De marathon van Eindhoven 2006 vond plaats op zondag 8 oktober 2006. Het was de 21e editie van deze marathon. In totaal finishten er 866 marathonlopers.
De wedstrijd bij de mannen werd gewonnen door de Keniaan Philip Singoei. Hij won de wedstrijd in 2:08.18 en verbeterde hiermee tevens het parcoursrecord. Agnes Hijman won de wedstrijd bij de vrouwen in 2:54.36 en was tevens de enige dame die het parcours in drie uur voltooide.
Uitslagen Mannen rangnaamlandtijd Philip Singoei 2:08.18 Samson Barmao 2:09.28 Luke Kibet 2:10.064 Yussuf Songoka 2:11.375 John Kirui 2:11.496 Sammy Chumba 2:12.587 Tesfaye Tola 2:13.128 Joël Rono 2:15.079 Thomas Migwi 2:15.3310 Sammy Rono 2:15.3711 David Mutai 2:15.4912 Joshua Chelanga 2:18.0813 Benjamin Kipkosgei 2:18.1014 John Kelai 2:18.3715 Benjamin Kipngetich 2:18.5616 Jeroen van Damme 2:19.4417 Eric Gerome 2:20.0718 Guy Fays 2:21.1719 Peter Lomuria 2:21.3220 John Itati 2:21.40
Vrouwen rangnaamlandtijd Agnes Hijman 2:54.36 Armande Petit 3:00.05 Helmie Ramakers 3:02.064 Birgit Krämer 3:04.37
2006 Eindhoven