thumb|300px|Tijdbalk van de geschiedenis van Gouda De geschiedenis van Gouda beschrijft de ontwikkeling van Gouda als een kleine versterkte nederzetting aan de samenvloeiing van de Hollandse IJssel en Gouwe in de Nederlandse provincie Zuid-Holland rond 1300 tot een middelgrote provinciestad in de 21e eeuw.
Vroegste geschiedenis Van de bewoningsgeschiedenis voor 1000 was tot voor kort weinig bekend. Er waren enkele spaarzame bodemvondsten, die wezen op bewoning in de Romeinse tijd.Kok, R., Achter de limes: Romeinse vondsten uit Gouda en omgeving, in: Tidinge van Die Goude, nr. 2 (april 2004), blz 48-63 In 2023 echter werd bij bodemonderzoek, voorafgaande aan de aanleg van een nieuwe woonwijk Westergouwe, een aantal beenderen gevonden van meer dan 5000 jaar oud. Het zou gaan om een vis- en jachtkamp uit de Steentijd. Ook was er een bodemlaag met verbrijzelde gebruiksvoorwerpen, die nog onderzocht moeten worden.https://www.omroepwest.nl/nieuws/4707112/botten-van-duizenden-jaren-oud-gevonden-op-plek-waar-woonwijk-moet-komen
Vermoedelijk waren er in de Romeinse tijd een of meer agrarische nederzettingen in het gebied nabij de Gouwe (de huidige wijk Bloemendaal). Waarschijnlijk is aan het einde van de 3e eeuw een einde aan deze bewoning gekomen onder meer door het natter worden van het milieu.Sprokholt 1993Akkerman 1997:13/14 Bij archeologisch onderzoek in 2005 werden vier Romeinse scherven en paaltjes van elzenhout eveneens uit de Romeinse tijd gevonden langs de Gouderaksedijk.Groenendijk 2011 De plek waar Gouda nu ligt was rond het jaar 1000 drassig en bedekt met een moerasbos, met daarin veenriviertjes, zoals de Gouwe. De ontginningen van het veen ten oosten (vanuit Haastrecht) en ten westen (vanuit Moordrecht) van Gouda vonden in de 11e eeuw plaats. Daarna werd ook begonnen met de ontginning van het gebied langs de oevers van de Gouwe (Bloemendaal en de Korte Akkeren, inclusief het gebied van de huidige binnenstad).Abels 2002:16 t/m 18
Middeleeuwen thumb|250px|Het kasteel van Gouda door Christoffel Pierson thumb|250px|Sint-Janskerk, omstreeks 1714
In 1139 wordt de Gouwe voor het eerst vermeld in een oorkonde van de bisschop van Utrecht. In de 13e eeuw werd het riviertje de Gouwe door een kanaal verbonden met de Oude Rijn. In 1143 is voor de eerste maal sprake van Gouda in een oorkonde van de graaf van Holland.Ibelings, Bart "Goudse grootheidswaan en slordigheid" in: Tidinge van die Goude, 2013, blz. 44 De monding van de Gouwe in de Hollandse IJssel werd uitgebreid tot een haven. Het kasteel van Gouda diende om de haven te beschermen. De hierdoor ontstane vaarroute werd gebruikt voor handel tussen Vlaanderen en Frankrijk met Holland en het Oostzeegebied. Vanaf de 12e eeuw kregen de graven van Holland steeds meer invloed in het gebied rond Gouda. In de loop van de 13e eeuw was de invloed van de bisschop van Utrecht minimaal geworden. Lang is gedacht dat graaf Floris V de eerste was die Gouda in 1272 stadsrecht verleende en Nicolaas van Kats sr. met de heerlijkheid Gouda beleende. In de nieuwste stadsgeschiedenis wordt echter verondersteld dat er al eerder stadsrechten waren verleend, waarschijnlijk kort voor 1248 door Graaf Willem II. Dirk van der Gouda zou de eerste stadsheer van Gouda geweest zijn. Het rechtsgebied van de stad omvatte een veel groter gebied dan de omwalde stad.Abels 2021:28 t/m 31: Uit nader onderzoek van de oorkonde uit 1272 is gebleken dat die "twee lagen bevat", een jongere uit 1272 een een oudere uit het midden van de dertiende eeuw Ook verkreeg Gouda van de graven van Holland het tolrecht voor de regionale binnenvaart. Schepen moesten een voorgeschreven vaarroute volgen. Deze route begon in Gouda en voerde via de Gouwe en Oude Rijn naar Leiden en vervolgens via de meren naar Haarlem, waar bij Spaarndam ook een sluis was. Zo verkreeg Gouda het alleenrecht op de tolheffing, waarvan zij de opbrengst overigens moest afstaan aan Holland. Het vele scheepvaartverkeer maakte dat Gouda verder kon groeien.
Al voor 1300 was er sprake van een kasteel (een motte) in Gouda, dat bewoond werd door de familie Van der Goude. Deze motte was gelegen in de omgeving van de huidige Molenwerf. Kort voor 1300 moet deze versterking zijn gesloopt op last van de graaf van Holland, waarschijnlijk omdat de Van der Goudes, aldus Sprokholt, direct of indirect betrokken waren geweest bij de moord op Floris V. De graven van Blois, de nieuwe heren van Gouda, lieten vervolgens van 1361 tot 1384 een nieuw kasteel aan de rand van de stad (waar Gouwe en Hollandse IJssel samenvloeiden) bouwen, het Kasteel van Gouda.Sprokholt et. al. 1993:23 t/m 25
Omstreeks 1350 werden de stadssingels gegraven, en vanaf dat moment was de begrenzing van de binnenstad definitief vastgelegd. De oude binnenstad bevond zich binnen de Fluwelensingel, Blekerssingel, Kattensingel, Turfsingel en de Hollandse IJssel. De bijbehorende verdedigingswerken werden daarna geleidelijk aangelegd en uitgebreid. Aan het einde van de 15e eeuw was de gehele binnenstad ommuurd en voorzien van poorten en torens. Het kasteel maakte aan de zuidoostelijke zijde van de stad onderdeel uit van deze verdedigingsring om de stad. In 1577 werd het kasteel afgebroken. de toren bleef in stand tot 1808. In de 19e eeuw werden de poorten en muren geslecht, omdat zij hun oorspronkelijke verdedigingsfunctie hadden verloren.Abels 2002:268-269
In 1365 kocht het stadsbestuur van Gouda het marktveld van de heren Van der Goude om daar een stadhuis te bouwen. Toch zou het nog tot 1448 duren voordat daadwerkelijk met de bouw wordt begonnen. Volgens de stadshistoricus Ignatius Walvis was de gebrekkige financiële positie van de stad de oorzaak van het voortdurende uitstel. Het nieuwe stadhuis diende als vervanging van het oude, dat volgens Walvis aan de Gouwe (op de plaats van de latere brouwerij "De Zwaan") heeft gestaan. Anderen situeren echter de voorloper van het huidige stadhuis op de plaats van het vroegere politiebureau op de Markt.
Grote stadsbranden woedden in 1361 en in 1438. In 1361 brandde bijna de gehele stad af. Rond 1382 was de opbouw zo ver gevorderd dat de stad weer meer dan 800 woningen telde. In 1438 stond de stad opnieuw hevig in brand. Na deze gebeurtenis werden huizen vaker uit steen opgetrokken en gedekt met leien of dakpannen. Ook diverse voorlopers van de Sint-Janskerk vielen ten prooi aan de vlammen In 1552 werd de huidige kerk gebouwd naar een ontwerp van Cornelis Frederickszoon van der Goude.
In de 14e eeuw ontstaan de eerste ambachtsgilden in Gouda. De ambachtsgilden zorgen voor de bescherming van de economische positie van de Goudse handwerkslieden. Tevens zorgen de gilden voor de begrafenissen van hun leden en ondersteunen ze de weduwen en wezen en de zieke en oude gildeleden. Voor de hervorming bezitten de meeste gilden een eigen altaar in de Sint-Janskerk. De gilden reguleren tot hun liquidatie in 1815 het economisch leven in Gouda.Goudriaan 1997
Vroegmoderne Tijd Tachtigjarige Oorlog thumb|250px|Zicht op Gouda vanaf de Hollandse IJssel (met rechts het kasteel) rond 1573 thumb|250px|Gouda in 1652, door Joan Blaeu
Tot het begin van de Tachtigjarige Oorlog in 1568 heeft Gouda een belangrijke handel in bier en een welvarende lakenindustrie. Met het begin van de oorlog kwam het einde aan de mogelijkheid het bier te exporteren, waarna de bierhandel in Gouda inzakte en de meeste brouwerijen verdwenen. Duitsland, en vooral het noordwesten van Duitsland, importeerde al haar bier uit Gouda naar hoofdzakelijk Hamburg, en was door de Nederlandse leveringsproblemen gedwongen eigen bier te gaan produceren.
In 1572 wordt de stad bezet door de geuzen onder leiding van Adriaen van Swieten. Er vinden plunderingen plaats en het stadsbestuur besluit de Sint-Janskerk te sluiten. De beruchte geuzenaanvoerder Lumey maakte ook in Gouda slachtoffers. Twee geestelijken worden gemarteld en ter dood gebracht. Diezelfde Lumey heeft, volgens de Goudse historicus Ignatius Walvis, ook nog in het kasteel van Gouda gevangengezeten, dat - aldus Walvis - "nog nat was van het door hem vergoten priestersbloed". Hij was door de Delftse stadsbestuurders aangeklaagd bij de Staten van Holland vanwege de moord op de Delftse kloostervoogd Cornelis Musius. Lumey zat - voor hij het land werd uitgezet - gevangen in achtereenvolgens Delft, het slot Honingen en het kasteel van Gouda.Walvis, Leiden, 1713:43 In 1573 wordt de Sint-Janskerk formeel overgedragen aan de gereformeerden. In 1577 wordt begonnen met het slopen van het kasteel.
Tot het Twaalfjarig Bestand heerst er in Gouda, in tegenstelling tot veel andere plaatsen in de republiek, een zeer tolerant klimaat ten opzichte van andersdenkenden. De ruimdenkende predikant Herman Herbers speelt daarbij een belangrijke rol. De humanist Dirck Volkertsz. Coornhert voelt zich zeer aangetrokken door deze vorm van godsdienstvrijheid en draagt een van zijn werken, De synodus van der consciëntiën vryheydt, op aan het Goudse stadsbestuur. Vanuit deze achtergrond kiezen de Goudse predikanten in de strijd tussen remonstranten en contraremonstranten voor het remonstrantse kamp. Na de overwinning van de contraremonstranten op de Synode van Dordrecht in 1619 worden de drie Goudse remonstrantse predikanten de stad uitgezet. De gematigde baljuw Schaep wordt vervangen door de "ketterjager" Anthony Cloots, die gedurende enkele jaren intensief andersdenkenden in Gouda vervolgt. Na de dood van prins Maurits in 1625 luwen de vervolgingen. In de periode daarna wordt de gereformeerde kerk van Gouda geteisterd door twisten. Onder leiding van pastoor Petrus Purmerent weet de contrareformatie in Gouda veel terrein te winnen.Abels 2002:hoofdstuk 13
Pestepidemieën Tussen 1570 en 1680 wordt Gouda geteisterd door vier zware pestepidemieën in 1574, 1625, 1636 en 1673. De zwaarste pestepidemie was die van 1673, toen 2995 mensen stierven (20% van de bevolking).Abels 2002:302-303 Zo was de jonge schilder Jan Daemesz. de Veth in 1625 een slachtoffer van deze gevreesde ziekte. De stadshistoricus Ignatius Walvis beschrijft dit als volgt:
Voor de pestlijders wordt in 1614 achter het leegstaande Maria Magdalenaconvent op de Varkensmarkt een pesthuis gebouwd. Het stadsbestuur treft tijdens de pestepidemieën tal van maatregelen om verspreiding van de ziekte tegen te gaan. Besmette huizen worden gesloten, bedstro en huisvuil moeten buiten de stad worden verbrand en pestlijders worden verplicht tot het dragen van een witte stok om daarmee goederen, die zij willen kopen aan te wijzen. De slachtoffers vallen allereerst onder de armsten van de stad, maar naarmate de epidemie heviger is, worden ook de rijkere burgers niet gespaard.Bik 1955:107 t/m 143
Moderne Tijd thumb|250px|De Tiendewegspoort werd in 1854 als laatste van de vijf Goudse stadspoorten gesloopt thumb|250px|Stadsarts Willem Frederik Büchner speelde in de 19e eeuw een belangrijke rol voor de volksgezondheid in Gouda thumb|250px|Zoals op deze stadskaart uit 1866 te zien is, duurde het tot diep in de 19e eeuw voordat Gouda grootschalig buiten de singels uitbreidde
Het laatste kwart van de 16e eeuw heeft Gouda te kampen met zware economische problemen. De stad herstelt zich in de eerste helft van de 17e eeuw en kent een bloeiperiode tussen 1665 en 1672. Door de oorlog, die uitbreekt in 1672 en de pestepidemie van 1673 is er sprake van een economische terugval (zelfs van de pijpenindustrie) tot ca. 1700. Daarna kent Gouda een periode van 30 jaar van grote vooruitgang en bloei.
In 1787 houden Goudse patriotten Wilhelmina van Pruisen, de vrouw van stadhouder Willem V, bij het plaatsje Bonrepas tegen op haar reis naar Den Haag. Deze gebeurtenis zou bekend worden als de Aanhouding bij Goejanverwellesluis. Het incident vormt de directe aanleiding voor de Pruisische inval in de Republiek. Het gezag van de stadhouder wordt voorlopig hersteld tot de Bataafse Revolutie.