Het Mongools bestuur over Tibet bestreek globaal de periode van 1250-1360. In deze periode was er sprake van een beperkte regionale autonomie, uitgeoefend door met name functionarissen van de sakya-traditie binnen het Tibetaans boeddhisme. Deze autonomie werd beperkt door een door de Mongoolse heersers tot stand gebrachte administratieve en bestuurlijke structuur.
Historische achtergrond thumb|right|Sakya Pandita Na de dood van Dzjengis Khan werd een aanzienlijk deel van het door de Mongolen in Centraal-Azië veroverde gebied als apanages verdeeld onder leden van de koninklijke familie. In 1239 kreeg Godan Khan, de tweede zoon van Ögedei, een apanage toegewezen, dat onder meer Tsongkha en andere delen van Amdo omvatte. Het apanage grensde dus aan gebieden in Centraal-Tibet.
In 1240 stuurde Godan Khan een kleine legermacht Centraal-Tibet in. Deze krijgsmacht dreigde het klooster Radreng te vernietigen. De abt van het klooster tekende een overgave. Gevraagd naar een persoon die de Tibetanen zou kunnen vertegenwoordigen aan het Mongoolse hof, noemde de abt Kunga Gyaltsen, de vierde uit de Khon-familie die abt (TIb. trizin) was van het klooster sakya en daarom per definitie ook het hoofd van de sakya-traditie (in sommige literatuur ook wel de Sakya trizin genoemd). Door zijn grote kennis van het Sanskriet en de Indiase cultuur was hij ook bekend onder de naam Sakya Pandita (1182-1251). Godan had enige jaren andere prioriteiten, maar in 1244 ontving Sakya Pandita de onmogelijk te weigeren uitnodiging naar zijn hof te komen. In gezelschap van zijn jonge neven Phagspa (1235-1280) en Chakna Dorjé reisde Sakya Pandita naar Lanzhou in het huidige Gansu, waar hij in 1246 arriveerde.
In de klassieke Tibetaanse geschiedschrijving volgt dan de melding van de beroemde brief van de Sakya Pandita aan alle geledingen binnen de Tibetaanse elite. Deze brief beschrijft de voorwaarden, waaronder de Mongolen bereid zijn af te zien van verwoestende invasies in Tibet. Er dient sprake te zijn van onvoorwaardelijke acceptatie van de Mongoolse soevereiniteit door alle geestelijke en wereldlijke autoriteiten. Hun autoriteit zou voortaan afhangen van deze soevereiniteitserkenning en van de formele benoeming door de Mongolen. De Tibetaanse autoriteiten zouden hun bezittingen besturen in overleg met afgevaardigden van de sakya, in overeenstemming met de Mongoolse wet. Er zou een volkstelling gehouden worden. Mongolen zouden belastingen heffen en innen, daarbij geholpen door functionarissen vanuit de sakya. De brief eindigt met een specificatie van het soort producten, die de Mongolen daarnaast als eerbetoon verwachten.
Een tweede element in de brief is de nadruk die gelegd wordt op de vaak gemelde stelling, dat de Sakya de enige vertegenwoordigers van de Mongolen in Tibet zijn en dat de abt van het klooster Sakya de voornaamste uitvoerder zou zijn van de Mongoolse soevereiniteit.
De klassieke Tibetaanse geschiedschrijving laat dan ook de hegemonie van de Sakya-traditie in Tibet met deze brief beginnen. De meeste hedendaagse tibetologen gaan er echter van uit dat deze brief een pseudepigraaf is, feitelijk aanzienlijk later geschreven op basis van omstandigheden na de dood van Sakya Pandita en om redenen van toenmalige politieke opportuniteit aan Sakya Pandita toegeschreven. De feitelijke bestuurlijke dominantie van de Sakya in Tibet werd pas na 1264 gerealiseerd.
Periode circa 1250-circa 1260 thumb|220px|Phagspa In 1251 overleed Sakya Pandita, die nooit naar Tibet was teruggekeerd. Phagspa werd de nieuwe abt van het klooster Sakya, hoewel hij daar maar een zeer beperkt deel van zijn leven aanwezig zou zijn. Möngke werd in hetzelfde jaar gekozen tot de vierde khagan van het Mongoolse Rijk. Möngke toonde meteen interesse in Tibetaanse zaken. Op dat moment lag zijn prioriteit echter bij het voornemen tot nieuwe campagnes in China en Iran. Hij had dan ook niet de bedoeling om direct een volledig Mongools bestuur in Tibet te introduceren. De afspraken tussen Godan en Sakya Pandita beschouwde hij kennelijk als een soort privéovereenkomst tussen hen beiden, die hem als keizer niet bond.
Möngke besloot om de uitoefening van Mongoolse autoriteit te delegeren naar leden van de Mongoolse koninklijke familie. Hij voerde een reorganisatie van de apanages door in Tibet. In Tibetaanse bronnen wordt dat beschreven als de realisering van een patroon-priesterrelatie tussen diverse Mongoolse prinsen en Tibetaanse scholen, tradities en kloosters. Dat is de relatie tussen een wereldlijk machthebber en een geestelijk leider of instituut. In een dergelijke relatie biedt de wereldlijk heerser zijn militaire bescherming aan de geestelijk leider, school, instituut, etc., in ruil voor spirituele opleiding en zegening.
De geografische ligging van de nieuwe apanages had ook als resultaat dat de patronage van diverse toenmalige geestelijke stromingen binnen het Tibetaans boeddhisme bij diverse leden van de Mongoolse koninklijke familie terechtkwam. Op deze manier werd "de verantwoordelijkheid voor de bescherming" van de Drikung Kagyu een taak van Möngke zelf. Dat van de Sakya bleef bij Godan. De Tsalpa Kagyu kwamen onder patronage van (toen nog) Prins Koeblai en de Taglung Kagyu onder patronage van Ariq Boke. Tijdens de periode van Möngke was het aantal apanages niet altijd gelijk, maar het waren er altijd minimaal elf. Het in omvang grootste apanage viel toe aan Hulagu. Het omvatte vrijwel het gehele westelijk deel van Centraal-Tibet, waaronder het koninkrijk Guge. In dat gebied was vooral de school van de phagdru kagyü aanwezig.
Het betekende ook, dat de diverse Tibetaanse religieuze tradities partij werden in de voortdurende onderlinge vetes tussen diverse facties binnen de Mongoolse elite.
Vanaf 1254 verbleef Phagspa aan het hof van prins Koeblai. In die periode bleef Koeblai vertegenwoordigers van andere tradities ontvangen en was er nog geen enkele sprake van een specifieke voorkeur voor de sakya-traditie. Koeblai was met name gecharmeerd van Karma Pakshi, de belangrijkste lama van de kagyü-traditie.
In 1259 overleed Möngke. Er brak een strijd uit tussen Koeblai Khan en Ariq Boke over de opvolging, die in 1264 eindigde met de overgave van de laatste. Karma Pakshi werd ervan beschuldigd het belang van Ariq Boke actief te hebben ondersteund. Hij werd voor een periode van negen jaar verbannen.
Periode circa 1260-circa 1290 thumb|right| Schilderij van Koeblai Khan op de jacht van de Chinese hofschilder Liu Guandao, c. 1280. Koeblai Khan wijzigde de bestuurlijke structuur van Tibet. Het hele Tibetaans sprekende gebied werd verdeeld in drie grote districten, waarvan Centraal-Tibet en het westen er één was. Dit district werd verdeeld in dertien myriarchiën. Het systeem van apanages werd afgeschaft met uitzondering van dat van Hulagu, de broer van Koeblai Khan. Dat laatste onderdeel van de beslissing zorgde in de decennia daarna voor veel onrust in het westen van Tibet. Ook tijdens de periode van zijn opvolgers in het Il-kanaat, Abaka Khan en Arghun, konden Tibetaanse religieuze stromingen, zoals de Drikung Kagyu zich met hulp van troepen van het kanaat tegen de dominantie van de Sakya-traditie en daarmee tegen de Yuan-dynastie blijven verzetten.
Koeblai benoemde Phagspa tot Nationaal Leermeester, een titel met een nauwelijks gedefinieerde verantwoordelijkheid voor de boeddhistische geestelijkheid en zond hem in 1264 naar Tibet. Phagspa was in het bezit van het zogenaamde Parel Document, dat Koeblai Khan vlak voor zijn vertrek had ondertekend. Volgens de klassieke Tibetaanse geschiedschrijving wordt Phagspa in dit document de wereldse en bestuurlijke verantwoordelijkheid gegeven voor alle Tibetaanse gebieden. In werkelijkheid bevestigt het document slechts de gebruikelijke vrijstelling van belasting voor de boeddhistische geestelijkheid. Wel werden in alle districten een aantal bestuurders vanuit de Sakya gestationeerd. Het jaar 1264 zou dus met enige fantasie als het begin van de dominantie van de Sakya in Tibet gezien kunnen worden.
In de twee jaren van zijn verblijf in het klooster Sakya hield Phagspa zich vooral bezig met het schrijven van religieuze geschriften en het ontwerpen van plannen voor de bouw van de Grote Tempel van het klooster. In het westen van Tibet bleef de situatie echter onrustig. De Phagdru-kagyü en de Drikung Kagyu, ondersteund door het Il-kanaat, weigerden zich bij een dominantie van de Sakya neer te leggen. Door Phagspa gevoerde onderhandelingen om het westelijk deel van Tibet onder controle van de Sakya te krijgen in ruil voor een voor hen gecreëerd territorium ten zuiden van Lhasa mislukten. Na twee jaar beval Koeblai khan Phagspa terug te keren naar het hof. Tegelijkertijd zond Koeblai Khan een legermacht naar het westen van Tibet, die de Drikung Kagyu uiteindelijk dwong de meeste van hun landgoederen over te dragen aan de Sakya. Dit werd door de Drikung, de phagdru kagyü en het Il-kanaat als een onvergeeflijke belediging gezien.
upright|thumb|Christelijke grafsteen uit Quanzhou met inscriptie uit 1314 in Phagspa- schrift
Kort daarop werd Phagspa door Koeblai Khan gevraagd een schriftsysteem te ontwerpen, waarin alle belangrijke talen van het rijk geschreven konden worden. Als beloning voor het creëren van dit Phagspa-schrift werd Phagspa in 1269 beloond met de titel van keizerlijk leermeester, waarmee hij in feite de belangrijkste religieuze autoriteit van het boeddhisme in het gehele rijk werd.
Van 1267 tot 1275 was Phagspa weliswaar formeel verbonden aan het hof van Koeblai Khan, maar hij was er bijna nooit. In de praktijk verbleef hij vooral in het noorden van Amdo. Hedendaagse tibetologen relativeren dan ook sterk de invloed die Phagspa op Koeblai Khan zou hebben gehad. Vaak geformuleerde opvattingen, die Phagspa beschrijven als bijvoorbeeld de "onderkoning van Tibet", dekken volstrekt niet de historische realiteit.
In 1275 keerde Phagspa voor een korte periode terug aan het hof om toestemming te vragen terug te keren naar Centraal-Tibet. Daarin werd toegestemd. Phagspa verloor wel onmiddellijk de titel keizerlijk leermeester. Vanaf 1276 verbleef Phagspa weer in het klooster sakya. De situatie in het westen van Tibet was nog steeds onrustig. De Drikung en de Phagdru-kagyü waren constant bezig het aan de Sakya verloren terrein te heroveren. In 1280 overleed Phagspa. thumb|Yuan Dynastie, circa 1294.
In 1285 wist een alliantie van de Drikung en troepen vanuit het Il-kanaat een aantal kloosters van de Sakya te veroveren, waarbij er enkele vernietigd werden. Enkele jaren later escaleerden de gebeurtenissen tot een soort burgeroorlog. Koeblai Khan zag zich genoodzaakt te reageren en een grote legermacht viel in 1290 het westen van Tibet binnen. Daarbij werden duizenden westelijke Mongolen gedood en werd het klooster Drigung Chayul Mangra Gon, het belangrijkste van de Drikung, geheel vernietigd. De khan van het Il-kanaat, Arghun, overleed in 1291. Na zijn dood werd het kanaat islamitisch en begin 14e eeuw werd het boeddhisme onderdrukt en werden boeddhistische tempels en kloosters vernietigd. De verbinding tussen Iran en Tibet was daarmee ook verdwenen.
Periode na 1290 Na 1290 was er een periode van circa vier decennia van betrekkelijke rust in Tibet. Het Mongoolse bewind werd niet uitgedaagd en de dominantie van de Sakya was onomstreden. Rond 1330 begon echter Changchub Gyaltsen , de stichter van de latere Phagmodru-dynastie geleidelijk de hegemonie van de Sakya te ondergraven. Na 1340 leidde dat opnieuw tot een soort burgeroorlog en rond 1353 was de Phagmodru erin geslaagd de Sakya-Mongoolse alliantie omver te werpen. 1353 wordt dan ook meestal genoemd als het jaar waarin de Mongoolse periode in Tibet eindigde.
De bestuurlijke structuur De feitelijke bestuurlijke structuur voor Tibet tijdens deze periode werd in de jaren na 1264 door Koeblai Khan gecreëerd.
Ministerie (Bureau) voor Boeddhistische en Tibetaanse Zaken