De geschiedenis van Linden begint rond 2500 vóór Christus - men spreekt van het Neolithicum - toen er een heuse volksverhuizing plaatsvond. Het waren boeren en jagers die zich met de inlandse bevolking begon te vermengen, zo ook in het Hageland. Zo zijn er in de omgeving van Kessel-Lo, Korbeek-Lo, de Leming, Holsbeek en Heverlee verschillende gebruiksvoorwerpen terug gevonden. Doordat ze open plekken kapten in de omliggende bossen ontstond er grote erosie die de humus en de leemlagen naar de valleien deed afschuiven. Zo ontstonden reeds in dat tijdperk de schilderachtige holle wegen die in Linden en omstreken talrijk aanwezig zijn.
thumb|Veldweg in Linden Gallo-Romeinse periode Ondanks dat er in de omliggende streken talrijke bewijzen zijn van Romeinse aanwezigheid is er in Linden geen spoor van terug te vinden. Verschillende schrijvers hebben vermeld dat een Romeinse villa gevonden werd te Linden, doch het gaat hier om een vergissing. Het betreft het dorp Linden in Noord-Brabant. Ook met de zeven Romeinse grafheuvels in het Loobos tussen Linden en Pellenberg moeten we voorzichtig te werk gaan. Het enige dat we weten is dat er geen Romeinse wegen waren in Linden omdat de centuratio niet werd doorgevoerd in beboste streken wat grotendeels het geval was te Linden. Er is dus geen enkel bewijs dat er hier mensen woonden in de 3e eeuw. Verbleven er toch, dan moeten ze weinig talrijk geweest zijn en daarbij arm, want er werd hier niets gevonden.
Bij gebrek aan archeologische bronnen kunnen we toponiemen raadplegen die we terugvonden in teksten van de 15e en de 16e eeuw en die betrekking hebben op de geschiedenis van Linden. thumb|Smal pad tussen de velden aan de watertoren van Linden thumb|Zicht op Tempelveld, de naam komt wellicht van de Tempelridders thumb|Speelbergen thumb|Scheistraat
Aerdgat: aerd (veld, grond), gat (gate, gasse, gade = kleine weg) kleine veldweg. Er liep een aardgat niet ver van de Speelberg. Binnenveld: (dicht bij de Bredestraat) Gronden van deze zijde van de grens Braeckelingen: braak + suffix ling = braakliggend land Bremhof: Hoeve in de omgeving van bremstruiken Coudenberghof: Hoeve op de plaats van de Coudenberg Caberij of Caberay of Caberhay: Waarschijnlijk corruptie in de volksmond van de Coudebergheide Cockey: onbekende veldnaam Gontenblok: ook Gontersblok. Eigennaam (Gunter) + blok = stuk land Hoorbeek: Hurnjon = uitloper van hoogland + beek Hoemortele: ook Hootmortere (1215) op grens van Lubbeek, Hout = bos, mortere = zand, slijk, modder, bouwland Hontheuvel: Hont = hoog + heuvel Kandelaren bos: bos in de vorm van een kandelaar? Kalfstong: stuk land in de vorm van een kalfstong? Kattenhage: (wilde)kattenbos Krantenberg: Creytenberg (hoeve bij plein) onbekend Leming: leem + suffix ing. Kleigronden in vallei Manspad: smalle weg, niet voor karren Nutsberg: onbekend Ophem: hooggelegen woon = op + heim Pollepel(veld): vorm van pollepel of eigennaam. Maria Pollepel bezat daar een stuk grond. Prinsgal: voor springal = werpmachine, katapult. Eigennaam? Rondenbos: achter Plein = rond bos Roos: Raus = riet; hoeve bij de Diestse baan, groeide er daar riet? Volgens andere bron: roos : bareel, wat hier goed past. Saethof: onbekend Sefting: onbekend Scheistraat: straat tussen 2 velden Speelbergen: misschien Speeltbergen. Speelt = witte hagendoorn. Schoolbergen: Schoorbergen = schorre + berg. Schorre is moeras of bos op hoge zandgrond. Steenveld: Steensubstraat komt hier aan de oppervlakte Tempelveld: veld behorende aan de Tempel. In Linden van de familie van den Tympel. Verloren kost: Waardeloze grond, droge zandgrond Vleugt: vleug = vogelkooi Wolfhage: Wolvenbos, bij de Davidstraat
Veel toponiemen zijn grensnamen. Op deze plaatsen (grenzen of kruispunten) plantte men palen of bomen (elzen, beuken of linden). Later werden er aan die bomen door geloofspredikers een kruis of Mariabeeld gehangen. Zo ontstonden vele veldkapellen. Later bouwde men een kapel omringd door 2 of drie bomen. Een mooi voorbeeld van zo'n kapel is het kapelleke van de Speelberg (opgericht in 1661). Deze kapel, op de scheiding tussen Linden, Holsbeek en Dutsel, was wellicht eerst een grenspaal. Maar ook nu kunnen we niet met zekerheid zeggen of er in de 5e eeuw al mensen woonden in Linden. In de 8e eeuw bestond er in de Brabantgouw geen enkele belangrijke plaats, zelfs Leuven is nergens vermeld, laat staan Linden.
In 884 - of misschien 874 - kwamen de Vikings zich in Leuven nestelen. Van hier uit begonnen ze hun strooptochten door het land en ook Linden moest er aan geloven. Pas in 892 verdwijnen ze uit de Lage Landen.
Feodale tijd Pas in de 12e eeuw kennen we met zekerheid de namen van de heren van Linden, we mogen dus stellen dat hun voorzaten hier woonden in de 11e en misschien ook de 10e eeuw. Het waren grootgrondbezitters die de bescherming van een graaf niet nodig hadden. Ze leefden op hun heerlijkheid in de villa (hoeve), waar ze recht spraken. In die tijd trokken veel inwoners van Linden naar Leuven, meer bepaald naar het castrum daar waar ze in alle veiligheid konden leven. Pas in 1158 vinden we in een brief van Godeschalk van Affligem het eerste doorslaand bewijs dat er een kerk was in Linden vóór 1125. In het jaar 1498 kwam er echter een einde aan de heren van Linden - er was geen wettelijke mannelijke erfgenaam - en ging de titel over naar een patriciërsgeslacht van Leuven, het geslacht Van den Calsteren.
In het jaar 1379 is er in een document voor het eerst sprake van het kasteel van Linden. De woning diende echter niet als vaste verblijfplaats maar als buitenverblijf voor de familie Van den Calsteren. Het was een stenen huis van 12 bij 6 meter, waarschijnlijk met water omringd. Rond 1391, de heer van Linden trad voor de 3e maal in het huwelijk, was het kasteel helemaal heropgebouwd, niet meer als een burcht maar als een mooi huis, in de stijl van de 14e-15e eeuw in rode baksteen en witte speklagen.
Middeleeuwen Net zoals alle oude Germaanse dorpen lagen de akkers rond de dorpskern en werd de kerk gebouwd op de rand van die akkers. In Linden stond de kerk naast het huis van de heer, wat besluit dat het een domaniale kerk was. Linden was dus een kleine nederzetting rond een groot domein. Buiten deze kern lagen nog andere kleine huizengroepjes langs de wegen. Veel van die wegen dateren nog uit de voorhistorie. De twee belangrijkste die door Linden liepen, en er nu nog zijn, zijn de Houwaartse baan en de baan Leuven-Diest.
thumb|right|Wijnbouw vlak buiten de dorpskern Op het gebied van landbouw was Linden heel traditioneel: het dorp was opgedeeld in kouters, akkers, weilanden, ... , er was een drieslagsysteem, er ontstonden driesen (kunstmatige weides), er werd vee gehouden, enz. Opmerkelijk is dat er al sprake was van wijnbouw in Linden tijdens deze periode, meer bepaald op de Schoorbergen. Op de helling achter het kasteel lag er een wijngaard en we weten dat de familie Van den Calsteren in 1431 rente betaalde aan de universiteit op een grond "naast de wijngaard".
In de 16e eeuw brandde het dorp echter volledig uit en zijn er veel archiefstukken verloren gegaan. Zo was er ooit een hoeve op de Coudenberg. Deze hoeve werd in 1578 door de Spanjaarden afgebrand. Groot was Linden niet: zo'n dozijn hoeven en een twintig houten huizen. Volgens een kohier van 1686 leefden er in Linden 120 mensen. Volgens een telling van de handenarbeiders in 1755 woonden er 45 zielen (kinderen inbegrepen). Het was dus een dunbevolkt, onooglijk modderdorpje, zonder geschiedenis.
In 1642 trouwde Mathilda van den Calsteren met ridder Roelants, die hierdoor de heerlijkheid verwierf op zijn naam. Uit dit huwelijk kwam een dochter voort, wier zoon in 1513 de nieuwe landheer werd. Hierdoor kwam er weer een nieuwe familie aan de macht: van der Tommen.
thumb|left|Raelbeekhoeve Tijdens het bewind van de Spanjaarden waren het zware tijden voor de Lindenaars. Linden werd totaal verwoest, het kasteel lag in puin en de inwoners hadden hun onderkomen genomen in de omliggende dorpen die gespaard bleven.
In 1693 telde Linden 17 gezinnen die samen 83 personen telden. De handarbeiders werden niet meegeteld omdat ze geen bede moesten betalen. Een tiental jaar daarvoor, in 1657, kocht de heer De Vroey in 1657 de heerlijkheid van Linden af van de heer Van de Beken-Pasteels. Het landhuis lag nog steeds in puin en werd door de nieuwe eigenaar volledig heropgebouwd. In de buurt werd omtrent dezelfde tijd een ander "Speelgoed" opgetrokken door de heer Van Raelbeek. Dit werd gebouwd in de nabijheid van het oud kasteel, aan de overkant van de Houwaartstraat. Het werd een mooi groot huis in rode baksteen met witstenen omlijstingen.
Tot op het einde van de 17e eeuw heerste er rust in het Hageland. Voor Linden waren het goede jaren: het dorp werd heropgebouwd en de boeren konden in vrede hun velden beploegen.
In 1660 brak de pest uit en ook Linden werd zwaar getroffen. De heer van Linden en de parochie besloten om een Mariakapel te bouwen op de Speelberg. Men plaatste er een Sint-Rochusbeeld bij omdat hij de beschermer was tegen de pest. Op deze plaats hing vroeger een Mariabeeld aan een boom. In de jaren erna groeide het inwonersaantal tot 120 in 1683. Dit getal is echter onnauwkeurig omdat de handarbeiders niet meegeteld werden.
Nieuwe Tijd Alles was rustig in de lage landen tot aan de dood van keizer Karel VI in 1740 die een dochter na liet die keizerin werd onder de naam Maria Theresia. Lodewijk XV maakte gebruik van de aanwezigheid van een vrouw op de troon om het rijk van de Habsburgers aan te vallen. In 1745 werd de stad Leuven bezet en moest ook Linden instaan voor het onderhoud van de Franse soldaten. Op 13 oktober 1748 werd er vrede gesloten te Aken en kon Linden de wonden likken, er moest namelijk een gigantische schuld afgelost worden. In de jaren er na groeide de bevolking aan tot 150, in 1779 was dit al gegroeid tot 300. Het leven ging vanaf dan zijn gewone gang. De boeren gingen kijken naar de nieuwe vaart die gegraven werd van Leuven naar Mechelen, maar ze hadden genoeg te stellen met hun land en met de schulden die ze nog moesten aflossen.
Vanaf 1794 braken er moeilijke tijden aan voor Linden en omstreken. Dit kwam door de aanhechting bij Frankrijk. De oogst moest ingeleverd worden en in elke dorp werd er een lijst opgemaakt van de paarden en karren. In 1798 brak de Boerenkrijg uit. Dit werd een beroerde tijd voor Linden want de opstandelingen opereerden vanuit de abdij van Vlierbeek. Op 25 oktober trok de aanvoerder Corbeels met 3000 "brigands" van Diest naar Leuven en logeerde met zijn benden op de hoogte van Kessel en Linden. Op 1 december kwam het tot een treffen en men zegt dat de Fransen er 60 doden achter lieten. In oktober van het jaar 1799 werden te Brussel 9 mannen onthoofd, onder hen een inwoner van Linden: Jan Gheys, 25 jaar.
Moderne Tijd thumb|left|Het wit kasteel te Linden