De Rode Lijst voor paddenstoelen was voorheen opgenomen in het besluit Rode Lijst paddenstoelen en nu in het besluit Rode Lijsten.
De Rode Lijsten worden regelmatig, bijvoorbeeld eens in de 10 jaar, bijgewerkt. Minister Veerman van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit heeft op 5 november 2004 de nieuwe Rode Lijsten voor bedreigde dier- en plantensoorten vastgesteld. De Rode Lijst voor paddenstoelen is zeer uitgebreid en er staan nu 1648 soorten paddenstoelen op.
De naamgeving van de soorten is aangepast. Er zijn zes soorten geschrapt, omdat ze niet aan de criteria voor plaatsing op de Rode Lijst voldoen. Het betreft de soorten Hydnangium carneum, Lycoperdon marginatum, Tuber excavatum, Typhula variabilis, Xylaria digitata en Xylobolus frustulatus.
Op de Rode Lijsten staan, naast de bedreigde soorten, beschermingsmaatregelen om deze soorten weer in aantal te laten toenemen. Doordat overheden en terreinbeherende organisaties bij hun beleid en beheer rekening houden met de Rode Lijsten, wordt gehoopt dat van de nu bedreigde organismen er over tien jaar een aantal niet meer bedreigd zal zijn en dus van de Rode lijst afgevoerd kunnen worden.
Categorieën Er worden acht categorieën onderscheiden: uitgestorven op wereldschaal in het wild uitgestorven op wereldschaal verdwenen uit Nederland in het wild verdwenen uit Nederland ernstig bedreigd bedreigd kwetsbaar gevoelig
De soorten op de Rode Lijst van 2004 Nederlandse Rode lijst (paddenstoelen F t/m J) Nederlandse Rode lijst (paddenstoelen K t/m O) Nederlandse Rode lijst (paddenstoelen P t/m T) Nederlandse Rode lijst (paddenstoelen U t/m W) Nederlandse Rode lijst (paddenstoelen X t/m eind)