Voor deelname aan de eindronde van de African Cup of Nations 2004, het CAF kampioenschap voor nationale voetbalelftallen, in Tunesië moesten de landen, behalve Tunesië (als gastland) en Kameroen (als titelverdediger) die automatisch waren geplaatst voor de eindronde, zich kwalificeren. Voor de kwalificatie schreven 49 landen zich in.
De landen werden in 13 groepen verdeeld; 10 groepen van 4 waarvan de groepswinnaars zich kwalificeerden en de beste nummer 2. Er waren ook 3 groepen van 3 waar enkel de groepswinnaar zich kwalificeerde. Benin, Rwanda en Zimbabwe kwalificeerden zich voor de eerste keer en mochten hun debuut maken op de Afrika Cup.
Kwalificatiegroepen Groep 1 LandWedWinGelVerDVDT+/−Pnt422073+48412174+354103310–73Teruggetrokken
Groep 2 LandWedWinGelVerDVDT+/−Pnt6402103+712630356–19630357–29620437–46
Groep 3 LandWedWinGelVerDVDT+/−Pnt6411124+813632165+111631296+3106006113–110
Groep 4 LandWedWinGelVerDVDT+/−Pnt6411122+1013623154+19622238–58602439–62
Groep 5 LandWedWinGelVerDVDT+/−Pnt641192+713631297+210630398+196024010–102
Groep 6 LandWedWinGelVerDVDT+/−Pnt641181+713641183+5136204410–66610517–63
Groep 7 LandWedWinGelVerDVDT+/−Pnt6510100+1016631274+310620477066105316–133
Groep 8 LandWedWinGelVerDVDT+/−Pnt431071+610411274+344103110–93Teruggetrokken
Groep 9 LandWedWinGelVerDVDT+/−Pnt632195+4116312128+4106222812–46603326–43
Groep 10 LandWedWinGelVerDVDT+/−Pnt4301141+139420228–66410329–73Teruggetrokken
Groep 11 LandWedWinGelVerDVDT+/−Pnt431061+510421183+574004111–100
Groep 12 LandWedWinGelVerDVDT+/−Pnt431061+510411246–24410325–33
Groep 13 LandWedWinGelVerDVDT+/−Pnt421144074121220541125504
Gekwalificeerde landen Land Aantaldeelnames Deelnamesop rij Vorigedeelname13e520021e1-6eBurkina Faso inclusief één deelname als Opper-Volta. 5200214eCongo-Kinshasa inclusief zeven deelnames als Zaïre. 7200219e1120027e1199813e520025e119924e2200211e4200213e320021e1-9e3200211e620021e1-5e52002
2004 (kwalificatie)