thumb|Weergave van het beleg van Zaltbommel in 1599
Het jaar 1599 is het 99e jaar in de 16e eeuw volgens de christelijke jaartelling.
Gebeurtenissen thumb|400px| Terugkeer van de tweede Azië-expeditie van Jacob van Neck in 1599 door Cornelis Vroom (ca. 1591-1661) maart 27 - De Engelsman Lord Essex wordt gouverneur van Ierland.
april 6 - De zogenaamde Derde scheepvaart vertrekt van Texel. Het betreft drie schepen van de Compagnie van Verre. mei 15 - Begin van het Beleg van Zaltbommel door Spaanse troepen van de stad Zaltbommel tijdens de Tachtigjarige Oorlog. juni 13 - De Spanjaarden moeten het beleg van Zaltbommel opgeven, waardoor de stad Staats blijft. 21 - Oprichting door een groepje Friezen van de Pekelcompagnie, de eerste grootschalige vervening in het noorden. juli 17 - De tweede expeditie naar Java keert terug in Amsterdam. Jacob Van Neck wordt ingehaald met "groot geclanck van acht Trompetten ende van Stadtswege met wyn beschonken ende men luyde van blydtschap alle de klocken". augustus 29 - Johan Filips van Nassau-Idstein wordt opgevolgd door zijn broer Johan Lodewijk II van Nassau-Idstein. 31 - De aartshertogen Albrecht en Isabella bezoeken het bedevaartsoord Halle. september 10 - Het Beleg van Rees (1599) loopt op een fiasco uit voor de Duitse bondgenoten van Oranje. oktober 1 - In Amsterdam verschijnt na meer dan een halve eeuw een nieuwe stadsplattegrond, getekend door Pieter Bast. november 4 - De vloot van Olivier van Noort bereikt onder slechte weersomstandigheden Straat Magellaan. 21 - Bij het Verdrag van Stadtsilm krijgen de Duitse graafschappen Schwarzburg-Sondersburg en Schwarzburg-Rudolsheim de vorm die ze tot 1920 zullen houden. december 21 - Pieter Goes vertrekt als admiraal met 4 schepen van de Nieuwe of Brabantsche Compagnie naar Indië. De expeditie is uitgerust door Isaac Lemaire. zonder datum Frederik de Houtman wordt in het sultanaat Atjeh gevangengenomen en stelt er het eerste Maleis-Nederlandse woordenboek samen. De Hollandse admiraal Pieter van der Does verovert het Canarische eiland Las Palmas en sneuvelt vervolgens in Sao Tomé. De katholieke Antwerpse drukker Johan Moerentorf geeft een uit het Latijn vertaalde bijbel uit als antwoord op de snelle verspreiding van protestantse bijbels.
Literatuur William Shakespeare schrijft The Tragedy of Julius Caesar.
Beeldende kunst
Bouwkunst
Geboren maart 8 - Suzanna van Baerle, echtgenote van dichter en diplomaat Constantijn Huygens (overleden 1637) 22 - Antoon van Dyck, Zuid-Nederlands barokschilder (overleden 1641) april 25 - Oliver Cromwell, Engels militair en politicus; Lord Protector 1649-1658 (overleden 1658) juni 6 - Diego Velázquez, Spaans kunstschilder (overleden 1660) september 7 - Jacob Westerbaen, Nederlands dichter (overleden 1670)
Overleden januari 13 - Edmund Spenser (~46), Engels dichter maart 1 - Edzard II van Oost-Friesland (67), graaf van Oost-Friesland mei 28 - Maria van Nassau (60), zus van Willem van Oranje en echtgenote van graaf Willem IV van den Bergh augustus 29 - Johan Filips van Nassau-Idstein (4), graaf van Nassau-Idstein september 9 - Magdalena van Waldeck-Wildungen (ca. 41), Duits gravin 11 - Cornelis de Houtman (34), Nederlands koopman en ontdekkingsreiziger oktober 16 - Jacob Regnart (~57), componist uit de Franco-Vlaamse School