Het jaar 2039 is een jaartal in de 21e eeuw volgens de christelijke jaartelling.
Gebeurtenissen Dit jaar zal het dossier over de moord op president Kennedy van de commissie-Warren openbaar gemaakt worden. Op 2 september verloopt het Destroyers for Bases Agreement-verdrag. Door dit verdrag konden de Verenigde Staten vanaf 1940 99 jaar lang kostenloos gebruikmaken van Britse militaire bases. 7 november vindt een Mercuriusovergang plaats.
In fictie Twee personages uit de poppenserie Thunderbirds worden dit jaar geboren: Lady Penelope op 24 december en Scott Tracy op 4 april.