FC Bayern München trok in de zomer van 2009 een nieuwe trainer aan. Succescoach Louis van Gaal werd in Nederland kampioen met AZ en ruilde de club nadien in voor FC Bayern. Van Gaal maakte al snel indruk door zijn kennis van de Duitse taal, maar de eerste resultaten vielen tegen. De coach maakte enkele opmerkelijke keuzes. Zo raakte Luca Toni al snel uit de gratie en mocht goaltjesdief Miroslav Klose vaker dan hem lief was op de bank plaatsnemen. Het bestuur bleef ondanks alles achter de coach staan en met succes, zo bleek. Bayern legde steeds vaker mooi voetbal op de mat en won regelmatig met hoge cijfers. In de competitie werden FC Schalke 04 en Werder Bremen de grootste concurrenten. In de heenronde speelde Bayern tegen beide ploegen steeds gelijk.
In de terugronde trok Bayern München aan het langste eind. Op het veld van Bremen ging Bayern met 2-3 winnen. Arjen Robben, die een seizoen eerder nog voor Real Madrid had gevoetbald, scoorde als zo vaak het winnende doelpunt. De uitzege was een sportieve klap voor Werder Bremen. Schalke 04 werd hierdoor de grootste belager. Maar ook nu ging Bayern winnen op het veld van de rechtstreekse concurrent. Het was een geladen wedstrijd waarin Bayern in enkele minuten tijd 0-2 voorkwam dankzij goals van Franck Ribéry en seizoensrevelatie Thomas Müller. Hamit Altıntop kreeg nog een rode kaart, maar ook met een man minder bleef de ploeg van Louis van Gaal overeind.
Bayern won op de voorlaatste speeldag met 3-1 van VfL Bochum, terwijl Schalke 04 verloor van Werder Bremen. Hierdoor nam Bayern een voorsprong van drie punten en was het bijna mathematisch zeker van de landstitel. Het doelpuntensaldo van Bayern was zo hoog, dat Schalke 04 geen schijn van kans meer had. Op de laatste speeldag maakte Bayern het af. De club ging winnen op het veld van hekkensluiter Hertha BSC en veroverde zo de 22ste landstitel.
Op 15 mei veroverde de recordbekerwinnaar voor de vijftiende keer de DFB-Pokal. Op 22 mei speelde Bayern nog de finale van de UEFA Champions League. Het was voor velen een verrassing dat Bayern zo ver was gekomen op het kampioenenbal, want de Duitsers waren voor aanvang van het toernooi zeker geen favoriet. De Duitsers moesten het opnemen tegen Internazionale en verloren met 0-2. Daardoor pakte Inter en dus niet Bayern de treble (kampioen, beker en Champions League).
Spelerskern Nr.NaamNationaliteitGeboortedatumVorige club Keepers</div> 1 Michael Rensing 14-05-1984 / 22 Hans-Jörg Butt 28-05-1974 Benfica 35 Thomas Kraft 22-07-1988 / Verdedigers</div> 4 Edson Braafheid 08-04-1983 FC Twente 5 Daniel Van Buyten 07-02-1978 Hamburger SV 6 Martín Demichelis 20-12-1980 River Plate 13 Andreas Görlitz 31-01-1982 Karlsruher SC 15 Breno 13-10-1989 São Paulo FC 21 Philipp Lahm 11-11-1983 VfB Stuttgart 26 Diego Contento 01-05-1990 / 28 Holger Badstuber 13-03-1989 / 30 Christian Lell 29-08-1984 1. FC Köln Middenvelders</div> 7 Franck Ribéry 07-04-1983 Olympique Marseille 8 Hamit Altintop 08-12-1982 FC Schalke 04 16 Andreas Ottl 01-03-1985 / 17 Mark van Bommel 22-04-1977 FC Barcelona 19 Alexander Baumjohann 23-01-1987 Borussia Mönchengladbach 20 José Sosa 19-06-1985 Estudiantes 23 Danijel Pranjić 02-12-1981 sc Heerenveen 27 David Alaba 24-06-1992 / 31 Bastian Schweinsteiger 01-08-1984 / 32 Mehmet Ekici 25-03-1990 / 44 Anatoli Tymosjtsjoek 30-03-1979 Zenit Sint-Petersburg Aanvallers</div> 9 Luca Toni 26-05-1977 Fiorentina 10 Arjen Robben 23-01-1984 Real Madrid 11 Ivica Olić 14-09-1979 Hamburger SV 18 Miroslav Klose 09-06-1978 Werder Bremen 25 Thomas Müller 13-09-1989 / 33 Mario Gómez 10-07-1985 VfB Stuttgart = Aanvoerder Daniel Sikorski belandde in 2009 in het tweede elftal.
Technische staf 200pxFunctieNaamNationaliteitCoach Louis van Gaal (foto) Assistent-coach Andries Jonker Assistent-coach Hermann Gerland Keeperstrainer Walter Junghans Teamarts Hans-Wilhelm Müller-Wohlfahrt
Resultaten BundesligaDFB-PokalChampions League 65x65px 50x90pxKampioen Winnaar Verliezendfinalist
Uitrustingen Shirtsponsor(s): Deutsche Telekom Sportmerk: adidas
Transfers Zomer
NaamNationaliteitVan/naarTypeInkomendHolger Badstuber FC Bayern München JeugdAlexander Baumjohann Borussia Mönchengladbach GekochtEdson Braafheid FC Twente GekochtMario Gómez VfB Stuttgart GekochtAndreas Görlitz Karlsruher SC Terug van uitgeleendThomas Müller FC Bayern München JeugdIvica Olić Hamburger SV GekochtDanijel Pranjić sc Heerenveen GekochtArjen Robben Real Madrid GekochtAnatoli Tymosjtsjoek Zenit Sint-Petersburg GekochtAndreas Görlitz Karlsruher SC Gekocht UitgaandWilly Sagnol Einde carrièreTim Borowski Werder Bremen VerkochtMats Hummels Borussia Dortmund VerkochtToni Kroos Bayer Leverkusen UitgeleendStephan Fürstner SpVgg Greuther Fürth VerkochtLúcio Internazionale VerkochtMassimo Oddo AC Milan Terug van uitgeleendLukas Podolski 1.FC Köln VerkochtZé Roberto Hamburger SV Verkocht
Winter thumb|Aanvaller Luca Toni kreeg amper speelkansen van Louis van Gaal en ruilde tijdens de winterstop Bayern München in voor AS Roma. NaamNationaliteitVan/naarTypeInkomendDavid Alaba FC Bayern München JeugdDiego Contento FC Bayern München JeugdMehmet Ekici FC Bayern München Jeugd UitgaandAlexander Baumjohann FC Schalke 04 VerkochtEdson Braafheid Celtic FC UitgeleendBreno 1.FC Nürnberg UitgeleendAndreas Ottl 1.FC Nürnberg UitgeleendJosé Ernesto Sosa (*) Estudiantes de La Plata UitgeleendLuca Toni AS Roma Uitgeleend (*) Werd al vanaf de herfst van 2009 uitgeleend aan Estudiantes de La Plata.
Bundesliga
Wedstrijden