thumb|Banier van het wapen van Moravië De vlag van Moravië is een symbool dat Moravië vertegenwoordigt.
De eerste afbeelding van het Moravische wapen op een vaandel – aangezien het vaandel in de middeleeuwen was afgeleid van het wapen – is te vinden op het vaandel van de markgraaf dat is afgebeeld in de Codex Gelnhausen uit 1407 (een zilver-rode adelaar met een gouden harnas en een gouden kroon op een blauw veld), De eerste schriftelijke beschrijving is zelfs nog een eeuw ouder. Toch hebben noch het markgraafschap Moravië, noch de regio Moravië, noch de regio Moravië-Silezië een vlag aangenomen of hun vlag via een wettelijk besluit als rechtspersoon vastgelegd. Het was gebaseerd op diverse historische documenten, tekeningen en beschrijvingen, waarvoor geen rechtsgrondslag bestond.
De Tsjechoslowaakse Republiek voerde de witte of zilveren kleur opnieuw in het Moravische wapen in (wet nr. 252/1920). De nationale vlaggen worden niet geregeld door latere wetgeving (wet nr. 269/1936, wet nr. 222/1939, nr. 163/1960 en de momenteel geldende wetten nr. 3/1993 Slg. en nr. 352/2001 Slg.).
Tegenwoordig wordt een geel-rode tweekleurige vlag met het wapen in dezelfde kleuren in het midden soms gebruikt als vlag van Moravië, met name door sommige Moravische partijen, verenigingen en andere organisaties.
250px|thumb|right|Vlag van de Jihomoravský kraj. In het eerste veld van de vlag staat de Moravische adelaar. In het vierde en laatste veld van de vlag staat een geel-rood geruite adelaar, die daar is geplaatst als symbool van verzoening en integratie van verschillende taalkundige, religieuze en nationale groepen die van oudsher in Zuid-Moravië woonden. Hoewel geel en rood de historische kleuren van Moravië zijn, gebruikt men vaak blauw, wit en rood als de Moravische kleuren. Dat is gebaseerd op het Moravische wapen: een adelaar in de kleuren wit en rood (volgens een schaakbordpatroon), op een blauwe achtergrond. De geel-rode vlag ontstond aan het begin van de 19e eeuw, toen Moravië tot het Keizerrijk Oostenrijk behoorde en is afgeleid van een verkeerde kleurstelling van het wapen.Flags of the World (2005): Moravia (Czech Republic), geraadpleegd op 24 augustus 2007.
In de 19e eeuw zou de vlag vooral door Duitssprekende Moraviërs gebruikt worden. Het Tsjechische nationalisme, dat voor de onafhankelijkheid van Moravië en Bohemen in één staat pleitte, gebruikte liever het rood-wit-blauwe wapen. Vandaar dat de Tsjechische vlag een combinatie is van het Boheemse rood en wit en het Moravische blauw, wit en rood (hoewel deze vlag ook andere symboliek heeft). Als Moravische vlag wordt dan ook wel een banier van het wapen gebruikt, zoals deze onder meer verwerkt is in de regionale vlaggen van Moravië-Silezië, Olomouc, Pardubice, Vysočina, Zlín en Zuid-Moravië. De wit-rode vlag wordt tegenwoordig wel weer gebruikt door enkele Moravische groeperingen, maar nog in zeer beperkte mate.
In deze vorm werd het in 2023 ook door een groep parlementsleden voorgesteld in het wetsontwerp inzake provinciale emblemen en vlaggen. Het wetsontwerp werd geleidelijk aan op de agenda van talrijke vergaderingen van de Tweede Kamer geplaatst, maar werd daar niet behandeld. Het voorstel dat op 22 januari 2026 opnieuw is ingediend door parlementslid Radek Vondráček voorziet niet in het markeren van de historische landsgrenzen met wapenemblemen, zoals in het vorige voorstel wel het geval was. Het wetsontwerp verankert de deelstaatwapens en -vlaggen uitdrukkelijk in de rechtsorde, waarbij het zich baseert op de vormgeving ervan in het grote staatswapen, en erkent dat de deelstaatwapens en -vlaggen door iedereen mogen worden gebruikt. De enige voorwaarde is dat ze op een waardige manier worden gebruikt.
Geschiedenis thumb|De oudste bewaard gebleven gekleurde afbeelding van het wapen van de markgraaf van Moravië in Gozzoburg De oudste vermelding van de Moravische vlag (die, in tegenstelling tot een gewone vlag, vast aan de stok is bevestigd) en de kleuren is afkomstig uit de kroniek van Ottokar van Gaal uit de overgang van de 13e naar de 14e eeuw. Het betreft een beschrijving van de Slag bij Kressenbrunn, die op 12 juli 1260 plaatsvond. De wapenschilden van Bohemen en Moravië werden in de kroniek beschreven door adjudanten van Béla IV, Heinrich Preissler. Voorop in het oprukkende Boheemse leger reed Přemysl Ottokar II, met naast hem een vaandel met een witte leeuw op rood fluweel en daarnaast een vaandel met een rood-wit geruite Moravische adelaar.
Hern Dietrich Spatzmanen
sach man die banier leiten:
in einem rȏten samît breiten
was gewohrt ein lewe wîz.
ouch heten ir baniere flîz,
die von Merhaeren wârn:
ein geschâchzabelten arn
von rȏter und von wîzer varbe
sach man ob in begarbe
waejen von dem winde.
Later werd de kleur van de vlag afgeleid van de kleur van het heraldische wapen.
Sinds het bewind van Přemysl Ottokar II wordt de markgraaf van Moravië afgebeeld met een zilver-rood gevlekte adelaar met een gouden kroon en klauwen, die naar rechts kijkt en op een blauw schild staat. Veel onderzoekers hebben geprobeerd de oorsprong van het Moravische adelaarspatroon en de bijbehorende tinten te verklaren.
De oudste gekleurde afbeelding van een geruite adelaar is te vinden in de Gozzoburg, andere verschijnen aan het einde van de 13e en het begin van de 14e eeuw. De fresco's in de zaal van de Gozzoburg in Krems zijn uiterlijk rond 1270 (1269) ontstaan, of in verband met de nieuw gebouwde Katharinenkapel (1267), in ieder geval na 1262. In de zaal zijn de wapenschilden van Bohemen, Moravië, Oostenrijk en Stiermarken te zien (zie het type van het ruiterzegel van Přemysl Ottokar II na zijn kroning tot koning met vier landwapens, die identiek zijn aan die van de Gozzoburg), maar niet de wapenschilden van Karinthië en Krain, die Přemysl Ottokar II in 1269 erfde.
thumb|links|De Moravische vlag van Jobst van Moravië in de Codex Gelnhausen op folio 63r
De geruite adelaar geldt, in ieder geval sinds de Luxemburgse periode, als het wapen van Moravië.
Een van de vroegst gedocumenteerde afbeeldingen van een vaandel met een Moravische adelaar was de afbeelding in de Codex Gelnhausen, waarop de Moravische markgraaf Jobst van Moravië te zien is met een blauw vaandel waarop een Moravische adelaar in wit-rode ruitjes met een gele kroon en een gele wapenrusting (uiteraard zonder schild) is afgebeeld. De Codex is ergens in het laatste derde deel van de 14e eeuw tot en met het eerste derde deel van de 15e eeuw geschreven.
Het wapenprivilegie (brief) van keizer Frederik III van 7 december 1462, dat op initiatief van de Moravische landvoogd en maarschalk van het Koninkrijk Bohemen, Hendrik van Lipá, aan de Moravische standen werd verleend, was een document dat tijdens het bewind van George van Podiebrad de oorspronkelijke zilveren kleur van de Moravische adelaar wijzigde door de zilveren velden van het wapen te vervangen door gouden, waardoor een nieuw „standenwapen“ ontstond (color albus in glaucum sive aureum transmutetur (De kleur wit is veranderd in geel of goud)). De publicatie van de brief is een voorbeeld van inmenging in de binnenlandse aangelegenheden van de Boheemse landen, aangezien Frederik III van Habsburg deze als keizer van het Heilige Roomse Rijk aan de Moravische standen had verleend. Moravië maakte echter deel uit van de Boheemse kroon, en volgens de wetten die door Karel IV waren uitgevaardigd, had de keizer geen bevoegdheid om een dergelijke stap te zetten, aangezien Moravië onder het directe bestuur van de Boheemse koning stond.
Historisch gezien waren er verschillende versies van de Moravische vlaggen, die tegelijkertijd in twee of drie kleuren werden gebruikt, afgeleid van de kleuren van het wapen van de regio, met name in de 19e eeuw.Ke státní a zemské symbolice českého státu v období 1526–1918, s. 167.
thumb|De Triomfpoort werd in 1845 in Kunín (Kunewald) opgericht ter gelegenheid van het bezoek van aartshertog Frans Karel. De zwart-gele en rood-witte tweekleurige vlaggen die op de torens wapperen, worden in beschrijvingen uit die tijd aangeduid als de nationale kleuren van Oostenrijk en Moravië. Aan het begin van de 19e eeuw was Moravië een niet-zelfstandig gebied dat sinds 1804 deel uitmaakte van het Oostenrijkse Keizerrijk, dat kort voor de definitieve ineenstorting van het Heilige Roomse Rijk was ontstaan. Het was een van de zogenaamde kroonlanden, dat werd bestuurd door een landgouverneur. Het was gebonden aan de voorschriften die door het centrale bestuur in Wenen werden uitgevaardigd. Uit de periode daarvoor zijn slechts weinig bewijzen bekend van het gebruik van de Moravische landskleuren. De heerser van Moravië was de keizer, en aangezien de titel van markgraaf slechts een van de vele was die hij bezat, had hij daarvoor geen aparte afbeelding nodig. Gedurende bijna de gehele eerste helft van de 19e eeuw hadden de provinciale kleuren dus niet dezelfde betekenis als vanaf het midden van die eeuw. De bevoegdheden van de bestuursorganen van de standen waren beperkt. Zij hadden niet de bevoegdheid om te vertegenwoordigen of vertegenwoordigd te worden.
De provinciale zelfbesturen kregen pas met de afkondiging van de grondwet van december 1861 vrij omvangrijke bevoegdheden, waarna de afzonderlijke provinciale grondwetten werden uitgevaardigd. In deze grondwetten, noch in enig document met een lagere rechtskracht, werden echter provinciale kleuren of provinciale vlaggen vastgelegd. Deze begrippen bestonden weliswaar in de 19e eeuw, maar waren inhoudsloos, dat wil zeggen dat ze noch juridisch, noch in algemene zin, noch concreet waren gedefinieerd. Bij het beschrijven van de periode vóór 1918 kan men dus niet schrijven dat „de provinciale vlag van het Markgraafschap Moravië een horizontaal gedeelde geel-rode bicolore was”, omdat dit in geen enkel juridisch document zo was vastgelegd. Kan men alleen maar zeggen dat „de provinciale bestuursorganen in de jaren 1848-1918 rood en geel als provinciale kleuren gebruikten”, of, indien dit gerechtvaardigd is, "dat de provinciale bestuursorganen in de periode 1848-1918 de rood-gele bicolore gebruikten (hebben gebruikt) als provinciale vlag van Moravië".
250px|thumb|right|In Ludvík Ritters Zakwoordenboek voor journalistiek en conversatie (Kapesní slovníček novinářský a konversační), gepubliceerd in 1851, staat het volgende vermeld over de kleuren van kokardes: "Een kokarde is een rozet of ronde strik op een hoed of jas, waarmee een bepaalde overtuiging, nationaliteit, eenheid, geloofsgemeenschap enz. wordt aangegeven. Wanneer vrouwen ze dragen, bevestigen ze deze in hun haar of op hun borst. De kokardes van de verschillende politieke stromingen uit 1848 zijn algemeen bekend, met name die van de Slavische, rood-wit-blauwe, en vervolgens de zwart-rood-gele partijen in Duitsland, en hun talrijke geschillen. Die van het Oostenrijkse keizerrijk, die het leger in ons land draagt, is zwart en geel, die van Bohemen en Polen wit en rood, die van Moravië of zelfs Boheems-Moravië, en vervolgens die van de Zuid-Slaven, net als die van de Slaven. De Roetheense is geel-blauw, de Hongaarse en de revolutionaire Poolse rood-wit-groen, de Pruisische zwart-wit, enz. In Praag zijn sinds 1849 alle kokardes zonder onderscheid verboden voor particulieren.".