Tijdens de bezetting van Portugal door Spanje tussen 1580 en 1640 waren er Spaanse onderkoningen die regeerden in naam van de Spaanse koning:
1580-1582 Fernando Álvarez de Toledo, Hertog van Alva (de facto) 1583-1593 Albrecht van Oostenrijk 1593-1600 Eerste Junta de Gobierno Miguel de Castro, Aartsbisschop van Lissabon Joao de Silva, Graaf van Portalegre Francisco Macarenhas Duarte Castelo-Branco, Graaf van Sebulgal Miguel de Moura 1600-1603 Cristovao de Moura, Markies van Castel Rodrigo (1e termijn) 1603-1605 Afonso Castelo-Branco, Graaf van Coimbra 1605-1608 Pedro Castilho, Bisschop van Leiria 1608-1614 Cristovao de Moura, Markies van Castel Rodrigo (2e termijn) 1614-1615 Aleixo de Menezes, bisschop van Goa 1615 Miguel de Castro, Aartsbisschop van Lissabon (ad interim) 1615-1621 Diego de Silva y Mendoza, Graaf van Salinas (1e termijn) 1621-1633 Tweede Junta de Gobierno Martín Alonso de Mejía (1621-1622) Diego de Castro en Nuño Álvares de Portugal (1622-1623) Diego de Castro en Diego de Silva y Mendoza (2e termijn) (1623-1626) Diego de Silva y Mendoza (3e termijn) en Alfonso Furtado de Mendonça (1627-1630) Antonio Ataide en Nuño de Mendoza (1631-1633) 1633 Joao Manuel, Aartsbisschop van Lissabon 1633 Diego de Castro, Graaf van Basto (3e termijn) 1634-1640 Margaretha van Savoye, Hertogin van Mantua
Spaanse onderkoningen van Portugal Spaanse onderkoningen