duimnael|regs|220px|Op Stellenbosch is van 1862 tot 1865 die argitek Carl Otto Hager se bekendste ontwerp, die moederkerk se veranderings en vergroting, opgerig. Met sy gebruik van Gotiese elemente het hy 'n reuse-invloed uitgeoefen op die Suid-Afrikaanse kerkboukuns in die daaropvolgende dekades tot argitekte soos Wynand Louw en Gerard Moerdijk in die eerste helfte van die 20ste eeu 'n inheemse kerkboustyl begin ontwikkel het.
Die NG gemeente Stellenbosch is die tweede oudste gemeente van die Nederduitse Gereformeerde Kerk in Suid-Afrika.
Stigting Die gemeente is, net 21 jaar ná die NG gemeente Kaapstad, gestig deur ds. Johannes Overney wat van Kaapstad af gekom het om die eerste diens te hou "in een der beste gelegene en bekwaamste Vrijmans Woningen" op Sondag 13 Oktober 1686, by welke geleentheid hy gepreek het oor Jesaja 52:7: "Hoe liefelijk zijn op de bergen de voeten desgenen, die het goede boodschapt, die den vrede doet horen; desgenen, die goede boodschap brengt van het goede, die heil doet horen; desgenen, die tot Sion zegt: Uw God is Koning." Statebybel. URL besoek op 1 November 2015. In die namiddag het hy drie kinders gedoop. As konsulent het hy die gemeente elke drie maande besoek en intussen is die dienste waargeneem deur die sieketrooster Mankadan. In Januarie 1687 is die eerste kerkraad aangestel, bestaande uit een ouderling en een diaken. Die diaken was Dirk Coetzee.
Die hoeksteen van die eerste gebou is gelê in Februarie 1687. Danksy die lieflike samewerking van die gemeente en groot hulp verleen deur goewerneur Simon van der Stel, deur wie die dorp aangelê en na wie dit ook genoem is, kon dié kerkie reeds op 19 Oktober 1687 ingewy word deur ds. Johannes van Andel van Kaapstad. Die teks waaroor hy gepreek het, was Numeri 6:23–27. Dit was geleë in die teenwoordige Kerkstraat op die erf waar die ou Wium-losieshuis later gestaan het, en in die omgewing daarvan is met verbouings etlike lyke uitgegrawe, aangesien dit destyds gebruiklik was om mense van enige onderskeiding binne-in die kerk te begrawe. Dreyer, eerw. A. 1907. Historisch Album van de Nederduitsche Gereformeerde Kerk in Zuid Afrika. Kaapstad: Cape Times Beperkt. Hierdie getroue leraar het begin met sending en onderwys onder die slawe en onderhoriges, maar dit was hom nie beskore om die kerk se inwyding by te woon nie, aangesien hy op 5 Mei daardie jaar oorlede is, 'n slagoffer van die koors (bedoelende waarskynlik malaria).
Die eerste notule van die gemeente wat behoue gebly het, en wat bes moontlik ook die heel eerste is, is dié van 15 Oktober 1697. In dieselfde jaar kon ds. Petrus Kalden van Kaapstad aan die Klassis van Amsterdam rapporteer: "Die gemeente aan Stellenbosch groei daagliks aan en het nou oor die 50 lidmate, na wie ek my vier maal per jaar begeef om die sakramente aldaar te bedien, wat tydens my afwesigheid deur 'n sieketrooster waargeneem word zoodat deze plaets door verloop van tijd zeer aanzienlik staan te worden, nemende alle jaeren in Leeden toe, tot welke de Algenoegsame Godt zijn seegen wil vergunnen en ons bestralen met zijn genade en gunstige tegenwoordigheyt."
duimnael|links|300px|Stellenbosch se tweede kerk, wat in 1862 en '63 vergroot is tot die huidige gebou. Voor die aanstelling van ’n vaste leraar is die dienste van tyd tot tyd waargeneem deur die predikante van die Kaap die Goeie Hoop en dié van Drakenstein (gestig 1891), naamlik ds. E.F. le Boucq, een van die ywerigste leraars van destyds. Onder die konsulent, ds. Petrus Kalden, het die gemeente slegs 50 lidmate getel.
Ds. Hercules van Loon Die eerste predikant, wat uit Holland as vaste leraar aangestel is, was ds. Hercules van Loon (1700–'04). Hy het in Maart 1700 uit sy vaderland aan die Kaap aangekom en die diens op Stellenbosch aanvaar waartoe hy deur die bewindhebbers in Holland benoem is. Hy is, waarskynlik in Holland, getroud met Maria Engelbregt. Hulle het hul testament op 14 Mei 1700 gemaak en hul eersteling, Philippus, is op 28 Mei 1703 gedoop. Van ds. Van Loon se werk is min bekend, maar blykbaar het hy dit met ywer aanvaar. Engelbrecht, prof. dr. S.P. 1952. Die Kaapse predikante van die sewentiende en agtiende eeu. Kaapstad en Pretoria: H.A.U.M.-De Bussy.
Op 26 Junie 1704 het ds. Van Loon tragies aan sy einde gekom. Op daardie dag het hy van sy plaas, digby Stellenbosch geleë, na sy huis gery en sy keel met 'n pennemes afgesny. Niemand het ooit geweet wat hom in wanhoop laat verval het nie. Hierna het sy weduwee dit moeilik gehad. Die politieke raad het haar op 10 Maart 1710 as "doodgrawer" (grafgrawer) aangestel. Op 27 Julie daardie jaar is sy deur ds. H. Beck hertrou met die sekunde Willem Helot, 'n wewenaar. Hy het ná die dood van goewerneur Louis van Assenburg as waarnemende goewerneur opgetree van Desember 1711 tot 28 Maart 1714, toe die nuwe goewerneur bevestig is. Helot is in Mei 1714 oneervol as sekunde ontslaan en na Holland teruggestuur, waarheen Stellenbosch se eerste predikantsvrou hom waarskynlik vergesel het.
Ds. Henricus Beck duimnael|300px|regs|Stellenbosch se tweede kerk is in 1722 voltooi. Ds. Henricus Beck (1704–'26) is in 1701 deur die Klassis van Amsterdam na die Kaap gestuur as opvolger van ds. Pierre Simond van Drakenstein. Die grootste gedeelte van sy gemeentelede was Franssprekend; daarom is juis ds. Beck uitgesoek, want hy was Frans besonder goed magtig. Sy opdrag was om in Hollands te preek, maar om met huisbesoek, waar nodig, Frans te praat. Hy het op 13 April 1702 in die Kaap aangekom en is in Mei na Drakenstein. Ná 'n moeilike dienstyd daar is ds. Beck in 1704 ná ds. Van Loon se selfdood na Stellenbosch verplaas, maar hy het nog tot 1707 elke 14 dae die dienste op Drakenstein waargeneem. Op Sondag 13 Februarie 1707 is hy op Stellenbosch deur ds. Kalden in die huwelik bevestig met Johanna Constantia Elsevier, gebore op Ceylon in 1685. Sy was 'n dogter van die sekunde Samuel Elsevier.
Ds. Beck het die teenwerking en verdagmaking van mense uit die anti-Van der Stel-groep ondervind. Meermale het van hulle sy lewe versuur en allerhande beskuldigings teen hom ingebring, maar telkens is hy, ook deur die nuwe bewind wat op dié van Willem Adriaan van der Stel gevolg het, eervol gehandhaaf. Met W.A. van der Stel se val op 16 April 1707 – dus twee maande ná ds. Beck se huwelik – het daar 'n algehele verandering in die Kaap se bestuur gekom. Dit was nie alleen die goewerneur wat teruggeroep is nie, maar ook ander persone, onder wie die sekunde Samuel Elsevier, ds. Beck se skoonvader, en ds. Petrus Kalden. Dit was vir ds. Beck netelig. In Stellenbosch en Drakenstein het die anti-Van der Stel-groep vergeefs probeer om hom ook in die moeilikheid te bring, en toe is hy deur die nuwe bewind gelas om die dienste aan die Kaap in die plek van ds. Kalden waar te neem. Naas die opregtheid van die duiwe het hy ook die versigtigheid van die slange nodig gehad, veral met die onrusstoker ds. Le Boucq by hom. Maar hy het hom in al die moeilikhede gehandhaaf en kon ook sy deel bydra om 'n mate van kalmte te weeg te bring. Tot by die koms van ds. D'Ailly in 1708 het ds. Beck alleen gestaan in die bearbeiding van al drie die gemeentes. Dit was 'n moeilike taak in hierdie tyd toe die vlamme van twis en partyskap verterend na alle kante uitgeslaan het.
Nadat ds. Johannes Godefridus D'Ailly op 5 Februarie 1708 sy intreepreek in Kaapstad gehou het, en ds. Beck self sy afskeidspreek, is laasgenoemde na Stellenbosch terug. Maar ná ds. D'Ailly se dood in 1726 is hy weer na die Kaap verplaas en het tot die einde van sy dienstyd die bediening daar vervul. Hy het die werk bly doen tot hy in 1729 "weegens zijn hooge jaaren, swak lighaam en swakke memorie" sy ontslag aangevra het, wat hom dan ook in 1731 eervol verleen is, met behoud van sy traktement. Ondanks sy hoë ouderdom was hy tog nog gewillig om preekbeurte waar te neem wanneer dit nodig was. Hy het blykbaar 'n ouer indruk gemaak as wat hy jare getel het. Otto Mentzel, wat in die jare 1733–1741 aan die Kaap gewoon het, praat van hom as 'n grysaard van ongeveer 80 jaar. Hy het as liefhebbery 'n paar kanonnetjies in sy tuin gehad wat hy met feestelike geleenthede afgevuur het. Toe hy sy tuin verkoop, het hy versoek dat hulle nog 'n keer met kruid gelaai en afgeskiet word. Sy vrou is voor hom oorlede en daar was nie kinders nie. Ook sy suster wat in 1726 weduwee geword het, is voor hom oorlede. Hy was dus eensaam toe hy self in Junie 1755 die weg van alle vlees gaan. In sy testament het hy die kinders van sy suster gedenk en aan 'n paar slawe vrylating gegee. Aan die diakonie het hy 50 ryksdaalders bemaak.
In ds. Beck se dienstyd is ’n nuwe kerk ingewy op dieselfde plek waar die teenswoordige gebou staan. Die eerste kerkgebou, in 1687 opgerig en reeds in 1689 vergroot, het in 1710 afgebrand in ’n brand wat die hele dorp op drie huise na in puin gelê het nadat die slaaf van landdros Samuel de Meurs gebied is "om vuur in die vertrek te brengen". Intussen is die dienste gehou in die pastorie en in ’n "pershuize" wat behoort het aan die heemraad Jan Botma. Transport van die stuk grond vir kerk, voorhof en begraafplaas is verleen 3 Julie 1717 deur goewerneur Mauritz Dusques de Chavonnes. Die gemeente Kaapstad, wat destyds oor £9 300 beskik het, het ’n lening gegee en deur buitengewone kollektes moes die koste gedek word sodat die kerk eers in 1722 voltooi kon word, maar sonder solder, vloer, orrel of konsistorie ingewy is, toe die lidmaattal, ná 36 jaar, steeds niks meer as 60 getel het nie.
’n Lang vakature Die gemeente het in die begin veel gelei weens lang vakatures. Toe ds. Beck in 1726 na Kaapstad verplaas word, is die dienste op Stellenbosch gedurende die sewe jaar lange vakature waargeneem deur die diensdoende predikant van Drakenstein. Dit het skadelik op albei gemeentes ingewerk en daartoe aanleiding gegee dat laasgenoemde se kerkraad in 1729 aan die Klassis van Amsterdam geskryf het om hulle in te lig oor die las wat dit vir Drakenstein se gemeente meegebring het dat hul predikant, ds. Lambertus Slicher, wat ses uur te perd van Stellenbosch af gewoon het, genoodsaak is om langs berge en dale, oor moeilike weë, derwaarts te ry, en dit, veral in die winter, vir die leraar ’n groot ongerief veroorsaak het; daarom het die kerkraad die klassis versoek om ’n leraar vir Stellenbosch te beroep en uit te stuur. Die jaar daarna het ook Stellenbosch se kerkraad aan die klassis geskryf om eerbiedig ’n leraar te versoek en in 1732 skryf albei kerkrade saam: "Die versoek wat ons meermale gerig het om ons gemeentes van leraars te voorsien, word ons nou genoodsaak om opnuut te rig. Allereers versoek ons smekend ’n leraar vir die gemeente van Stellenbosch, wat reeds omtrent sewe jaar herderloos is tot groot nadeel van die gemeente sowel as die opgroeiende jeug, asook tot skade van die diakonie, wat vir die gemeente ’n bron van groot droefheid is."
Ds. Salomon van Echten Gevolglik was die gemeente se blydskap groot toe eindelik later daardie jaar ds. Salomon van Echten as vaste leraar aangestel word en met sy werksaamhede kon begin. Ongelukkig het die regering hom reeds in 1736 na Drakenstein verplaas, met die verstandhouding dat hy die Stellenbosse gemeente moes bly waarneem tot tyd en wyl die Here XVII die vakante leraarsamp weer met ’n leraar sou vul. Ds. Van Echten is in 1706 in Haarlem gebore en het in Groningen studeer en daarna in Leiden, waar hy op 18 September 1727 as student ingeskryf het. In 1732 het die Klassis van Amsterdam hom as predikant vir die Kaapse Kerk beroep en, nadat hy die beroep aangeneem het, is hy op 7 April deur die klassis peremtoir geëksamineer, met handoplegging georden en ’n tydjie later het hy en sy vrou, Jacobina Geerards, na Suid-Afrika vertrek met die Carssenhof, waar hulle in November aangekom het.