De Tachtigjarige Oorlog heeft voor meer historische controverses gezorgd dan welk onderwerp uit de geschiedenis van de Nederlanden ook. – Encarta Encyclopedie Winkler Prins (2002) De historiografie van de Tachtigjarige Oorlog betreft de geschiedenis van de geschiedschrijving van de Tachtigjarige Oorlog, oftewel het onderzoek naar hoe dat conflict in de loop der eeuwen is beschouwd of geïnterpreteerd. Enkele van de belangrijkste twistpunten tussen geleerden zijn de naam van de oorlog (met name "Tachtigjarige Oorlog" versus "Nederlandse Opstand"), de periodisering van de oorlog (vooral wanneer deze begon, welke gebeurtenissen ertoe moeten worden gerekend of van uitgesloten, en of de effectieve duur van de oorlog het tellen van "tachtig jaar" rechtvaardigt of niet), de oorsprong of oorzaken van de oorlog (de protestantse Reformatie of de schending van de rechten en privileges van de adel en autonome steden) en derhalve de aard van het conflict (een godsdienstoorlog, een burgeroorlog of een onafhankelijkheidsoorlog), de betekenis van zijn historische documenten zoals het Plakkaat van Verlatinghe, en de rol van de hoofdrolspelers zoals Filips II van Spanje, Willem van Oranje, Margaretha van Parma, de hertog van Alva, Alexander Farnese (de hertog van Parma), Maurits van Nassau (prins Maurits) en Johan van Oldenbarnevelt. Er is getheoretiseerd dat protestantse Reformatiepropaganda heeft geleid tot de zwarte legende om de daden van het Spaanse Rijk, het Leger van Vlaanderen en de Rooms-Katholieke Kerk omtrent zaken zoals de Spaanse Inquisitie in een overdreven extreem negatief daglicht te stellen, terwijl andere wetenschappers menen dat de gruweldaden die de Spaanse strijdkrachten hebben gepleegd om de Habsburgse Nederlanden binnen het Rijk te behouden historisch gezien relatief nauwkeurig zijn voorgesteld. Er bestaan ook controverses over het belang van de oorlog voor het ontstaan van de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden als de voorloper van het huidige Koninkrijk der Nederlanden en daarin de rol van de stadhouders uit het huis Oranje-Nassau, alsmede de de vorming van Nederlandse en Belgische nationale identiteiten als gevolg van de splitsing van de Noordelijke en Zuidelijke Nederlanden.
Overzicht Door diverse geschiedschrijvers is de Opstand verschillend beoordeeld.
Zeventiende en achttiende eeuw Een groep zeventiende-eeuwse Nederlandse protestantse kroniekschrijvers zoals Hooft, Bor, Van Meeteren, De Groot (Grotius), Aitzema en Baudartius kon bouwen op verslagen uit de eerste hand. Zoals de liberale historicus Fruin en de katholieke historicus Nuyens in het midden van de negentiende eeuw zouden beamen, "[kon er] voor Katholieken in Noord-Nederland, vóór 1798, geene sprake van zijn om de geschiedenis van de omwenteling der XVIe eeuw te beschrijven", omdat de Nederlandse Republiek werd gedomineerd door de Nederduits Gereformeerde Kerk (hoewel formeel geen 'staatskerk', werd zij publiekelijk bevoorrecht), waarvan de calvinistische predikers de wereldlijke autoriteiten (de Staten) konden beïnvloeden om elke katholieke inwoner te straffen voor het uiten van openbare kritiek op de protestantse consensus over de geschiedenis. Nuyens (1869) vatte de situatie als volgt samen:
Naast hen waren er enkele katholieke geschiedschrijvers die de Tachtigjarige Oorlog behandelden, maar ofwel in het Latijn schreven, zoals Floris vander Haer, Nicolas de Bourgogne en Michael ab Isselt, ofwel buitenlanders waren, zoals Famiano Strada en Guido Bentivoglio, en als zodanig ontoegankelijk waren voor Nederlandse katholieken, of niet namens hen konden spreken.
De Bello Belgico van Strada thumb|page=11|Een Spaanse editie van Famiano Strada's De Bello Belgico (Spaans: de las Guerras de Flandes) uit 1681, volledige PDF Het Latijnse werk De Bello Belgico (verwijzend naar Caesars klassieker) van de Italiaanse jezuïtische historicus Famiano Strada (1572–1649) werd populair in heel Europa en werd in vele talen vertaald. Strada publiceerde het tussen 1632 en 1647 voor het eerst in Rome als De Bello Belgico decades duae, de eerste decade (tiental boeken) in 1632, de tweede in 1641. De eerste reeks van tien boeken bestreek de periode vanaf de troonsafstand van Karel V in 1555 tot de dood van Don Juan van Oostenrijk in oktober 1578. Het tweede tiental boeken besloeg de tijd vanaf het begin van de regering van Alexander Farnese in oktober 1578 tot de verovering van Rijnberk (30 januari 1590). Een derde deel zou door toedoen van de Spaanse autoriteiten niet zijn gepubliceerd. Strada's eerste deel werd naar het Nederlands vertaald als De thien eerste Boecken der Nederlandsche oorloge en in 1646 te Amsterdam uitgegeven, de tweede onder de titel De tweede thien boeken der Nederlandsche oorlogen aldaar in 1649; beide delen te Rotterdam in 1655 getiteld De thien eerste Boecken der Nederlandtsche oorloge respectievelijk Het Tweede Deel der Nederlandtsche Oorlogen. Pierre du Ryer publiceerde beide decades in het Frans onder de naam Histoire de la guerre de Flandre (Parijs 1650). De eerste decade van de De Bello Belgico werd in het Engels vertaald door Robert Stapylton onder de titel The History of the Low-Countrey Warres (Londen 1650). Er waren vele edities van het oorspronkelijke Latijn en voortzettingen werden voorbereid door G. Dondini en A. Gallucci, een Italiaanse vertaling door C. Papini en Paolo Segneri (Rome 1638–49, 2 delen) en een Spaanse editie door Melchior de Novar (Keulen 1681, 3 delen). Scifoni (1849) verklaarde dat 'Strada's werk een duidelijke plaats zal innemen tussen de historische werken van de 17e eeuw', ondanks zijn 'nutteloze uitweidingen, de onbeduidende eigenaardigheden en het misbruik van vergelijkingen, zinnen en alle ijdele formules die door de oratoriumstijl worden gekenmerkt'. Strada maakte uitgebreid gebruik van het familiearchief van Farnese (nu verwoest), en was zeer kritisch over Alva's optreden in de strijd tegen de rebellen in de Nederlanden. Volgens Reijner (2020) waren Strada en Guido Bentivoglio lang niet de enige Italiaanse historici die over de Tachtigjarige Oorlog schreven: een ongewoon groot aantal schrijvers uit het hele schiereiland, zoals uit Florence en Genua, maakte van de opstand die zich in de Habsburgse Nederlanden ontwikkelde handig gebruik voor hun eigen doeleinden in pleidooien tegen de overheersing van de Spaanse Habsburgers in (Noord-)Italië. Op hun beurt citeerden Nederlandse geschiedschrijvers en opiniemakers dankbaar de werken van Strada, Bentivoglio en andere Italiaanse auteurs ter ondersteuning van hun argumenten tegen Spanje.
Annales et Historiae de rebus Belgicis van De Groot Tussen 1601 en 1612 schreef Hugo de Groot in het Latijn de Kroniek van de Nederlandse Oorlog (originele titel: Annales et Historiae de rebus Belgicis) voor de periode 1559–1588. De Groot (Latijn: Grotius) nam de stijl van Tacitus aan en liet volgens diens sine ira et studio-principe gruwelijke details van plundering en veldslagen achterwege. Het boek is geschreven in opdracht van de Staten van Holland, maar zij hebben het niet uitgegeven. Pas in 1657 verscheen een uitgave van de Latijnse tekst, bezorgd door De Groots zonen Pieter en Cornelis. In 1681 verscheen er een Nederlandse vertaling (door Joan Goris) en een halve eeuw later was die weer vergeten tot 2014, toen Jan Waszink een moderne Nederlandse vertaling van alleen de Annalen uitgaf.Hugo de Groot, Kroniek van de Nederlandse Oorlog. De Opstand 1559-1588, vertaling en nawoord door Jan Waszink, Vantilt, Nijmegen, 2014 Door lezers van de late 17e en 18e eeuw werden de Annales et Historiae als gezaghebbend beschouwd en geprezen om de (relatieve) onpartijdigheid wat betreft de strijd tussen de Nederlanden en Spanje. In 2023 verscheen een versie van Waszinks editie met de oorspronkelijke Latijnse tekst van de Annales, een nieuwe Engelse vertaling en een uitvoerige inleiding.J.H. Waszink: Hugo Grotius, Annals of the War in the Low Countries. Edition with translation and introduction, Leuven UP 2023, Bibliotheca Latinitatis Novae Bij gebrek aan documentatie blijft het onduidelijk waarom de Staten van Holland de Latijnse publicatie in 1612 kennelijk blokkeerden. Waszinks analyse van de tekst wijst uit dat De Groots een seculier reason of state-perspectief op de Opstand toepast, waarin mogelijkerwijs implicaties van machiavellisme konden worden gelezen door lezers die toch al kritisch waren over het Statenbewind in de context van de Bestandstwisten. In plaats van de oorlog voor te stellen als 'een eendrachtige strijd om het geloof en de oude vrijheden', schreef De Groot dat het 'een moeizame worsteling [was] met enerzijds het machtige Spanje en anderzijds ook met verdeeldheid, politiek eigenbelang en religieus fanatisme aan de Nederlandse kant.' Godsdienst wordt door De Groot min of meer weggelaten als motivatie voor het verzet, en verschijnt vooral als bron van chaos, maatschappelijke tegenstellingen en onverzoenlijkheid. Het werk vormt aldus een uitgesproken Staatsgezinde stellingname in de context van de Bestandstwisten. Wat betreft de reden voor het niet-publiceren concludeert Waszink dat de Staten De Groots zuiver 'politieke' visie op de Opstand ofwel niet onderschreven, ofwel vreesden dat deze henzelf met machiavellisme zou associëren indien het werk in hun naam werd gepubliceerd. In 1659 concludeerde de Rooms-Katholieke Kerk, hoewel aanvankelijk gematigd positief over de editie van 1657, in tweede lezing dat het boek toch te sterk anti-katholieke inhoud bevatte, en plaatste het werk op de Index librorum prohibitorum.Waszink, Introduction to Hugo Grotius, Annals of the War in the Low Countries, p. 117-121.
Nederlandsche Historien van Hooft thumb|Voorpagina van de Nederlandsche Historien Deel I (1642)