De Grote Prijs van Vlaanderen 2006 in de MX2-klasse motorcross werd gehouden op 2 april 2006 op het circuit van Zolder. Het was de eerste Grote Prijs van het wereldkampioenschap.
De Italiaan David Philippaerts, zoon van een Vlaamse oud-motorcrosser, won de eerste reeks, maar werd pas dertiende in de tweede. De Zuid-Afrikaan Tyla Rattray won de tweede reeks en werd ook de eerste leider in de stand voor het wereldkampioenschap, vóór de Nederlander Marc de Reuver, die eenmaal derde en eenmaal vierde werd. Alle drie rijden op KTM-motoren.
Titelverdediger Antonio Cairoli werd tweede in reeks twee en slechts zestiende in de eerste reeks, en moest tevreden zijn met een zevende plaats in de eindstand.
Uitslag eerste reeks PlaatsNaamLand1David Philippaerts2Kenneth Gundersen3Tyla Rattray4Marc de Reuver5Sébastien Pourcel6Alessio Chiodi7Christophe Pourcel8Carl Nunn9Tommy Searle10Antoine Méo
Uitslag tweede reeks PlaatsNaamLand1Tyla Rattray2Antonio Cairoli3Marc de Reuver4Christophe Pourcel5Rui Gonçalves6Kenneth Gundersen7Antoine Méo8Sébastien Pourcel9Billy Mackenzie10Carl Nunn
Eindstand en tussenstand WK PlaatsNaamLandPunten1Tyla Rattray452Marc de Reuver383Kenneth Gundersen374David Philippaerts335Christophe Pourcel326Sébastien Pourcel297Antonio Cairoli288Antoine Méo259Rui Gonçalves2410Carl Nunn2411Tommy Searle2212Davide Guarneri1913Alessio Chiodi1514Aigar Leok1315Billy Mackenzie1216Patrick Caps1217Luigi Séguy818Pierre-Alexandre Renet719Maximilian Nagl620Gareth Swanepoel5
Categorie:MX2 in 2006