thumb|300px|Portret door de schilder Gerard Hoet (collectie Amsterdam Museum)
Johannes Commelin (23 april 1629 - 19 januari 1692) was een Nederlands botanicus, evenals zijn neef: Casparus Commelin. Hij was de zoon van Isaac Commelin een Leidse uitgever en Amsterdamse historieschrijver. Als lid van de Amsterdamse vroedschap heeft hij met burgemeesterJoan Huydecoper van Maarsseveen de nieuwe Hortus Botanicus opgericht toen de oude hortus medicus moest wijken voor de stadsuitbreiding. Zijn rijkdom verwierf hij door het verkopen van medicinale planten aan Nederlandse apothekers en ziekenhuizen. Hij verbouwde tropische, door de VOC geïmporteerde planten op zijn Haarlemse buiten Zuyderhout.
Het plantengeslacht Commelina (familie Commelinaceae) is naar Jan en Caspar Commelin vernoemd.
Werken Nederlantze hesperides (1676); online in BHL Catalogus plantarum indigenarum Hollandiae (1683) Horti medici Amstelodamensis rariorum plantarum, opus posthumum (1697–1701); online in BHL
left|thumb|Horti medici Amstelodamensis rariorum plantarum, titelblad met het jaar 1697thumb|left|Familiewapen van Jan Commelindoor Jan Moninckx
Categorie:Nederlands botanicus Categorie:Persoon in de Nederlanden in de 17e eeuw