Het Ministerie van Waterstaat was tussen 1906 en 1945 een Nederlands ministerie.
Hoewel reeds bij de formatie van het kabinet-De Meester (geïnstalleerd op 17 augustus 1905) besloten werd tot de instelling van dit ministerie, gebeurde dit, vanwege de afwezigheid van beoogde minister (Jakob Kraus, die op reis was naar Chili), pas daadwerkelijk op 1 juli 1906. Hiervoor (vanaf 1877) maakten de beleidsterreinen van dit ministerie, waterstaat, post en omroep, deel uit van het Ministerie van Waterstaat, Handel en Nijverheid.
In 1945 ging het Ministerie van Waterstaat over in het Ministerie van Verkeer en Energie.
Ministers van Waterstaat
kabinet-Gerbrandy III 1945 Franciscus Cornelis Marie Wijffels / Theodoor Philibert Tromp kabinet-Gerbrandy II 1941-1945 Johan Willem Albarda kabinet-Gerbrandy I 1940-1941 Johan Willem Albarda kabinet-De Geer II 1939-1940 Johan Willem Albarda kabinet-Colijn V 1939 Otto Cornelis Adriaan van Lidth de Jeude kabinet-Colijn IV 1937-1939 Johannes Antonius Marie van Buuren kabinet-Colijn III 1935-1937 Otto Cornelis Adriaan van Lidth de Jeude kabinet-Colijn II 1933-1935 Jacob Adriaan Kalff / Hendrikus Colijn (a.i.) / Otto Cornelis Adriaan van Lidth de Jeude kabinet-Ruijs de Beerenbrouck III 1929-1933 Paul Johan Reymer kabinet-De Geer I 1926-1929 Hendrik van der Vegte kabinet-Colijn I 1925-1926 Max Charles Emile Bongaerts kabinet-Ruijs de Beerenbrouck II 1922-1925 Gerardus Jacobus van Swaaij kabinet-Ruijs de Beerenbrouck I 1918-1922 Adrianus Antonie Henri Willem König kabinet-Cort van der Linden 1913-1918 Cornelis Lely kabinet-Heemskerk 1908-1913 Jean Gustave Stanislas Bevers / Syb Talma / Louis Hubert Willem Regout kabinet-De Meester 1906-1908 Jacob Kraus
Waterstaat