Het waterschap De Pesthuispolder was een waterschap in de Nederlandse stad Leiden, provincie Zuid-Holland.
Het waterschap was verantwoordelijk voor de vervening, drooglegging en de waterhuishouding in de gelijknamige polder. De polder werd in 1974 opgeheven, ontpolderd en bij de gemeente Leiden gevoegd.
Categorie:Voormalig waterschap in Zuid-Holland Categorie:Geografie van Leiden