De marathon van Nagano 2006 vond plaats op zondag 16 april 2006 in Nagano. Het was de achtste editie van de marathon van Nagano. De wedstrijd bij de mannen werd gewonnen door Nephat Kinyanjui uit Kenia. Hij bleef met 2:11.18 de Rus Georgi Andrejev slechts één seconde voor. Bij de vrouwen streek Albina Ivanova met de hoogste eer. Zij had een halve minuut voorsprong op haar landgenote Silvia Skortsova.
Uitslagen Mannen rangnaamlandtijd Nephat Kinyanjui 2:11.18 Georgi Andrejev 2:11.19 Isaac Macharia Wanjohi 2:12.444 Mykola Antonenko 2:13.285 Giday Amaha 2:15.196 Mbogo Juremieh Miano 2:15.347 Gemechu Woyechu 2:15.448 Daisuke Fujimoto 2:16.309 Hideki Miyama 2:17.2710 Toshiaki Tezuka 2:18.26
Vrouwen rangnaamlandtijd Albina Ivanova 2:28.52 Silvia Skortsova 2:29.28 Nina Rillstone 2:29.464 Yoshimi Hoshino 2:36.565 Atsede Baysa 2:39.316 Chikako Ogushi 2:40.007 Risa Mizutani 2:43.248 Kaori Takai 2:44.409 Magda Karimali 2:49.0310 Chiemi Oana 2:49.39
2006 Nagano