Het seizoen 2008/2009 is het 98e jaar in het bestaan van de Zwolse voetbalclub FC Zwolle. De club komt uit in de Eerste divisie en het toernooi om de KNVB beker.
Aan het begin van het seizoen 2008-2009 moeten alle tribunes in het nieuwe FC Zwolle Stadion gereed zijn voor gebruik en er zullen dan 10.500 mensen in kunnen. De overige werkzaamheden aan het stadion zullen in dit seizoen gedaan worden. Ook zal het stadion een officiële naam krijgen.
Vertrek Jan Everse Hoofdtrainer Jan Everse werd op 2 maart 2009 op non-actief gesteld door het bestuur van FC Zwolle. De reden ligt volgens FC Zwolle niet op het sportieve vlak, maar zou volgens de club een misdraging zijn, gepaard gaande met fysiek contact jegens een medewerker van FC Zwolle. De club vindt dat er een onwerkbare en onhoudbare situatie is ontstaan. Jan Everse is een andere mening toegedaan. Volgens hem hebben bestuur en directie bewust gezocht naar een aanleiding om hem te ontslaan. Everse ontkent fysiek geweld te hebben toegepast en zegt dat hij in zijn goede naam is aangetast door uitlatingen van voorzitter Ronald van Vliet in de media. Everse kwam al vaker in aanvaring met de clubleiding, die volgens de oefenmeester amateuristisch te werk gaat. In maart 2008 hadden FC Zwolle en Jan Everse bijvoorbeeld onenigheid over de duur van diens verbintenis. Na het op non-actief stellen van Everse is veel onrust ontstaan bij de achterban van de club. Op 5 maart protesteert een groep "supporters" bij het huis van voorzitter Van Vliet. Het protest loopt uit de hand en de politie grijpt in. Er sneuvelt een ruit in het appartement van de voorzitter. De politie verricht acht aanhoudingen. Honderden supporters eisen het vertrek van het bestuur en de terugkeer van Jan Everse.
Een arbitragezaak bij de KNVB moest duidelijkheid in de zaak scheppen over de gronden waarop de trainer op non-actief was gesteld. Verder zou er tevens worden bekeken of Everse als hoofdtrainer kon aanblijven bij FC Zwolle, of dat er een onwerkbare situatie was ontstaan. Indien het laatste het geval zou zijn dan moest FC Zwolle de oefenmeester een forse afkoopsom moeten betalen in ruil voor ontslag. Assistent van Jan Everse was Claus Boekweg. Hij nam na het op non-actief stellen van Everse tijdelijk de taak als hoofdtrainer op zich, maar besloot uit solidariteit met Everse deze functie slechts voor de duur van twee wedstrijden te vervullen. Op 10 maart 2009 maakte FC Zwolle bekend dat Marco Roelofsen, tot dan toe trainer van de B-jeugd van FC Zwolle, tijdelijk het hoofdtrainerschap op zich zal nemen. Claus Boekweg ging weer als assistent-trainer aan de slag.
Wedstrijdstatistieken Oefenduels Datum + plaats Wedstrijd Uitslag Scoreverloop 12 juli 2008 Mariënberg FC Zwolle – FC Twente 2 – 3 (1 – 0) 8' Bram van Polen 1–0, 47' Matías Oliver 2–0, 50' Marko Arnautović 2–1, 60' Stein Huysegems 2–2, 84' Marko Arnautović 2–3 16 juli 2008 De Wijk VV Wacker De Wijk (ama) – FC Zwolle 0 – 11 (0 – 6) 5' Eric Botteghin 0–1, 18' Johan Plat 0–2, 27' Johan Plat 0–3, 32' Johan Plat 0–4, 33' Eltjo Gnodde 0–5, 42' Mariano Corsico 0–6, 46' Grizolli 0–7, 57' Johan Plat 0–8, 60' Johan Plat 0–9, 64' Johan Plat 0–10, 85' Dave Huymans 0–11 19 juli 2008 Zwartsluis VV Olympia '28 (ama) – FC Zwolle 0 – 8 (0 – 2) 15' Johan Plat 0–1, 32' Marcel Kleizen 0–2, 52' Grizolli 0–3, 55' Grizolli 0–4, 67' Bram van Polen 0–5, 69' Bram van Polen 0–6, 81' Grizolli 0–7, 90' Eltjo Gnodde 0–8 22 juli 2008 Garderen FC Zwolle – Litex Lovech 0 – 1 (0 – 1) 13' Eduardo du Bala 0–1 24 juli 2008 Garderen Regioteam – FC Zwolle 0 – 13 (0 – 6) 3' Vincent van den Berg 0–1, 12' Dave Huymans 0–2, 24' Marcel Kleizen 0–3, 33' Johan Plat 0–4, 36' Johan Plat 0–5, 39' Marcel Kleizen 0–6, 49' Derk Boerrigter 0–7, 57' Derk Boerrigter 0–8, 66' Thomas Vossebelt 0–9, 73' Dave Huymans 0–10, 79' Eltjo Gnodde 0–11, 82' Erik Bakker 0–12 90' Jesper Voorintholt 0–13 27 juli 2008 Nieuwleusen FC Zwolle – Aberdeen FC 2 – 1 (0 – 0) 54' Gaby McDonald 0–1, 82' Derk Boerrigter 1–1, 85' Derk Boerrigter 2–1 29 juli 2008 Hattem FC Zwolle – Skoda Xanthi 3 – 2 (1 – 0) 28' Zdenko Kaprálik 1–0, 52' Albert van der Haar 2–0 (p), 77' Marcel Kleizen 3–0, 84' Dimitris Souanis 3–1, 87' Tomasz Radzinski 3–2. 1 augustus 2008 Zwolle FC Zwolle – Real Valladolid 0 – 0 –
Eerste divisie 1e speelronde FC Zwolle 0 – 0 MVV Opstelling FC Zwolle: 8 augustus 2008Plaats: ZwolleFC Zwolle StadionToeschouwers: 5.415Scheidsrechter: Reinold Wiedemeijer Boer, Van der Wal, Botteghin, Kaprálik, Giglio, Van Polen (68' Kleizen), Görner (75' Huymans), Van der Haar 12px|Aanvoerder, Boerrigter, J. Plat (61' Grizolli), Guarino 2e speelronde RBC Roosendaal 1 – 3 (0 – 1) FC Zwolle Opstelling FC Zwolle: 15 augustus 2008Plaats: RoosendaalRosada StadionToeschouwers: 2.500Scheidsrechter: Björn Kuipers Tim Peters Javier Guarino Bram van Polen Dave Huymans Boer, Van der Wal, Botteghin, Kaprálik, Giglio (40' Bakker), Van Polen, Görner, Van der Haar, 12px|Aanvoerder, Boerrigter (60' Kleizen), J. Plat (76' Huymans), Guarino
10px Görner, Giglio, Van der Wal, Kleizen Het doelpunt van Bram van Polen was het 55.000e doelpunt in de eerste divisie. 3e speelronde FC Zwolle 3 – 1 (1 – 10) SC Cambuur Leeuwarden Opstelling FC Zwolle: 22 augustus 2008Plaats: ZwolleFC Zwolle StadionToeschouwers: 5.620Scheidsrechter: Richard Liesveld Bram van Polen Eric Botteghin Marcel Kleizen Ruud ter Heide Boer, Van der Wal, Botteghin, Kaprálik, Van der Haar 12px|Aanvoerder, Van Polen (84' Huymans), Bakker, Görner, Guarino, J. Plat (66' Boerrigter), Kleizen, (74' Grizolli)
10px 39' Bakker, 80' Botteghin 4e speelronde VVV-Venlo 1 – 1 (0 – 1) FC Zwolle Opstelling FC Zwolle: 29 augustus 2008Plaats: VenloSeacon Stadion - De KoelToeschouwers: 6.000Scheidsrechter: Tom van Sichem Samir El Gaaouiri Albert van der Haar Boer, Van der Wal, Botteghin, Kaprálik, Giglio, Görner, Bakker (71' Huymans), Van der Haar, 12px|Aanvoerder, Guarino (60' Gnodde), J. Plat (88' Reijnders), Boerrigter
10px Van der Wal, Görner, Boerrigter, Gnodde,Giglio 5e speelronde FC Zwolle 3 – 0 (0 – 0) Telstar Opstelling FC Zwolle: 5 september 2008Plaats: ZwolleFC Zwolle StadionToeschouwers: 5.210Scheidsrechter: Ed Janssen Eric Botteghin Bram van Polen Thiago Grizolli Boer, 12px|Aanvoerder, Van der Wal, Botteghin, Kaprálik, Giglio, Reijnen (75' Vossebelt), Bakker, (58' Grizolli), Görner, J. Plat (60' Gnodde), Van Polen (64' Huymans), Boerrigter 6e speelronde TOP Oss 3 – 1 (1 – 0) FC Zwolle Opstelling FC Zwolle: 12 september 2008Plaats: OssHeesen Yachts StadionToeschouwers: 1.873Scheidsrechter: Raymond van Meenen Dave Zafarin Dave Zafarin Dimitri Djollo Albert van der Haar Boer 12px|Aanvoerder, Van der Wal, Botteghin, Kaprálik, Giglio, Van der Haar, Reijnen, Bakker (75' Huymans), Görner (63' J. Plat), Boerrigter, Grizolli
10px Görner, Boerrigter10px Reijnen 7e speelronde FC Zwolle 4 – 0 (3 – 0) FC Emmen Opstelling FC Zwolle: 15 september 2008Plaats: ZwolleFC Zwolle StadionToeschouwers: 4.884Scheidsrechter: Jan Wegereef Johan Plat Dave Huymans Thiago Grizolli Johan Plat Boer, Van der Wal (46' Görner), Botteghin, Kaprálik, Giglio, Van der Haar 12px|Aanvoerder, Huymans, Bakker, J. Plat, Boerrigter, Grizolli
10px Boerrigter, Kaprálik 8e speelronde BV Veendam 0 – 0 FC Zwolle Opstelling FC Zwolle: 19 september 2008Plaats: VeendamDe LangeleegteToeschouwers: 4.160Scheidsrechter: Mike van der Roest Boer, Van der Wal, Botteghin, Kaprálik, Giglio, Van der Haar12px|Aanvoerder, Grizolli (66' Görner), Huymans, J. Plat (89' Vossebelt), Bakker, Boerrigter (85' Gnodde)
15px Huymans 9e speelronde FC Dordrecht 4 – 0 (2 – 0) FC Zwolle Opstelling FC Zwolle: 26 september 2008Plaats: DordrechtGN Bouw StadionToeschouwers: 2.118Scheidsrechter: Dick van Egmond Moussa Kalisse Moussa Kalisse Rocky Siberie Resham Sardar Boer, Van der Wal, Botteghin, Kaprálik, Giglio, Van der Haar12px|Aanvoerder, Lim-Duan, Reijnen, Boerrigter, Bakker, Görner (65' Gnodde)
10px Botteghin 10e speelronde FC Zwolle 1 – 0 (0 – 0) Go Ahead Eagles Opstelling FC Zwolle: 5 oktober 2008Plaats: ZwolleFC Zwolle StadionToeschouwers: 6.702Scheidsrechter: Reinold Wiedemeijer Albert van der Haar (pen) IJsselderby Boer, Van der Wal, Botteghin, Kaprálik,Van der Haar12px|Aanvoerder, Reijnen, Huymans, Bakker (81' Lim Duan), Grizolli (89' Van der Sluijs), Boerrigter (90' Görner), Kleizen
10px Huymans 11e speelronde FC Zwolle 2 – 2 (1 – 0) FC Eindhoven Opstelling FC Zwolle: 10 oktober 2008Plaats: ZwolleFC Zwolle StadionToeschouwers: 5.123Scheidsrechter: Mario Diks Derk Boerrigter Dennis van der Wal Rob van Boekel Serhat Koç Boer, Van der Sluijs, Botteghin, Kaprálik,Van der Haar12px|Aanvoerder, Reijnen, Huymans, Bakker (64' Gnodde), Grizolli (54' Görner),Van der Wal, Boerrigter (73' Vossebelt) 12e speelronde AGOVV Apeldoorn 2 – 1 (0 – 1) FC Zwolle Opstelling FC Zwolle: 17 oktober 2008Plaats: ApeldoornSportpark Berg & BosToeschouwers: 2.780Scheidsrechter: Michel Winter Julius Wille Hans van de Haar Javier Guarino Boer, Van der Wal, Botteghin, Kaprálik, Van der Sluijs (71' Huymans), Reijnen, Bakker (75' J. Plat), Van der Haar12px|Aanvoerder, Guarino, Kleizen, Grizolli (59' Boerrigter)
10px Guarino 13e speelronde FC Zwolle 1 – 1 (0 – 0) RKC Waalwijk Opstelling FC Zwolle: 24 oktober 2008Plaats: ZwolleFC Zwolle StadionToeschouwers: 5.895Scheidsrechter: Richard Liesveld Dave Huymans (pen) Ruud BergerBoer, Van der Wal, Botteghin, Kaprálik,Giglio (55' Boerrigter), Reijnen, Van der Haar12px|Aanvoerder, Huymans (84' Görner), Guarino, Kleizen (72' Bakker), Grizolli
10px Botteghin, Giglio, Reijnen, Kleizen, Grizolli 14e speelronde Haarlem 3 – 1 (0 – 1) FC Zwolle Opstelling FC Zwolle: 31 oktober 2008Plaats: HaarlemHaarlemstadionToeschouwers: 2.100Scheidsrechter: Bart van der Scheer Wilmer Kousemaker Laurens ten Heuvel Michel Kruijer Javier Guarino Boer, Van der Wal, Botteghin, Kaprálik, Van der Haar12px|Aanvoerder (73' Giglio), Reijnen, Grizolli (73' Görner), Huymans, Guarino, Bakker, Boerrigter 15e speelronde FC Zwolle 0 – 1 (0 – 0) Helmond Sport Opstelling FC Zwolle: 7 november 2008Plaats: ZwolleFC Zwolle StadionToeschouwers: 4.230Scheidsrechter: Raymond van Meenen Mark Höcher Boer, Van der Wal, Botteghin, Kaprálik,Giglio, Reijnen, Bakker (76' Grizolli), Van der Haar12px|Aanvoerder, Kleizen (54' Huymans), Boerrigter, Guarino 16e speelronde Fortuna Sittard 1 – 3 (0 – 1) FC Zwolle Opstelling FC Zwolle: 15 november 2008Plaats: SittardWagner en Partners StadionToeschouwers: 1.980Scheidsrechter: Jochem Kamphuis Charlie van den Ouweland Derk Boerrigter Dave Huymans Marcel Kleizen Boer, Van der Wal, Botteghin, Kaprálik, Giglio, Reijnen, Huymans (78' Görner), Van der Haar 12px|Aanvoerder, Guarino (60' Kleizen), De Graaff (68' Bakker), BoerrigterDe wedstrijd stond eerst gepland op vrijdag 14 november, maar is verplaatst naar zaterdag 15 november in verband met de bekerwedstrijd die Fortuna Sittard moest spelen op woensdag 12 november. 17e speelronde FC Omniworld 3 – 3 (2 – 1) FC Zwolle Opstelling FC Zwolle: 21 november 2008Plaats: AlmereMitsubishi Forklift-StadionToeschouwers: 1.006Scheidsrechter: Maarten Ketting Paul Mulders Eric Botteghin (e.d.) Diederik Boer (e.d.) Marcel Kleizen (e.d.) Shane Arana Barrantes Derk Boerrigter Boer, Van der Wal, Botteghin, Kaprálik, Giglio (46' Bakker), Reijnen, Van der Haar 12px|Aanvoerder, Huymans (81' Lim-Duan), De Graaff (25' Kleizen), Guarino, Boerrigter
10px Kaprálik 18e speelronde FC Zwolle 1 – 1 (1 – 1) Excelsior Opstelling FC Zwolle: 28 november 2008Plaats: ZwolleFC Zwolle StadionToeschouwers: 4.890Scheidsrechter: Ed Janssen Dave Huymans Robert Braber Boer, Van der Wal, Botteghin, Kaprálik, Van der Haar 12px|Aanvoerder, Reijnen, Bakker (87' Gnodde), Huymans, Guarino, Lim-Duan (70' Görner), Kleizen (75' J. Plat)