Dit artikel bevat een lijst van vlaggen van Estische gemeenten. Estland bestaat uit 79 gemeenten. Onderaan de pagina worden ook vlaggen weergegeven van voormalige gemeenten, die door de gemeentefusie ophielden te bestaan als zelfstandige gemeente.
Bestaande gemeenten
Voormalige gemeenten
Zie ook Lijst van gemeenten in Estland Lijst van wapens van Estische gemeenten
Estland Vlaggen