thumb|Begtse is in het pantheon de beschermer van het boeddhisme in Mongolië Het boeddhisme in Mongolië is vrijwel geheel Tibetaans boeddhisme. De gelugtraditie van dat boeddhisme is in het land het sterkst aanwezig.
Eerste contacten Het is waarschijnlijk dat er in wat nu het Mongoolse gebied is al in het begin van de 4e eeuw contacten zijn geweest met boeddhistische monniken. Dat is ruim drie eeuwen voor de eerste introductie van het boeddhisme in Tibet. Er zijn historische bronnen waarin duidelijk wordt dat Chinese boeddhistische monniken missieactiviteiten in die periode ondernamen in het noorden van China. In die bronnen wordt vaak het woord Burqan, het Mongoolse woord voor boeddha, gehanteerd. Er zijn archeologische vondsten van boeddhistische tempelklokken uit de 7e eeuw. In de fundering van het paleis gebouwd voor Dzjengis Khan (1167-1227) in Karakorum werden restanten gevonden van boeddhistische fresco's uit eerdere eeuwen. Al deze contacten hebben echter geen enkele blijvende boeddhistische invloed gecreëerd.
Eerste contacten met Tibetaans boeddhisme thumb|De befaamde Zilveren Boom aan het hof in Karakorum De eerste invloeden van het Tibetaans boeddhisme op de Mongolen dateren uit de tijd van het Mongoolse rijk. De eerste beschrijvingen betreffen meestal observaties van Tibetaanse lama's aan het hof in Karakorum, de toenmalige hoofdstad van het rijk.
De contacten intensiveerden gedurende de periode van Mongools bestuur over Tibet. Globaal is dat de periode van 1250-1360. Gedurende die tijd verbleven er aanzienlijke aantallen Tibetaanse lama's aan het hof. Er waren daar echter ook Nestorianen, Rooms-katholieken, Taoïsten, Chinese boeddhisten aanwezig en de invloed van het gedachtegoed van Confucius was traditioneel sterk in een Chinese omgeving.
Het sjamanisme bleef voor het overgrote deel van de Mongolen in deze periode de dominante religie. Er zijn ook uitvoerige rapporten dat sjamanen gedurende de hele duur van de Yuan-dynastie aan het hof actief waren.
Ontwikkeling van het boeddhisme in Mongolië tot 1640 thumb|Altan Khan in een boeddhistisch icoon Na de val van de Yuan-dynastie rond 1370 keerden de meeste Mongolen terug naar hun oorspronkelijke leefgebieden. De volgende periode van contacten met het boeddhisme vond opnieuw plaats vanuit China. Gedurende de Yuan-dynastie hadden Tibetaanse lama's een aantal kloosters kunnen bouwen in het noorden van China. Het boeddhisme bleef in dit deel van China aanwezig, terwijl het onder de naar hun leefgebieden teruggekeerde Mongolen afwezig was. Het is mogelijk, dat vanuit deze kloosters missieactiviteiten ondernomen werden onder de Mongolen. Er zijn documenten die duidelijk maken dat in 1431 een van die kloosters de opdrachtgever was voor het laten maken van blokdrukken van een aantal boeddhistische geschriften in het Mongools.
Vanaf de eerste helft van de 16e eeuw werden de boeddhistische kloosters in het noorden van China vervolgd door antiboeddhistische krachten aan het hof van de keizers van de Ming-dynastie. Als gevolg van deze vervolgingen moeten boeddhistische monniken gevlucht zijn naar Mongools gebied en zich daar gevestigd hebben. De eerste verwijzing naar deze monniken dateert van 1547.
Een belangrijke ontwikkeling voor het boeddhisme in Mongolië vond plaats tijdens de tweede helft van de 16e eeuw. In 1558 had Sönam Gyatso (1543-1588), de belangrijkste tulku van de gelugtraditie, alle noordelijke grensgebieden van Centraal-Tibet bezocht. Even na 1570 arriveerde de eerste delegatie van Altan Khan (1507-1582) met een uitnodiging naar zijn gebied te komen. Deze leider van de Tümed-Mongolen was erin geslaagd een groot aantal naburige stammen te overwinnen, viel herhaaldelijk het noorden van China binnen en wist op deze wijze concessies te verkrijgen van de Ming-dynastie. Altan Khan realiseerde zich echter, dat er meer nodig was om zijn veroveringen blijvend te verankeren. Altan Khan zocht die oplossing dan ook in de bekering van zijn hof en volk tot het boeddhisme in de Tibetaanse vorm. Dit zou het gebruikelijke patroon van handelen voor heersers van Mongoolse stammen worden. Toename van en pogingen tot verankering van verdere macht werden gelegitimeerd door patronage van het boeddhisme. Tijdens het bezoek ontving Sönam Gyatso de benaming dalai lama. Hij werd daarmee de eerste persoon, die tijdens zijn leven die benaming ontving. (De eerste twee dalai lama's hadden die benaming postuum ontvangen.)
Altan Khan bouwde een aantal tempels in de omgeving van Köke Khota en een aantal soetras werden daar in het Mongools vertaald.
Het werd vanaf die tijd de gewoonte onder de Mongoolse adel om minimaal één zoon voor studie naar Tibet te sturen en wellicht monnik te worden. Enkele decennia later was een van die zonen Zaya Pandita (1599-1662) een prins van de Oirat-Mongolen. Na een opleiding in Tibet vertrok hij weer naar het Mongoolse gebied. Na 1640 richtte Zaya Pandita zich vooral op missiewerk onder de westelijke Mongolen. Hij ontwikkelde voor hen een schriftsysteem, het Oiratisch schrift en slaagde erin om voor zijn dood nog ongeveer 200 canonieke geschriften in het Oiratisch te vertalen.
Sönam Gyatso keerde na zijn ontmoeting met Altan Khan niet meer terug naar Centraal-Tibet. Hij predikte gedurende de rest van zijn leven vooral in Oost-Tibet. In 1584 en 1588 reisde Sönam Gyatso weer naar Mongolië. Deze reizen gingen vooral naar het noordoosten van het Mongoolse gebied. Verschillende Mongoolse stamleiders probeerden om redenen van politiek prestige de daden van Altan Khan op dit gebied te evenaren of te overtreffen. Tijdens de reis van 1584 vond er een ontmoeting plaats tussen Sönam Gyatso en Abadai Khan (ook geschreven als Abtai Sain Khan) van de meer naar het noordoosten wonende Khalkha-Mongolen.
thumb|Erdene-Zuu Hun gebied kwam - globaal - overeen met dat van de huidige republiek Mongolië. Vanaf 1585 liet Abadai het klooster Erdene Zuu bouwen, het oudste klooster in Mongolië. Sönam Gyatso zond een lama uit de sakya-traditie om het klooster in te wijden. In dit deel van het Mongoolse gebied bleef een meerderheid van de elite tot na het midden van de 17e eeuw dan ook die traditie toegedaan.
Vanaf 1600 probeerden alle Tibetaanse religieuze tradities hun missiegebied in het Mongoolse gebied uit te breiden. Een voorbeeld daarvan is de jonangtraditie. Hun belangrijkste leraar Taranatha (1575–1634), de meest eminente Tibetaanse historicus van die periode, bracht de laatste twintig jaar van zijn leven in Mongolië door en stichtte daar een aantal kloosters.
Ook in het gebied van de zuidelijker wonende Chahar-Mongolen (min of meer het gebied dat nu de Chinese provincie Binnen-Mongolië is) werden rond 1600 volop missieactiviteiten bedreven. De leider van deze stamfederatie Ligdan Khan (1588–1634) benoemde Sharba Pandita, een monnik uit de sakya-traditie tot zijn geestelijk adviseur met een titel die ongeveer het equivalent was van dat van keizerlijk leermeester tijdens de Yuan-dynastie. Onder leiding van Sharba Pandita werd in de jaren na 1620 de eerste complete canon van het Tibetaans boeddhisme, de kangyur, in het Mongools vertaald. Daarbij werd wel gebruikgemaakt van vervalste colofons en al bestaande vertalingen.
Vlak na de dood van Ligdan Khan in 1634 kwam dit gebied onder het bestuur van Hong Taiji, de eerste keizer van de Qing-dynastie. De Mantsjoe-keizers van de 17e en 18e eeuw hadden om politieke redenen de verspreiding van het Tibetaans boeddhisme onder de Mongolen altijd aangemoedigd en gefaciliteerd. Het boeddhisme en hun hoogste vertegenwoordigers onder de Mongolen werden geacht een matigende invloed uit te oefenen op de Mongoolse warlords die in die periode nog regelmatig als een bedreiging voor de veiligheid van het rijk werden gezien. Zolang die vertegenwoordigers dat naar tevredenheid van de Chinese keizers deden, konden zij rekenen op giften, eerbetoon en het ontvangen van indrukwekkende titels. Veel van deze ontwikkelingen werden ook gestimuleerd door de uiteindelijke selectie van de vierde dalai lama. Na de dood van Sönam Gyatso stond de gelughiërarchie voor de vraag op welke wijze de tijdens zijn leven tot stand gekomen alliantie met de Mongolen gecontinueerd diende te worden.
thumb|Sjamaan van de Boerjaten Als de gelug zijn positie ten opzichte van de andere rivaliserende tradities wenste te handhaven, was er een opvolger noodzakelijk die deze alliantie kon voortzetten. Hoewel de selectie veel tegenstand binnen de gelug had, werd de reïncarnatie van Sonam Gyatso uiteindelijk gevonden in Yönten Gyatso (1589-1616), een achterkleinzoon van Altan Khan. Yönten Gyatso werd daarmee de enige niet-Tibetaanse, maar Mongoolse dalai lama.
Er zijn nauwelijks eigenstandige en onafhankelijke beslissingen van Yönten Gyatso bekend. In belangrijke mate bleef hij een marionet van de hiërarchie van de gelug en met name van de abten van de grote kloosters rondom Lhasa. Zijn installatie als dalai lama had wel een aanzienlijke impact op de Mongoolse religieuze politiek. Meer en meer Mongoolse leiders en edelen slaagden erin hun kinderen erkend te krijgen als tulku (in het Mongools "khubilgai").
Het was ook een verdere stimulans voor het vertalen en verspreiden van boeddhistische literatuur in het Mongools. Tibetaans werd de belangrijkste literaire taal voor geletterde Mongolen die op hun beurt bijdroegen aan de verdere ontwikkeling van Tibetaans boeddhistische geschriften. Zo rond 1640 was - voor in ieder geval de Mongoolse elite - het Tibetaans boeddhisme de leidende religieuze en intellectuele beweging geworden.
Bij de westelijke Mongolen was sprake van een dominantie van de gelugtraditie. In zowel het noordoostelijk gelegen Mongoolse gebied als in Binnen-Mongolië was sprake van aanwezigheid van meerdere tradities. De sakya-traditie was daar echter het sterkst.
Van alle Mongoolse groepen kwamen de Boerjaten het laatst in contact met het Tibetaans boeddhisme. De eerste boeddhistische missionarissen arriveerden pas in het begin van de 18e eeuw. Het eerste klooster in het gebied dateerde van 1730. Pas in de 19e eeuw was er sprake van een bekering van een aanzienlijk deel van de Boerjaten tot het Tibetaans boeddhisme. Veel wetenschappers, die de overgang van sjamanisme naar boeddhisme wilden bestuderen, hebben zich dan ook gericht op de Boerjaten, omdat veel sjamanistische rituelen en mythen daar het langst in de authentieke vorm bewaard waren gebleven.Heissig, Walther (1990) New material on East Mongolian Shamanism Asian Folklore Studies, Vol. 49,No. 2
De onderdrukking van het sjamanisme thumb|Ovoo thumb|In de tent aan linkerzijde twee Ongghots's In het Mongoolse sjamanisme werden vooral bergen, maar ook andere markante plaatsen in het landschap magische krachten toegekend. Dat werd zichtbaar gemaakt in de ovoo's, steenhopen die gemaakt werden op de top van een berg of in bergpassen. De top van dit religieuze systeem was de Blauwe en Eeuwige Hemel.
De middelaars tussen deze wereld en die van de mensen waren de sjamanen. De Mongoolse sjamanen behoorden tot de aristocratie van de stammen. Uit de Mongoolse kronieken wordt duidelijk, dat de combinatie van politiek/militair leider van een stam en dat van sjamaan in één en dezelfde persoon regelmatig voorkwam. Het Mongoolse woord voor sjamaan Beki kwam vaak voor in de namen van stamleiders, zoals in die van Khudukha-Beki, de belangrijkste leider van de Oirat-Mongolen in het begin van de 13e eeuw.
Er was daarnaast sprake van een omvangrijke voorouderverering. In de meest zichtbare vorm uitte zich dat in de Ongghot's. Dat waren feitelijk poppen, meestal gemaakt van vilt, maar in religieuze zin de fysieke vertegenwoordigers van de zielen van overleden sjamanen, maar ook wel van anderen. De Ongghots's speelden een belangrijke rol in rituelen, die om de bescherming en ondersteuning van de ziel of geest van een overleden sjamaan vroegen. Aan de Ongghut's werden offers gebracht zoals de eerste melk van schapen, geiten en paarden.