nachthorngedackt 8′Salicional 8′Oktave 4′Schweizerpfeife 4′Nasat ′Mixtur IVKleincymbel IIIDulcian 16′Trompete 8′Krummhornregal 8' IV Schwellwerk C–g3Gedacktpommer 16′Holzprincipal 8′Lieblich Gedackt 8′Spitzgamba 8′Oktave 4′Querflöte 4′Kleinoktave 2′Tertian IITrompette harmonique 8′Oboe 8′Kopftrompete 4′ Pedal C–f2Subbass 16′Zartbass 16′Principal 8′Gedackt 8′Bassoktave 4′Flachflöte 2′Bombarde 16′

I Bombarde C–g3Kupferprincipal 8′Grobgedackt 8′Kupferoktave 4′Jubalflöte 4′Progressio IV–VGroß-Cymbel V–VITrombone 16′Tromba 8′Klarine 4′ Pedal C–f2Untersatz 32′Flötenbass 16′Offenbass 8′Flöte 4′Hintersatz V–VIKontratuba 32′Basstuba 16′

Zerstörung im Zweiten Weltkrieg und Pläne für den Wiederaufbau Bei einem alliierten Luftangriff auf Würzburg am 19. Februar 1945 fiel das Bombardewerk über dem Westflügel der Zerstörung zum Opfer.

Beim schweren Bombenangriff auf die Stadt am folgenden 16. März, bei dem der gesamte Dom schweren Schaden nahm, wurden schließlich sowohl die Stifts- als auch die Pfarrorgel zerstört.

Zwar waren die Orgelempore im nördlichen Querschiff und der Zugang zu dieser erhalten geblieben, doch wurde für den Wiederaufbau beschlossen, die neue Orgel an einen anderen Standort zu verlegen, der auch Platz für eine Sängerempore böte. Der Zugang zur Empore wurde somit alsbald zugemauert. Dennoch waren im Vorfeld verschiedene Standorte in den Schiffen und im Chorraum diskutiert worden.

Das Domkapitel präferierte eine Empore am Westende des Langhauses. Der mit dem Wiederaufbau des Doms beauftragte Hans Döllgast hatte ins Auge gefasst, die Orgelempore allerdings nicht mehr als zwei bis drei Meter in den Kirchenraum hineinragen zu lassen, sodass das Mittelschiff ohne einen „architektonischen Fremdkörper“ auskomme.

Neubau durch Klais 1969 Die im Jahr 1969 erbaute Orgelanlage, die wiederum Klais gefertigt hatte, besteht aus der an der inneren Westwand des Langhauses gelegenen Hauptorgel mit 87 Register und der Chororgel mit 23 Register auf einer Empore im südlichen Querschiff. Die Hauptorgel hat 6652, die Chororgel 1398 Pfeifen. Die Domuhr aus dem Jahr 1574 mit ihrem barocken Stuckrahmen von 1701 ist in den modernen Prospekt integriert.

Über der Chorempore ist eine zweite Empore eingezogen, auf der der Spieltisch untergebracht ist. Dieser ist dem Stil Aristide Cavaillé-Colls nachempfunden, die Registerreihen sind jedoch abweichend in ihrer treppenförmigen Abstufung genau an die Höhe der Manuale angepasst. An der Rückwand dieser eigentlichen Orgelempore befinden sich das teils über Jalousien schwellbare Rückpositiv, das für die Begleitung des Chors ausgelegt ist, mit den auf C und Cis aufgeteilten Spanischen Trompeten des eigenen Trompeteria-Werks, das dem fünften Manual zugeordnet ist, zu beiden Seiten.

Das Schwellwerk ist hinter dem durchlässigen Zifferblatt der Uhr eingezogen und vom dem Kirchenraum aus nicht zu sehen, das Hauptwerk hingegen unmittelbar darüber in einer Nische in der Rückwand angebracht. Das Positiv als III. Werk befindet sich beiderseits der Spieltischempore. Die äußersten Pedaltürme links und rechts enthalten die Pfeifen des Praestant 32′.

Überholung 2012 mini|hochkant|Emporenspieltisch 2007 war der Bau einer neuen Chororgel beschlossen worden, die frühestens 2009 hätte eingeweiht werden sollen. Die Inhaftierung des Orgelbauers Karl Göckel, dessen Firma Steinmeyer das Instrument hätte errichten sollen, aufgrund eines Betrugsfalls verhinderte jedoch den Baubeginn.

Im Jahr 2012 erfolgte im Zuge der Innensanierung des Doms auch eine Überholung der Orgel durch die Erbauerfirma. Sie schuf einen neuen, zentralen Spieltisch im Bereich der Querhausorgel, von dem aus nun beide Orgeln angespielt werden können. Der ehemalige zweimanualige Spieltisch der Querhausorgel mit mechanischer Spieltraktur wich dabei einem viermanualigen Generalspieltisch mit elektrischer Traktur. Auf diese Weise ist der Organist näher am liturgischen Geschehen um den Ambo und kann den Gemeindegesang auch von hier aus mit der Hauptorgel begleiten. Die Register der Querhausorgel am Hauptorgelspieltisch befinden sich in einer Schublade links am Spieltisch und können beliebig auf die Manuale des Hauptorgelspieltisches gelegt werden. Aufgrund der akustischen Verzögerungen beim Spielen wurden vor beiden Orgeln Mikrofone im Raum aufgehängt, die die jeweils andere Orgel über Monitorboxen an den Spieltischen überträgt. Zudem wurde ein Register im Positiv ausgetauscht (nun Trompete 8′), das Instrument gereinigt und die Intonation stärker grundtönig überarbeitet. Die Spieltraktur der Hauptorgel wurde überarbeitet und der Schwellkasten neu isoliert, um die Stimmhaltung des Schwellwerks zu verbessern. Klais ersetzte über 80 Pfeifen der Chororgel, darunter die Prospektpfeifen, durch neue mit geänderten Mensuren, um mehr Grundtönigkeit zu erreichen. Schließlich erhielt das Gehäuse eine neue farbliche Fassung. Die Orgelanlage verfügt über 110 Register und gehört damit zu den größten Orgeln in Deutschland.

Instrumente Hauptorgel Die Hauptorgel ist wie folgt disponiert: