thumb|Een Naoëraanse krijger in 1880 De geschiedenis van Naoëro is onlosmakelijk verbonden met de winning van fosfaat. Aanvankelijk werd Naoëro bewoond door Micronesische en Polynesische volkeren. In de late 19de eeuw werd Naoëro geannexeerd door Duitsland en de extractie van fosfaat op het eiland begon in 1906. Na de Eerste Wereldoorlog werd het een door Australië, Nieuw-Zeeland en het Verenigd Koninkrijk beheerd mandaatgebied van de Volkenbond. Tijdens de Tweede Wereldoorlog werd het eiland vanaf 29 augustus 1942 bezet door Japan. In 1968 werd Naoëro onafhankelijk.
Vroegste geschiedenis thumb|Koning Auweyida, koningin Eigamoiya en enkele onderdanen in 1890 Over de vroegste geschiedenis van Naoëro is weinig bekend. Er wordt aangenomen dat de eerste bewoners van het eiland afkomstig waren van Micronesië, Polynesië en de Marshalleilanden. Niet iedereen is hiervan overtuigd, aangezien de taal van het eiland, het Naoëraans, geen gelijkenis vertoont met de taal van deze andere eilandnaties.
De traditionele gemeenschap van Naoëro bestond uit 12 stammen. Twee daarvan stierven uit in de tweede helft van de 20ste eeuw. De Eamwitstam werd beschouwd als de belangrijkste stam van het eiland. Hiertoe behoorde ook de laatste koningin van Naoëro. Elke stam had zijn eigen specifieke cultuur.
Duits protectoraat thumb|Duitse annexatie in 1888 In 1798 werd Naoëro voor het eerst ontdekt door kapitein John Fearn en hij noemde zijn ontdekking Pleasant Island. Vanaf 1830 werd het eiland regelmatig bezocht door walvisvaarders die er hun voorraad insloegen. Er immigreerden Europeanen, die huwden met lokale vrouwen. Binnen 50 jaar begon de traditionele gemeenschap onder invloed van de Europeanen uit elkaar te vallen. Dit drama eindigde in 1878 met een burgeroorlog tussen de 12 stammen. Tijdens deze oorlog werd 40% van de bevolking van Naoëro uitgeroeid.
Later werd Naoëro toegewezen aan Duitsland (door de Brits-Duitse Conventie van Berlijn). In 1888 annexeerde Duitsland het eiland en hernoemden het Nauru. In 1899 werd Naoëro opgenomen in het protectoraat Duits-Nieuw-Guinea en dit bleef zo tot de Eerste Wereldoorlog. Tussen 1887 en 1917 arriveerden er missionarissen vanuit Kiribati. Als gevolg van het werk van deze mensen gingen vele lokale tradities verloren.
Fosfaat thumb|De fosfaatmijnspoorlijn in 1908 Vanaf de 19de eeuw begonnen Europeanen het westen van de Grote Oceaan af te zoeken naar het waardevolle fosfaat. Op de eilanden Peleliu en Angaur werden toen kleine voorraden teruggevonden. Men dacht echter dat er op Naoëro niets te vinden was, tot Albert Ellis van de Pacific Islands Company in 1900 fosfaat van goede kwaliteit vond op Naoëro en Kiribati.
De Pacific Islands Company, die later haar naam veranderde in Pacific Phosphate Company, verkreeg in 1901 het recht om de fosfaatvoorraden te exploiteren. Dankzij vele verdragen met de Britten konden de Duitsers hier mee van profiteren. Vanaf 1906 werd er fosfaat gewonnen.
Toen in 1914 de Eerste Wereldoorlog uitbrak deporteerden de Duitsers de Britten naar Ocean Island, waar de Britten doorgingen met winnen van fosfaat. In november 1914 kwam HMAS Melbourne naar Naoëro en deporteerde alle 23 aanwezige Duitsers naar Australië en Australië bezette het eiland. De Britse bannelingen konden weer terugkeren naar Naoëro en gingen meteen verder met het winnen van fosfaat. Aan het einde van de Eerste Wereldoorlog wees de Volkenbond Naoëro als mandaatgebied toe aan Australië, Nieuw-Zeeland en het Verenigd Koninkrijk.
Tweede Wereldoorlog thumb|De fosfaatmijnen na de beschieting door de Duitse hulpkruiser Komet Er werd een bevoegde Australiër aangesteld om het eiland te besturen, terwijl het Verenigd Koninkrijk en Nieuw-Zeeland een stem hielden in de “Board of Administrators”. De drie landen stichtten ook de British Phosphate Commission (BPC). Australië en het Verenigd Koninkrijk hadden elk recht op 42% van het aanwezige fosfaat en Nieuw-Zeeland had recht op de overige 16%.
Van 6 tot 8 december 1940 brachten de Duitse hulpkruisers Orion en Komet vijf geallieerde koopvaarders tot zinken voor de kust van Naoëro. Drie weken later beschoot Komet de fosfaatmijnen, die zwaar beschadigd werden. In 1942 werd Naoëro door de Japanners aangevallen en op 24 augustus gaf men zich over en namen de Japanners Naoëro in met Operatie RY. In 1943 deporteerden de Japanners 1200 Naureanen naar Truk, een eiland van Micronesië (het huidige Chuuk). De Japanners namen ook de fosfaatmijnen over, maar bombardementen van de Amerikanen weerhielden de Japanners ervan om fosfaat te winnen. Op 21 augustus 1945 gaven de Japanners zich uiteindelijk over en op 13 september 1945 overhandigde de Japanse bevelhebber Hisayuki Soeda zijn katana aan de Australische bevelhebber J. R. Stevenson aan boord van het Australische fregat HMAS Diamantina (K377). 3745 Japanners en Koreanen werden tussen 1 en 3 oktober 1945 met Australische schepen via Bougainville terug naar hun land gevoerd. In januari 1946 bracht het schip Trienza 737 Naureanen terug uit de kampen in Truk. De anderen waren gestorven van honger, ziekte en ontbering. Een Australisch oorlogstribunaal veroordeelde in mei 1946 te Rabaul de Japanse Luitenant Hiromi Nakayama ter dood omdat hij vijf Australiërs had laten executeren als vergelding voor een bombardement. Hij werd op 10 augustus opgehangen.
Stichting van de onafhankelijke Republiek Naoëro thumb|Raymond Gadabu (links) en Hammer DeRoburt (midden) thumb|Marcus Stephen, van 2007 tot 2011 president van Naoëro, met de Amerikaanse president Barack Obama en zijn echtgenote Michelle op een receptie te New York Na de Tweede Wereldoorlog kwam Naoëro onder beheer van de Verenigde Naties te liggen met Australië als besturende macht. De fosfaatmijnen werden terug in gebruik genomen en vanaf 1949 werkten ze weer. In de daaropvolgende jaren 50 nam de export van fosfaat toe.
In de 20e eeuw kende Naoëro enkele lokale regeringsstructuren. Zij hadden echter niet veel bestuurlijke waarde, maar wisten toch een verlangen naar de onafhankelijkheid te ontwikkelen. In 1927 werd er op het eiland een Raad van Chiefs gevormd die in 1951 vervangen werd door de Naoëro Local Government Council. Aangezien het einde van de fosfaatwinning naderde bereidde Australië zich voor om de lokale bevolking naar het Australische eiland Curtis Island te laten verhuizen. De Naoëroanen waren hier echter niet van gediend en wilden onafhankelijkheid.
In 1965 werden er voor het eerst echte wetgevende en uitvoerende machten gevormd op Naoëro. Uiteindelijk kwam Naoëro in 1967, samen met Australië, Nieuw-Zeeland en het Verenigd koninkrijk overeen dat Naoëro onafhankelijk werd. De Naoëro Phosphate Commission kocht de rechten voor fosfaatwinning en in 1968 werd Naoëro onafhankelijk. Sindsdien maakt Naoëro deel uit van het Gemenebest van Naties.
Vanaf de onafhankelijkheid werd de Naoëraanse politiek vooral gedomineerd door president Hammer DeRoburt. Ondanks de grote welvaart die de fosfaatindustrie met zich meebracht, is de natuur en het milieu van het eiland verwoest. De meeste bomen werden gekapt en het grootste deel van het eiland bestaat uit grijze koraaltoppen. Naoëro achtte Australië verantwoordelijk voor deze vernieling en daarom sleepte het dit land in 1989 voor het Internationaal Gerechtshof in Den Haag. In 1993 volgde de uitspraak dat Australië meer dan 100 miljoen Australische dollar schadevergoeding aan Naoëro moest betalen en ook was het verplicht om de Naoëranen hulp te bieden bij het herstellen van het milieu van het eiland. Ironisch genoeg bleef Naoëro wel doorgaan met het winnen van fosfaat (welke nog steeds de hoofdoorzaak is van de verwoesting van hun eiland).
In 1995 werd president DeRoburt tijdens de parlements- en presidentsverkiezingen verslagen door Lagumot Harris, maar een jaar later werd hij opnieuw tot president verkozen. In 1997 was Kinza Klodimar president van Naoëro.
In 1999 stond het parlement wantrouwig tegenover de toenmalige president Dowiyogo, naar aanleiding van een financiële crisis die in verband stond met de slinkende exportopbrengsten. Daarom werd Rene Harris als zijn opvolger gekozen. In november van dat jaar besloten internationale banken het betalingsverkeer met Naoëro, Vanuatu en Palau te staken omwille van de verdenking van witwaspraktijken (die gesteund werden door bendes uit Rusland en Zuid-Amerika).
In september 2001 nam Naoëro enkele honderden vluchtelingen op die op het Noorse schip Tampa en het Australische schip Manoora verbleven. Australië weigerde deze vluchtelingen op te nemen en daarom bood Naoëro haar diensten hiervoor aan. In ruil voor deze opvang leverde Australië brandstof en generatoren aan het eiland en werd er eveneens een uitstaande schuld van Naoëro aan Australië kwijtgescholden. De vluchtelingen waren afkomstig uit Afghanistan, Bangladesh en Irak en zouden vanaf 2004 beginnen terug te keren naar hun land van herkomst.
In 2002 brak een opstand uit onder de vluchtelingen die op Naoëro zaten. Hierdoor viel de regering van Harris in 2003 en als gevolg hiervan werd hij dan ook afgezet. Hij zou er in 2004 opnieuw in slagen om president te worden, maar zijn regering viel al snel door een nieuwe motie van wantrouwen. Hij werd opgevolgd door Ludwig Scotty, die tot 2007 president was. Het presidentschap werd verder bekleed door Marcus Stephen (2007–2011), Frederick Pitscher (vijf dagen in 2011), Sprent Dabwido (2011–2013), Baron Waqa (2013-2019), Lionel Aingimea (2019–2022), Russ Kun (2022–2023) en David Adeang (sinds 2023).
In juli 2026 veranderde Naoëro de officiële naam van het internationaal gebruikelijke Nauru naar het endoniem Naoero.