Het Midden-Amerikaanse land Costa Rica kent een enorme biodiversiteit. Ongeveer 240 zoogdiersoorten bewonen Costa Rica.
thumb|right|300px|De roodstaartboomeekhoorn (Sciurus granatensis) uit de familie Sciuridae
Orde Artiodactyla: Evenhoevigen Familie Cervidae: Herten Midden-Amerikaans rood spieshert - Mazama temama Witstaarthert - Odocoileus virginianus
Familie Tayassuidae: Pekari’s Witlippekari - Tayassu albirostris Halsbandpekari - Tayassu tajuca
Orde Carnivora: Roofdieren Familie Canidae: Hondachtigen Prairiewolf - Canis latrans Grijze vos - Urocyon cinereoargenteus
Familie Felidae: Katachtigen Jaguarundi - Herpailurus yaguaroundi Ocelot - Leopardus pardalis Tijgerkat - Leopardus tigrinus Margay - Leopardus wiedii Jaguar - Panthera onca Poema - Puma concolor
Familie Mephitidae: Skunks Amazone-varkenssnuitskunk - Conepatus semistriatus Gekraagde skunk - Mephitis macroura Zuidelijke gevlekte skunk - Spilogale angustifrons Oostelijke gevlekte skunk - Spilogale putorius
Familie Mustelidae: Marterachtigen Aira - Eira barbata Gewone grison - Galictis vittata Neotropische visotter - Lutra lomgicaudis Langstaartwezel - Mustela frenata
Familie Procyonidae: Kleine Beren Olingo - Bassaricyon gabbii Harris' olingo - Bassaricyon lasius [endemisch] Midden-Amerikaanse katfret - Bassariscus sumichrasti Witsnuitneusbeer - Nasua narica Rolstaartbeer - Potos flavus Krabbenetende wasbeer - Procyon cancrivorus Wasbeer - Procyon lotor
Orde Cetacea: Walvisachtigen Familie Balaenopteridae: Vinvissen Edens vinvis - Balaenoptera edeni Bultrug - Megaptera novaeangliae
Familie Delphinidae: Dolfijnen Gewone dolfijn - Delphinus delphis Dwerggriend - Feresa attenuata Indische griend - Globicephala macrorhynchus Grijze dolfijn - Grampus griseus Orka - Orcinus orca Witlipdolfijn - Peponocephala electra Zwarte zwaardwalvis - Pseudorca crassidens Amazonedolfijn - Sotalia fluviatilis Slanke dolfijn - Stenella attenuata Gestreepte dolfijn - Stenella coeruleoalba Gevlekte dolfijn - Stenella frontalis Langsnuitdolfijn- Stenella longirostris Snaveldolfijn- Steno bredanensis Tuimelaar - Tursiops truncatus
Familie Physeteridae: Potvissen Dwergpotvis - Kogia breviceps Kleinste potvis - Kogia simus Potvis - Physeter catodon
Familie Ziphiidae: Spitssnuitdolfijnen Zuidelijke butskop - Hyperoodon planifrons Dolfijn van Cuvier - Ziphius cavirostris
Orde Chiroptera: Vleermuizen Familie Desmodontia: Vampiervleermuizen Gewone vampier - Desmodus rotundus Witvleugelvampier - Diaemus youngi Ruigpootvampier - Diphylla ecaudata
Familie Emballonuridae: Zakvleugelvleermuizen Grijze zakvleugelvleermuis - Balantiopteryx plicata Ruigharige vleermuis - Centronycteris centralis Kastanjebruine zakvleugelvleermuis - Cormura brevirostris Grijze schedestaartvleermuis - Cyttarops alecto Spookvleermuis - Diclidurus albus Grote hondsvleermuis - Peropteryx kappleri Kleine hondsvleermuis - Peropteryx macrotis Langneusvleermuis - Rhynchonycteris naso Tweestrepige zakvleermuis - Saccopteryx bilineata Kleine tweestrepige zakvleermuis - Saccopteryx leptura
Familie Furipteridae: Furievleermuizen Kortduimvleermuis - Furipterus horrens
Familie Molossidae: Bulvleermuizen Mexicaanse hondskopvleermuis - Cynomops mexicanus Shaw-bulvleermuis - Eumops auripendulus Dwergbulvleermuis - Eumops bonariensis Wagner-bulvleermuis - Eumops glaucinus Sanborn-bulvleermuis - Eumops hansae Coiba-fluweelvleermuis - Molossus coibensis Bonda-fluweelvleermuis - Molossus currentium Pallas-fluweelvleermuis - Molossus molossus Miller-fluweelvleermuis - Molossus pretiosus Zwarte fluweelvleermuis - Molossus rufus Allen-fluweelvleermuis - Molossus sinaloae Guanovleermuis - Tadarida brasiliensis
Familie Mormoopidae: Bladkinvleermuizen Kleine kaalrugvleermuis - Pteronotus davyi Grote kaalrugvleermuis - Pteronotus gymnonotus Parnell-snorbaardvleermuis - Pteronotus parnellii Snorbaardvleermuis - Pteronotus personatus
Familie Natalidae: Trechteroorvleermuizen Mexicaanse trechteroorvleermuis - Natalus stramineus
Familie Noctilionidae: Hazenlipvleermuizen Kleine hazenlipvleermuis - Noctilio albiventris Grote hazenlipvleermuis - Noctilio leporinus
Familie Phyllostomidae: Amerikaanse bladneusvleermuizen Handley-haarpootvleermuis - Anoura cultrata Geoffroys bladneusvleermuis - Anoura geoffroyi Hooglandvruchtenvleermuis - Artibeus aztecus Gervais-vruchtenvleermuis - Artibeus cinereus Kleine vruchtenvleermuis - Artibeus glaucus Jamaica-vruchtenvleermuis - Artibeus jamaicensis Grote vruchtenvampier - Artibeus lituratus Dwergvruchtenvleermuis - Artibeus phaeotis Laaglandvruchtenvleermuis - Artibeus toltecus Watson-vruchtenvleermuis - Artibeus watsoni Kastanjekleurige kortstaartvleermuis - Carollia castanea Brilbladneusvleermuis - Carollia perspicillata Noordelijke kortstaartvleermuis - Carollia sowelli Rode kortstaartvleermuis - Carollia subrufa Grijsaardvleermuis - Centurio senex Salvins bladneusvleermuis - Chiroderma salvini Kleine grootoogvleermuis - Chiroderma trinitatum Ruigharige vleermuis - Chiroderma villosum Godman-langstaartvleermuis - Choeroniscus godmani Wolharige valse vampiervleermuis - Chrotopterus auritus Witte vleermuis - Ectophylla alba Fluweelvruchtenvleermuis - Enchisthenes hartii Bruine langtongvleermuis - Glossophaga comissarisi Grijze langtongvleermuis - Glossophaga leachii Kleine langtongvleermuis - Glossophaga soricina Kleine grootoorvleermuis - Glyphonycteris daviesi Bruine kortoorvleermuis - Glyphonycteris sylvestris Underwood-langtongvleermuis - Hylonycteris underwoodi Oranjekeelgrootoorvleermuis - Lampronycteris brachyotis Bruine langneusvleermuis - Lichonycteris obscura Goldman-nectarvleermuis - Lonchophylla mordax Panamese langtongnectarvleermuis - Lonchophylla robusta Zwaardneusvleermuis - Lonchorhina aurita Braziliaanse rondoorvleermuis - Lophostoma brasiliense Witkeelrondoorvleermuis - Lophostoma silvicolum Langpootvleermuis - Macrophyllum macrophyllum MacConnell-vleermuis - Mesophylla macconnelli Harige grootoorvleermuis - Micronycteris hirsuta Kleine kortoorvleermuis - Micronycteris microtis Dwerggrootoorvleermuis - Micronycteris minuta Schmidt-kortoorvleermuis - Micronycteris schmidtorum Gouden lansneusvleermuis - Mimon cozumelae Gestreepte lansneusvleermuis - Mimon crenulatum Noordelijke lansneusvleermuis - Phylloderma stenops Bonte lansneusvleermuis - Phyllostomus discolor Grote lansneusvleermuis - Phyllostomus hastatus Witstreepbreedneusvleermuis - Platyrrhinus helleri Grote breedneusvleermuis - Platyrrhinus vittatus Sturnira burtonlimi Geelschoudervleermuis - Sturnira lilium Hooglandgeelschoudervleermuis - Sturnira ludovici Luis-geelschoudervleermuis - Sturnira luisi Talamanca-geelschoudervleermuis - Sturnira mordax Streepkoprondoorvleermuis - Tonatia saurophila Franjelipvleermuis - Trachops cirrhosus Niceforo-grootoorvleermuis - Trinycteris nicefori Prieelvleermuis - Uroderma bilobulatum Gestreepte geeloorvleermuis - Vampyressa nymphaea Kleine geeloorvleermuis - Vampyressa pusilla Grote streepgezichtvleermuis - Vampyrodes caraccioli Grote onechte vampier - Vampyrum spectrum
Familie Thyropteridae: Hechtschijfvleermuizen Hondurashechtschijfvleermuis - Thyroptera discifera Driekleurhechtschijfvleermuis - Thyroptera tricolor
Familie Vespertilionidae: Gladneusvleermuizen Bleke woestijnvleermuis - Bauerus dubiaquercus Braziliaanse bruine vleermuis - Eptesicus brasiliensis Argentijnse bruine vleermuis - Eptesicus furinalis Grote bruine vleermuis - Eptesicus fuscus Westelijke rode vleermuis - Lasiurus blossevillii Haarstaartvleermuis - Lasiurus castaneus Zuidelijke gele vleermuis - Lasiurus ega Zilverharige platsnuitvleermuis - Myotis albescens Sierlijke platsnuitvleermuis - Myotis elegans Haarpotige platsnuitvleermuis - Myotis keaysi Zwarte platsnuitvleermuis - Myotis nigricans Bergplatsnuitvleermuis - Myotis oxyotus Oeverplatsnuitvleermuis - Myotis riparius Thomas-gele vleermuis - Rhogeessa io Kleine gele vleermuis - Rhogeessa tumida
Orde Lipotyphla: Insecteneters Familie Soricidae: Spitsmuizen Gewone kortoorspitsmuis - Cryptotis gracilis Merriam-kortoorspitsmuis - Cryptotis merriami Monteverde-kortoorspitsmuis - Cryptotis monteverdensis Zwarte kortoorspitsmuis - Cryptotis nigrescens Midden-Amerikaanse kortoorspitsmuis - Cryptotis orophila
Orde Lagomorpha: Haasachtigen Familie Leporidae: Echte haasachtigen Braziliaans konijn - Sylvilagus brasiliensis Dices katoenstaartkonijn - Sylvilagus dicei Floridakonijn - Sylvilagus floridanus
Orde Marsupialia: Buideldieren Familie Didelphidae: Buidelratten Derby-wolhaaropossum - Caluromys derbianus Wateropossum - Chironectes minimus Zwartooropossum - Didelphis marsupialis Virginiaanse opossum - Didelphis virginiana Alston-dwergbuidelrat - Micoureus alstoni Mexicaanse dwergbuidelrat - Marmosa mexicana Zeledon-dwergbuidelrat - Marmosa zeledoni Grijze vieroogbuidelrat - Metachirops (Philander) opossum Kaalstaartbuidelrat - Metachirus nudicaudatus
Orde Perissodactyla: Onevenhoevigen Familie Tapiridae: Tapirs Midden-Amerikaanse tapir - Tapirus bairdii
Orde Primates: Primaten Familie Cebidae: Grijpstaartapen Mantelbrulaap - Alouatta palliata Noordelijke doeroecoeli - Aotus lemurinus Gewone kapucijneraap - Cebus capucinus Geel doodshoofdaapje - Saimiri oerstedii Zwarthandslingeraap - Ateles geofrroyi
Orde Rodentia: Knaagdieren Familie Cricetidae: Hamsterachtigen en muizen van de Nieuwe Wereld Alfaro-rijstrat - Handleyomys alfaroi Donkergekleurde rijstrat - Melanomys caliginosus Bergrijstrat - Nephelomys albigularis Boquete-rijstrat - Nephelomys devius Midden-Amerikaanse vesperrat - Nyctomys sumichrasti Boomrijstrat - Oecomys trinitatis Noordelijke dwergrijstrat - Oligoryzomys fulvescens Gewone dwergrijstrat - Oligoryzomys vegetus Coues-rijstrat - Oryzomys couesi Grootoorboomrat - Ototylomys phyllotis Mexicaanse hertmuis - Peromyscus mexicanus Kortneusoogstmuis - Reithrodontomys brevirostris Panamese oogstmuis - Reithrodontomys creper Slanke oogstmuis - Reithrodontomys gracilis Mexicaanse oogstmuis - Reithrodontomys mexicanus Reithrodontomys musseri [endemisch] Nicaraguaanse oogstmuis - Reithrodontomys paradoxus Rodríguez' oogstmuis - Reithrodontomys rodriguezi [endemisch] Sumichrast-oogstmuis - Reithrodontomys sumichrasti Goldman-watermuis - Rheomys raptor Underwood-watermuis - Rheomys underwoodi Zuidelijke katoenrat - Sigmodon hirsutus Alfaro-rijstrat - Sigmodontomys alfari Harris-rijstrat - Sigmodontomys aphrastus Alston-stekelmuis - Scotinomys teguina Chiriqui-stekelmuis - Scotinomys xerampelinus Peruaanse rijstrat - Transandinomys bolivaris Talamanca-rijstrat - Transandinomys talamancae Watson-boomrat - Tylomys watsoni Breedvoetrietmuis - Zygodontomys brevicauda
Familie Dasyproctidae: Agouti-achtigen Grote paca - Cuniculus paca Midden-Amerikaanse agouti - Dasyprocta punctata
Familie Echimyidae: Stekelratten Lanshaarrat - Hoplomys gymnurus Tomes-stekelrat - Proechimys semispinosus
Familie Erethizontidae: Boomstekelvarkens Mexicaans wolharig grijpstaartstekelvarken - Coendou mexicanus
Familie Geomyidae: Wangzakgoffers Chiriquí-wangzakgoffer - Orthogeomys cavator Cherrie-wangzakgoffer - Orthogeomys cherriei [endemisch] Costa Ricaanse wangzakgoffer - Orthogeomys heterodus [endemisch] Underwood-wangzakgoffer - Orthogeomys underwoodi
Familie Heteromyidae: Stekelmuisgoffers Bosstekelmuisgoffer - Heteromys desmarestianus Heteromys nubicolens [endemisch] Bergstekelmuisgoffer - Heteromys oresterus Salvin-stekelmuisgoffer - Liomys salvini
Familie Muridae: Muizen Huismuis - Mus musculus Bruine rat - Rattus norvegicus Zwarte rat - Rattus rattus
Familie Sciuridae: Eekhoorns Panama-dwergeekhoorn - Microsciurus alfari Westelijke dwergeekhoorn - Microsciurus mimulus Deppe’s boomeekhoorn - Sciurus deppei Roodstaartboomeekhoorn - Sciurus granatensis Grote gevlekte boomeekhoorn - Sciurus variegatoides Midden-Amerikaanse bergeekhoorn - Syntheosciurus brochus
Orde Sirenia: Zeekoeien Familie Trichechidae: Lamantijnen Caribische lamantijn - Trichechus manatus
Orde Xenarthra: Tandarmen