thumb|Veroordeeld door de Spaanse inquisitie. De vrouw draagt een papieren hoofddeksel met vlammen erop, ten teken dat ze zal worden verbrand, 1797-98 door Francisco Goya (1746-1828) De Inquisitie (komt van het Latijn Inquisitio haereticae pravitatis = onderzoek naar het verderf van de ketterij), was een rechtbank van de Katholieke Kerk, rechtsprekend en rechtdoend naar kerkelijk recht, belast met de opsporing van, het onderzoek naar en het opleggen van straffen aan mensen die er een andere mening op nahielden. Die mensen worden "ketters" genoemd. Naast de pauselijke inquisitie bestonden de Spaanse Inquisitie (1478-1834) en de Romeinse inquisitie (1542-1965). In plaats van beschuldigingen door een burgerlijke partij (accusatoir proces) of een onafhankelijke instantie, leidde eigen onderzoek door de rechtbank een proces in.
Ontstaan Consolidatie van de Kerk thumb|300px|Inquisitie bijeenkomst. Francisco Goya thumb|Executie in Mexico stad, 1601 De keizers Theodosius de Grote (379-395) en Justinianus I (527-565) benoemden reeds bepaalde personen die de naam inquisitor (onderzoeker) droegen voor het opsporen van ketters. In de vroege middeleeuwen werd met relatieve openheid gesproken over de inhoud van de leer. Dit bracht met zich mee dat er verschillende interpretaties van die leer waren, wat de eenheid van de Kerk niet ten goede kwam. Augustinus zag ketterij — of heresie van het Griekse hairesis voor keuze — als afwijking van het ware geloof. Men begon dogma's vast te stellen om het ware geloof te definiëren. Met de ontwikkeling van de dogmatiek werd niet alleen duidelijk wat het ware geloof inhield, het maakte ook duidelijk wat hier niet mee overeenkwam. Afwijkende geloofsovertuigingen konden niet meer getolereerd worden en aanhangers hiervan werden vanaf de 12e eeuw vervolgd, wat Moore de Persecuting Society heeft genoemd., (1987): The Formation of a Persecuting Society: Power and Deviance in Western Europe, 950-1250, New York
Vanaf de 11e eeuw waren zowel de Kerk als de grote Europese koninkrijken in staat om hun ideologieën en doelen beter te definiëren. Dit resulteerde vanaf de Gregoriaanse hervorming in een afwijzing van corruptie en verwereldlijking binnen de Kerk, maar ook in een afwijzing van groepen die afweken van die ideologieën. Dit was niet alleen de islam, maar ook bewegingen als de bulgarelli, de waldenzen en de kathari. Andere bewegingen als de franciscanen en de humiliati werden wel erkend, waarbij niet altijd duidelijk is wat de overwegingen waren om de ene groepering wel op te nemen en de andere niet.
Vervolging In 1157 werd tijdens het Concilie van Reims voor het eerst opgeroepen tot de vervolging van ketters. Op 4 november 1184 volgde het decreet van Verona (Ad Abolendam – "Met het doel af te schaffen"), waarbij paus Lucius III in overleg met keizer Frederik I Barbarossa de wereldlijke macht opriep maatregelen te nemen tegen de toen wijdverbreide ketterijen over geheel Europa, met weinig gevolg.
In 1211 riep de Franse edelman Simon IV van Montfort een ‘parlement’ in het Zuid-Franse Pamiers bijeen. Simon de Montfort was de wereldlijke leider van de Albigenzische Kruistochten, de militaire campagne tegen de katharen. Er was daarbij een probleem gerezen. De pauselijk legaat, de cisterciënzer Arnaud Amaury (of Amalric), had gezegd: “Hoewel ik de dood van de vijanden van Christus wens, kan ik ze, als monnik en priester, niet ter dood brengen.” Arnaud Amaury en De Montfort vonden samen een oplossing. De kerkelijke inquisitie zou de ketters aanwijzen en een passende straf opleggen, en dan zou de wereldlijke macht de opgelegde straf uitvoeren. Er werd nog een aantal andere regels vastgelegd, de zogenoemde ‘Regels van Pamiers’. De invloedrijkste daarvan was wel dat monniken of priesters die namens de kerk met de uitvoering van de inquisitie werden belast, boven de wereldlijke macht stonden. Ze hoefden dus geen verantwoording af te leggen voor hun daden, behalve dan aan God, en aan de bisschop in wiens diocees zij actief waren en opdracht tot inquisitoriale taken ontvingen.
Met de Regels van Pamiers van 1211 werd de Inquisitie voor het eerst formeel geïnstitutionaliseerd op diocesaan niveau en werd de samenwerking tussen kerk en staat vastgelegd. Vanaf dat moment kon de inquisitie regionaal de vorm aannemen van een systematische vervolging van de katharen en andere andersdenkenden. In verschillende pauselijke decretalen werden telkens aspecten van de toepassing van de inquisitoriale methode verder uitgewerkt. Pas na de verschijning in 1234 van de decretalenverzameling van paus Gregorius IX beschikte men over min of meer uniforme en consistente regels op dit gebied, in plaats van los overgeleverde, toevallig bekende relevante decretalen.
De Regels van Pamiers werden op aandringen van paus Innocentius III in 1215 verstrengd tijdens het Vierde Lateraans Concilie en namens de hele kerk goedgekeurd. Hier werd ook een aantal religieuze groepen veroordeeld en andere erkend. Er werden decreten tegen de katharen en de Waldenzen afgekondigd. Joden moesten een geel insigne gaan dragen en ook moslims moesten onderscheidende tekenen gaan dragen. Na het pontificaat van Honorius III constateerde Gregorius IX (1227-1241) dat veel bisschoppen te laks waren bij het uitvoeren van hun inquisitoriale taak. Sommige bisschoppen maakten openlijk bezwaar tegen de inquisitie. Gregorius IX plaatste daarom de inquisiteurs direct onder pauselijk gezag. Daardoor konden zelfs bisschoppen voor de inquisitie worden gedaagd.
Om willekeurige vervolgingen te vermijden, geeft Paus Gregorius in 1232 de opdracht van de inquisitie aan de Orde van de dominicanen die opgericht waren in 1215. Dominicus Guzman is de oprichter. Daarmee was de inquisitie nu geheel formeel bevestigd en geïnstalleerd. Verschillende vroege dominicanen werden tot inquisiteur benoemd. In 1237 belastte de paus ook de franciscanen met de inquisitie. De katharen waren hier het eerste slachtoffer van, maar ook de Joden – die bij Augustinus weliswaar een aparte status hadden, maar wel bescherming genoten – leprozen en homoseksuelen werden al snel het slachtoffer. Dit was de schaduwzijde van de economische expansie en de nieuwe spiritualiteit.
In 1243 besloot paus Innocentius IV dat bij de verhoren van verdachten ook marteling was toegestaan. De inquisitie vormde van toen af aan, onder rechtstreeks toezicht van de paus, een ontzagwekkende, nagenoeg onaantastbare macht, niet alleen van de Kerk over het volk, maar ook binnen de Kerk zelf.
Toch was de inquisitie in zekere zin afhankelijk van de wereldlijke macht. Zoals overeengekomen bij de Regels van Pamiers had de inquisitie enkel de bevoegdheid om te onderzoeken en straffen op te leggen, maar niet om de straf uit te voeren. Toen later de wereldlijke macht niet meer aan de uitvoering van de straf wilde meewerken, zoals dat ten slotte ook grondwettelijk werd bepaald door de scheiding van kerk en staat, werd de kerkelijke inquisitie feitelijk machteloos bij het vervolgen van andersdenkenden buiten de Kerk. De macht van de inquisitie beperkte zich toen tot de geleerden binnen de eigen Kerk. Tijdens de 16e-eeuwse reformatie zou de bereidheid of de weigering van de wereldlijke macht mee te werken aan de vervolging van de protestanten een beslissende factor worden in het succes of het falen van de reformatie in verschillende landen. Paus Paulus III richtte in 1542 de Congregatio Romanae et Universalis Inquisitionis op, waardoor de inquisitie in de verschillende landen gecentraliseerd werd.
Werkwijze thumb|Verhoor met foltering De Inquisitie ging in Zuid-Frankrijk bij de vervolging van de katharen als volgt te werk: een delegatie van de inquisitie kwam aan in een dorp of stad. De pastoor werd gevraagd de hele gemeenschap samen te roepen in de kerk. Iedereen kwam, want door afwezigheid zou men zichzelf verdacht maken. Daar werd de gemeenschap toegesproken door de inquisiteurs, en opgeroepen tot berouw. De biecht werd afgenomen, en kleine opbiechtingen van ketterij werden makkelijk vergeven, indien men maar berouw toonde én oprechtheid.
Dat kon door twee andere ketters aan te geven. Daardoor ontstond een kettingreactie van verdachtmakingen. De ernstige gevallen van ketterij werden op een lijst gezet. Na geruime tijd werden de verdachten gedagvaard. Tussen de dagvaarding en de presentatie van de gedagvaarde voor het tribunaal ging ook veel tijd voorbij, zodat de verdachte goed kon nadenken over wat men hem precies zou willen of kunnen vragen. Over de beschuldiging werd hij in het ongewisse gelaten, ook tijdens zijn verhoor, zodat hij lang in onzekerheid verkeerde. Pas na een zeer lang gesprek, alles nauwkeurig genoteerd in dossiers, als de verdachte zichzelf bijna verraden had, kwam de beschuldiging van ketterij boven water. Vaak was het dan te laat, en werd de verdachte met zijn eigen uitlatingen geconfronteerd.
Straffen bij de vervolging van de katharen thumb|Paus met grootinquisiteur, 1882, door Jean-Paul Laurens (1838-1921) De aanvang was de campagne tegen de Albigenzen in het jaar 1208, waartoe besloten was door paus Innocentius III; een en ander vond plaats onder leiding van Simon IV van Montfort in overleg met de pauselijke legaat Arnaud Amaury. Op 22 juli 1209 werden in Béziers omstreeks 60.000 mensen gedood, zonder onderscheid in leeftijd, geslacht of geloof. De pauselijke legaat zou tegen de aanvoerders van de soldaten hebben gezegd "Maak ze dood. Want God herkent de Zijnen wel".Volgens Amaury's brief aan paus Innocentius III is de aanval uit de hand gelopen, zonder orders, terwijl de leiding nog discussieerde over wie katholiek was. Twintig jaar na de moordpartij schreef Caesarius van Heisterbach dat Amaury zou gezegd hebben "Caedite eos. Novit enim Dominus qui sunt eius." ofwel "Dood ze [allemaal]. De Heer kent immers wie Hem toebehoort."
Wie bij de vervolging van de katharen zijn ketterse overtuiging had bekend en afgezworen, en ook andere ketters had aangebracht, werd meestal tot lichte straffen veroordeeld, zoals een verplichte bedevaart. Alle anderen konden tot zeer zware straffen veroordeeld worden, zelfs voor kleine overtredingen. De straf die de inquisiteur na de verhoren uitsprak, werd zelden gemotiveerd, maar dit gold ook voor andere rechters. Studies van de ondervragingen tonen aan dat de bestraffingen met grote willekeur werden uitgedeeld.
De gevangenisstraf kon verschillende vormen aannemen. De lichtste was de veroordeling au mur large, een open gevangenis in een ruimte met andere gevangenen, waar men familieleden op bezoek kon krijgen. Als ze het overleefden, werden ze na een aantal jaren vrijgelaten. Een feitelijk doodvonnis was de veroordeling au mur strict, waarbij voeten en handen met ketenen aan de muur vastgeklonken werden in een kleine cel. Tot de brandstapel werden alleen degenen veroordeeld die weigerden hun ketterse overtuiging af te zweren, en zij die na afzwering weer tot de ketterij waren teruggekeerd, de zogeheten relapsi.
Hoofddoelstelling van de inquisitie was echter niet om te straffen, maar om te bekeren. Praktisch alle middelen, tot aan marteling toe, werden aangewend om de verdwaalde schapen weer tot de kudde te doen terugkeren. De inquisiteur had zijn werk goed gedaan als een ketter in het openbaar zijn dwaling bekende, deze afzwoer, het gezag van de Kerk erkende, en zijn penitentie dankbaar aanvaardde als een mogelijkheid om weer met God in het reine te komen.