Hieronder staan alle wedstrijden vermeld die voetbalvereniging PEC Zwolle en FC Zwolle in het nationale bekertoernooi gespeeld heeft na de invoering van het betaald voetbal in 1954. In het seizoen 1954/1955, 1955/1956 en 1959/1960 vond er geen bekertoernooi plaats in Nederland. In het seizoen 1966/67 was er geen deelname aan het toernooi. In het seizoen 2013/14 won PEC Zwolle voor het eerst de nationale beker. De wedstrijden zijn gerangschikt op het seizoen waarin deze zijn gespeeld. Ook worden de doelpuntenmakers aan de zijde van PEC Zwolle vermeld.
Legenda Groep = Groepswedstrijd Tussen = Tussenronde 1R = Eerste ronde 2R = Tweede ronde 3R = Derde ronde 4R = Vierde ronde 5R = Vijfde ronde 1/8 = Achtste finale 1/4 = Kwartfinale 1/2 = Halve finale F = Finale
Bekerwedstrijden