De Grote Prijs van Japan 2006 in de MX2-klasse motorcross werd gehouden op 21 mei 2006 op het circuit van Sugo. Het was de vijfde Grote Prijs van het wereldkampioenschap.
De Brit Billy Mackenzie (Yamaha) won de GP dankzij een zege in de eerste reeks en een derde plaats in de tweede reeks. Marc de Reuver en Antonio Cairoli waren het snelst weg in de eerste reeks maar vielen in de eerste ronde. Ze konden nog terugkomen tot op de derde resp. vierde plaats. De tweede reeks was voor Cairoli, terwijl de leider in de tussenstand van het wereldkampioenschap, Tyla Rattray moest opgeven na een val waarbij hij zich kwetste aan de schouder. Rattray viel hierdoor terug naar de derde plaats in de tussenstand, na Christophe Pourcel en Marc De Reuver.
Uitslag eerste reeks
PlaatsNaamLand1Billy Mackenzie2Christophe Pourcel3Marc de Reuver4Antonio Cairoli5David Philippaerts6Tyla Rattray7Gareth Swanepoel8Tommy Searle9Kenneth Gundersen10Sébastien Pourcel
Uitslag tweede reeks
PlaatsNaamLand1Antonio Cairoli2Marc de Reuver3Billy Mackenzie4Gareth Swanepoel5Christophe Pourcel6Carl Nunn7Tommy Searle8Aigar Leok9Rui Gonçalves10Davide Guarneri
Eindstand Grote Prijs
PlaatsNaamLandPunten1Billy Mackenzie452Antonio Cairoli433Marc de Reuver424Christophe Pourcel385Gareth Swanepoel326Tommy Searle277Carl Nunn248Kenneth Gundersen229Rui Gonçalves2010David Philippaerts20
Tussenstand wereldkampioenschap
PlaatsNaamLandPunten1Christophe Pourcel1962Marc de Reuver1943Tyla Rattray1814Antonio Cairoli1625Billy Mackenzie1506David Philippaerts1207Carl Nunn1198Kenneth Gundersen1119Alessio Chiodi11110Tommy Searle10511Rui Gonçalves9012Gareth Swanepoel8713Sébastien Pourcel7014Davide Guarneri6415Luigi Séguy6316Anthony Boissière5017Patrick Caps4618Maximilian Nagl4519Manuel Monni4220Matti Seistola36
Categorie:MX2 in 2006